More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3371 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3371  peptide chain release factor H  100 
 
 		 178 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0268  peptide chain release factor-like protein  99.42 
 
 		 204 aa  361  3e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0263  peptide chain release factor-like protein  99.42 
 
 		 204 aa  361  3e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0233  peptide chain release factor-like protein  99.42 
 
 		 204 aa  361  3e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0290  peptide chain release factor-like protein  97.13 
 
 		 204 aa  359  1e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.127156 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00231  peptide chain release factor 2  98.8 
 
 		 166 aa  345  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00234  hypothetical protein  98.8 
 
 		 166 aa  345  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0281  peptide chain release factor-like protein  96.39 
 
 		 166 aa  337  5e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.568314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0349  peptide chain release factor-like protein  81.18 
 
 		 204 aa  293  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0364  peptide chain release factor-like protein  80.59 
 
 		 204 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.429875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0354  peptide chain release factor-like protein  80.59 
 
 		 204 aa  291  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0345  peptide chain release factor-like protein  80.59 
 
 		 204 aa  291  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.196976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0356  peptide chain release factor-like protein  80 
 
 		 204 aa  289  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000967755 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3597  peptide chain release factor-like protein  62.35 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3439  peptide chain release factor-like protein  61.18 
 
 		 207 aa  210  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01750  peptide chain release factor-like protein  62.87 
 
 		 207 aa  204  4e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.132154  normal  0.46874 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4861  peptide chain release factor-like protein  56.73 
 
 		 204 aa  185  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0755731 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72200  peptide chain release factor-like protein  61.39 
 
 		 204 aa  185  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3902  peptide chain release factor H  43.33 
 
 		 218 aa  141  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0189567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3456  peptide chain release factor-like protein  43.18 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0652118  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0332  putative peptide chain release factor  42.94 
 
 		 248 aa  136  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2459  peptide chain release factor H  46.06 
 
 		 199 aa  135  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321859  normal  0.956081 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7272  peptide chain release factor-like protein  37.28 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000014386  normal  0.97905 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3282  peptide chain release factor H  39.39 
 
 		 204 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434629  normal  0.0508518 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0242  peptide chain release factor-like protein  38.92 
 
 		 219 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2039  class I peptide chain release factor  37.87 
 
 		 202 aa  111  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1124  class I peptide chain release factor domain-containing protein  41.83 
 
 		 207 aa  105  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0760  peptide chain release factor H  32.78 
 
 		 206 aa  99.8  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1471  peptide chain release factor 2  34.9 
 
 		 349 aa  85.1  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0819  peptide chain release factor 2  36.42 
 
 		 349 aa  84.7  6e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0281018 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0230  peptide chain release factor 2  36.18 
 
 		 330 aa  84.7  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.413245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0834  peptide chain release factor 2  35.8 
 
 		 349 aa  83.6  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2278  peptide chain release factor 2  41.41 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3791  hypothetical protein  36.99 
 
 		 367 aa  82.8  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2265  peptide chain release factor 2  36.55 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.021133  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0486  peptide chain release factor 2  34.9 
 
 		 349 aa  82.4  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.289866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_509  peptide chain release factor 2  36.69 
 
 		 357 aa  82.8  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231762  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2340  peptide chain release factor 2  32.95 
 
 		 343 aa  82.4  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.538916  normal  0.0748941 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1151  peptide chain release factor 2  38.93 
 
 		 381 aa  82.8  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1069  peptide chain release factor 2  35.86 
 
 		 347 aa  82.4  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  35.46 
 
 		 349 aa  81.6  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0804  peptide chain release factor 2  37.5 
 
 		 376 aa  81.6  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0838  peptide chain release factor 2  34.57 
 
 		 325 aa  81.6  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.725639 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4596  peptide chain release factor 2  37.31 
 
 		 372 aa  81.3  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16430  peptide chain release factor 2  44.94 
 
 		 331 aa  81.3  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000953459  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3970  peptide chain release factor 2  32.53 
 
 		 366 aa  81.3  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000632573  unclonable  0.000000000161468 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0864  peptide chain release factor 2  35.53 
 
 		 366 aa  81.3  0.000000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0550001  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0570  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  36.67 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000011559  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1449  peptide chain release factor 2  35.46 
 
 		 359 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.768033 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0075  peptide chain release factor 2  31.33 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00578068  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1562  peptide chain release factor 2  34.53 
 
 		 280 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271557  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2735  hypothetical protein  37.78 
 
 		 372 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  34.48 
 
 		 367 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0961  peptide chain release factor 2  40.62 
 
 		 342 aa  79.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  hitchhiker  0.00626958 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0949  peptide chain release factor 1  48.89 
 
 		 360 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0350  peptide chain release factor 2  37.01 
 
 		 335 aa  80.1  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0544  peptide chain release factor 2  35.25 
 
 		 356 aa  80.1  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00703964  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2773  peptide chain release factor 2  35.86 
 
 		 355 aa  79.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1847  peptide chain release factor 2  37.6 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1766  peptide chain release factor 2  34.85 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015531 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1030  peptide chain release factor 2 protein  34.48 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.771675 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1409  peptide chain release factor 2  35.29 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0056831  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  34.48 
 
 		 367 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1620  peptide chain release factor 2  35.85 
 
 		 366 aa  79.3  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00133375  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2248  hypothetical protein  37.72 
 
 		 367 aa  79  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0912  peptide chain release factor 2  34.78 
 
 		 375 aa  79.3  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.779276  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2758  peptide chain release factor 2  37.72 
 
 		 367 aa  79  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2366  peptide chain release factor 2  37.31 
 
 		 364 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3251  peptide chain release factor 1  50.68 
 
 		 360 aa  78.6  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.227833  normal  0.0955024 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3265  peptide chain release factor 2  33.33 
 
 		 386 aa  78.6  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.337928  hitchhiker  0.000000190914 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1732  peptide chain release factor 2  37.5 
 
 		 369 aa  79  0.00000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2570  peptide chain release factor 2  33.81 
 
 		 417 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0324776  normal  0.0245297 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1799  peptide chain release factor 2  40.62 
 
 		 344 aa  78.6  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2038  peptide chain release factor 2  38.17 
 
 		 361 aa  78.2  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.763789  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3077  peptide chain release factor 2  35.71 
 
 		 332 aa  78.2  0.00000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00097655  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  33.1 
 
 		 357 aa  78.2  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0705  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  35.26 
 
 		 366 aa  78.2  0.00000000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  33.1 
 
 		 357 aa  78.2  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0365  peptide chain release factor 2  34.84 
 
 		 357 aa  78.2  0.00000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1762  peptide chain release factor 2  38.64 
 
 		 369 aa  78.2  0.00000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.602525  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0456  peptide chain release factor 2  35.37 
 
 		 338 aa  77.8  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.454858  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1451  peptide chain release factor 2  38.24 
 
 		 372 aa  77.8  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0397  peptide chain release factor 2  37.31 
 
 		 302 aa  77.8  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1786  peptide chain release factor 2  36.57 
 
 		 317 aa  77.8  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000314162  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3275  peptide chain release factor 2  35.33 
 
 		 322 aa  77.8  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.314712  normal  0.99195 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1884  peptide chain release factor 2  34.04 
 
 		 459 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344526  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1213  peptide chain release factor 2  32.69 
 
 		 367 aa  77.8  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166431  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2206  hypothetical protein  34.56 
 
 		 373 aa  77.4  0.00000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1869  hypothetical protein  34.21 
 
 		 371 aa  77.4  0.00000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00638967 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0981  peptide chain release factor 2  38.35 
 
 		 373 aa  77.4  0.00000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.454282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1242  peptide chain release factor 2  33.1 
 
 		 367 aa  77.4  0.00000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00779593  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3599  peptide chain release factor 1  49.32 
 
 		 362 aa  77  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0791  peptide chain release factor 2  36.76 
 
 		 378 aa  77.4  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1059  peptide chain release factor 2  36.3 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.304083  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  34.04 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2760  peptide chain release factor 1  46.07 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2380  peptide chain release factor 1  46.07 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.254087 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0241  peptide chain release factor 2  46.24 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0524747  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2027  peptide chain release factor 2  33.1 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1645  peptide chain release factor 2  35.29 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>