More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0858 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  640    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0225  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000929785  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 304 aa  126  6e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  26.11 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  28.06 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  28.52 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  28.52 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  28.52 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  29.66 
 
 		 324 aa  97.4  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  28.52 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  28.52 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  28.52 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  28.52 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  28.52 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 308 aa  96.7  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  24.92 
 
 		 307 aa  96.3  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0486  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  27 
 
 		 313 aa  95.5  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  29.66 
 
 		 324 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  27.64 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1615  transcriptional regulator CysB  29.28 
 
 		 324 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000907367 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  29.28 
 
 		 324 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  29.28 
 
 		 324 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 324 aa  93.2  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  28.9 
 
 		 324 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  26.59 
 
 		 312 aa  93.2  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  93.2  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  25.97 
 
 		 306 aa  92.8  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  26.55 
 
 		 324 aa  93.2  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  25.97 
 
 		 306 aa  92.8  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 304 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01945  transcriptional regulator CysB  25.18 
 
 		 324 aa  91.7  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00567188  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1324  transcriptional regulator CysB  26.49 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.121135 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 324 aa  92.4  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  23.47 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1979  transcriptional regulator CysB  26.72 
 
 		 323 aa  90.9  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2649  transcriptional regulator CysB  24.91 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.36 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.02 
 
 		 303 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  27 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1922  transcriptional regulator CysB  28.14 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2032  transcriptional regulator CysB  28.14 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30659  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  26.18 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1689  transcriptional regulator CysB  27.54 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.372652  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2202  transcriptional regulator, LysR family  26.84 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1252  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 308 aa  90.5  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2096  transcriptional regulator CysB  24.44 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00807982  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 309 aa  90.9  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2228  transcriptional regulator CysB  28.14 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000587269  hitchhiker  0.00110252 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.18 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1731  transcriptional regulator CysB  24.91 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00171097  normal  0.293254 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1537  transcriptional regulator CysB  25.72 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000242596  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0616  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  27.41 
 
 		 333 aa  90.1  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2818  transcriptional regulator CysB-like protein  24 
 
 		 313 aa  90.1  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1587  transcriptional regulator CysB  24.91 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.296126  normal  0.104148 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1662  transcriptional regulator CysB  24.91 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0319237  unclonable  0.0000181404 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0408  transcriptional regulator, MarR family  23.05 
 
 		 307 aa  90.1  5e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.469679  hitchhiker  0.00908682 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 303 aa  89.7  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2427  transcriptional regulator CysB-like protein  26.44 
 
 		 313 aa  89.4  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003883  regulatory protein CysB  28.36 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.803514  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 306 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1649  fhu operon transcription regulator  27.07 
 
 		 317 aa  89  8e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.133546  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1875  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 307 aa  89  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.219767  normal  0.699734 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1624  transcriptional regulator CysB  25.93 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.239161  normal  0.11593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  23.83 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2839  transcriptional regulator CysB  25.93 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  hitchhiker  0.00000219555 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  27.95 
 
 		 339 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 339 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  23.42 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  23.42 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09290  transcriptional regulator  29.33 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.240748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1450  transcriptional regulator CysB  24.44 
 
 		 325 aa  88.2  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000786748  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  25.32 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  28.64 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>