200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0019 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  97.14 
 
 		 78 bp  123  6e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0029  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000441768  normal  0.0859577 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>