226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0179 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  100 
 
 
487 aa  997    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.23 
 
 
473 aa  513  1e-144  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.99 
 
 
494 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  52.76 
 
 
468 aa  460  9.999999999999999e-129  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  52.95 
 
 
461 aa  456  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.25 
 
 
452 aa  451  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.38 
 
 
450 aa  445  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.07 
 
 
469 aa  443  1e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  50.23 
 
 
459 aa  437  1e-121  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  47.17 
 
 
462 aa  431  1e-119  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.28 
 
 
451 aa  427  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.72 
 
 
447 aa  422  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  46.47 
 
 
495 aa  397  1e-109  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  45.41 
 
 
506 aa  378  1e-103  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  41.04 
 
 
511 aa  342  8e-93  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.19 
 
 
466 aa  339  5e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.08 
 
 
448 aa  334  2e-90  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.48 
 
 
449 aa  333  4e-90  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  44.03 
 
 
477 aa  330  4e-89  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  44.03 
 
 
477 aa  330  4e-89  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.22 
 
 
455 aa  316  6e-85  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  43.18 
 
 
464 aa  311  1e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  36.16 
 
 
453 aa  311  1e-83  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  42.41 
 
 
468 aa  311  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.84 
 
 
465 aa  307  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.97 
 
 
456 aa  293  5e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.66 
 
 
476 aa  293  5e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  40.09 
 
 
446 aa  293  6e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.78 
 
 
462 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.79 
 
 
467 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.79 
 
 
467 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.75 
 
 
467 aa  279  8e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  38.17 
 
 
467 aa  265  1e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  33.4 
 
 
493 aa  237  4e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.18 
 
 
490 aa  229  6e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  35.22 
 
 
496 aa  226  6e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  36.62 
 
 
486 aa  217  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  37.29 
 
 
493 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  35.97 
 
 
486 aa  212  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  35.55 
 
 
490 aa  206  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  31.55 
 
 
843 aa  184  4.0000000000000006e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1907  DNA photolyase, class 2  45.45 
 
 
104 aa  83.2  0.000000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.12 
 
 
479 aa  81.3  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  24.43 
 
 
567 aa  80.5  0.00000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  23.21 
 
 
452 aa  78.2  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.05 
 
 
463 aa  77  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.19 
 
 
475 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.91 
 
 
474 aa  75.1  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.25 
 
 
471 aa  74.3  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.18 
 
 
519 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.18 
 
 
519 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  28.02 
 
 
495 aa  73.9  0.000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  25.57 
 
 
468 aa  74.3  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  23.96 
 
 
471 aa  72.4  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.61 
 
 
473 aa  70.9  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  24.93 
 
 
469 aa  70.5  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.91 
 
 
454 aa  69.7  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.25 
 
 
471 aa  70.1  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.29 
 
 
477 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.55 
 
 
500 aa  68.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.35 
 
 
451 aa  67.4  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  21.92 
 
 
505 aa  67  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.01 
 
 
476 aa  66.6  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.53 
 
 
499 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.05 
 
 
491 aa  66.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.38 
 
 
499 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.07 
 
 
518 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.42 
 
 
493 aa  65.1  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.44 
 
 
481 aa  64.7  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.27 
 
 
473 aa  63.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.68 
 
 
473 aa  63.5  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.07 
 
 
479 aa  63.5  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.2 
 
 
434 aa  62.8  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0237  deoxyribodipyrimidine photolyase-like  44.59 
 
 
114 aa  62.8  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.969227  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.31 
 
 
486 aa  62.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.11 
 
 
500 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.28 
 
 
486 aa  62  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.41 
 
 
519 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.27 
 
 
473 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.27 
 
 
473 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.91 
 
 
483 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.06 
 
 
479 aa  61.2  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25 
 
 
477 aa  61.2  0.00000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  21.98 
 
 
481 aa  61.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.06 
 
 
481 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.32 
 
 
486 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.97 
 
 
478 aa  60.8  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.32 
 
 
534 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.32 
 
 
486 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25 
 
 
469 aa  60.8  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.32 
 
 
497 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.32 
 
 
486 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.32 
 
 
486 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.19 
 
 
487 aa  60.5  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.3 
 
 
490 aa  60.1  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.32 
 
 
486 aa  60.1  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.85 
 
 
488 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.65 
 
 
483 aa  58.9  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.46 
 
 
473 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.56 
 
 
477 aa  59.3  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>