More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_0888 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_0888  putative methyltransferase  100 
 
 
349 aa  720    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00286153  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0856  putative methyltransferase  69.27 
 
 
397 aa  521  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.972031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3745  putative methyltransferase  68.85 
 
 
366 aa  491  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.319573  normal  0.284023 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3334  putative methyltransferase  67.1 
 
 
382 aa  490  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3490  putative methyltransferase  66.67 
 
 
383 aa  488  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3462  putative methyltransferase  64.25 
 
 
388 aa  484  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.819699  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3340  putative methyltransferase  62.78 
 
 
388 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187439  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3203  putative methyltransferase  61.44 
 
 
395 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2842  putative methyltransferase  64.07 
 
 
345 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2860  putative methyltransferase  63.79 
 
 
345 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.720716  normal  0.337027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2864  putative methyltransferase  63.79 
 
 
345 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0707345  normal  0.615329 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2758  putative methyltransferase  63.79 
 
 
345 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00146389  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2976  putative methyltransferase  63.79 
 
 
345 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.697041  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3066  putative methyltransferase  63.84 
 
 
365 aa  451  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000260678 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02475  predicted methyltransferase  63.23 
 
 
345 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.973085  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.23 
 
 
345 aa  449  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0787829  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3818  putative methyltransferase  63.23 
 
 
345 aa  449  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00192845  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1096  putative methyltransferase  63.23 
 
 
345 aa  449  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00945167  normal  0.153252 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2734  putative methyltransferase  63.23 
 
 
345 aa  449  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00198303  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2955  putative methyltransferase  63.23 
 
 
345 aa  449  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00122463  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2868  putative methyltransferase  63.23 
 
 
345 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00725201  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02439  hypothetical protein  63.23 
 
 
345 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.969091  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2526  putative methyltransferase  46.9 
 
 
333 aa  277  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.583964 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0299  tRNA/rRNA methyltransferase  41.51 
 
 
364 aa  219  7.999999999999999e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3200  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.68 
 
 
278 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01826  tRNA/rRNA methyltransferase  38.46 
 
 
240 aa  172  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0791566  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1790  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.06 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2713  RNA methyltransferase  32.64 
 
 
255 aa  110  4.0000000000000004e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000150501  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.38 
 
 
250 aa  106  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1975  RNA methyltransferase  32.39 
 
 
250 aa  104  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.602495  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.92 
 
 
246 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0729  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  31.69 
 
 
246 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00179168  hitchhiker  0.0000000825848 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0708  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  31.69 
 
 
246 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.106779  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0348  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.31 
 
 
232 aa  100  3e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3263  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  32.13 
 
 
246 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000357773  hitchhiker  0.0000120778 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0738  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  31.69 
 
 
246 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000750261  hitchhiker  0.000830683 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3084  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.1 
 
 
234 aa  100  4e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3646  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  31.56 
 
 
246 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0005449  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0750  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  31.28 
 
 
246 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.050001  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3934  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  32 
 
 
246 aa  99.8  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0684  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  31.73 
 
 
246 aa  99.8  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000107401  hitchhiker  0.000276778 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0549  RNA methyltransferase  29.71 
 
 
282 aa  99.4  8e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.106936  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0306  TrmH family tRNA methyltransferase  31.02 
 
 
268 aa  98.2  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4616  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.16 
 
 
251 aa  97.4  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0698  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  31.2 
 
 
246 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000126768  hitchhiker  0.000148247 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  28.33 
 
 
248 aa  96.7  6e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.32 
 
 
652 aa  96.3  7e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0572  RNA methyltransferase  29.96 
 
 
252 aa  95.5  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.54 
 
 
387 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30.99 
 
 
542 aa  95.1  2e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2125  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.96 
 
 
267 aa  94.7  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00183225 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0619  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.46 
 
 
248 aa  94.7  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  31.3 
 
 
245 aa  94  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.15 
 
 
249 aa  94  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.11 
 
 
248 aa  94.4  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0590  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.71 
 
 
247 aa  93.6  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0629521 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  30.2 
 
 
536 aa  94  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.49 
 
 
246 aa  93.6  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  30.37 
 
 
251 aa  93.6  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3066  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.2 
 
 
240 aa  93.6  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0466903  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  31.52 
 
 
247 aa  93.2  6e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3354  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.17 
 
 
246 aa  93.2  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0824924  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  29.92 
 
 
323 aa  93.2  7e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0139  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.11 
 
 
239 aa  92.8  8e-18  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.3147  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4647  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.96 
 
 
243 aa  92.8  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  27.76 
 
 
288 aa  92.8  9e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0340  rRNA methylase  31.36 
 
 
251 aa  92.4  9e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000065422  hitchhiker  0.000000457527 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4766  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.96 
 
 
243 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  35.38 
 
 
373 aa  92  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0512  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.74 
 
 
246 aa  92.4  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.801962  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.15 
 
 
248 aa  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4637  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.54 
 
 
243 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4787  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.54 
 
 
243 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.535347 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  32.09 
 
 
242 aa  90.9  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4730  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.54 
 
 
243 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653349  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0111  RNA methyltransferase  28.33 
 
 
244 aa  90.1  5e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.72575  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.34 
 
 
246 aa  90.1  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1685  RNA methyltransferase  33.06 
 
 
247 aa  90.1  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  27.89 
 
 
258 aa  90.1  6e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1952  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.68 
 
 
249 aa  88.6  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192132  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.24 
 
 
254 aa  89.4  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  33.96 
 
 
372 aa  89  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.15 
 
 
416 aa  88.2  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.15 
 
 
442 aa  87.8  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4711  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.41 
 
 
243 aa  88.6  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.02 
 
 
316 aa  88.2  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0991  tRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase, putative  34.24 
 
 
255 aa  87.8  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1270  RNA methyltransferase  28.51 
 
 
251 aa  88.6  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.907902  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1105  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.24 
 
 
255 aa  87.8  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.919918  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1469  RNA methyltransferase  32.78 
 
 
247 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3288  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.42 
 
 
246 aa  87.8  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.679975  hitchhiker  0.00104761 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1067  RNA methyltransferase TrmH, group 3  32.37 
 
 
247 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1448  RNA methyltransferase  32.78 
 
 
247 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  28.81 
 
 
250 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1547  RNA methyltransferase  32.37 
 
 
247 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.844862  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1408  RNA methyltransferase  28.1 
 
 
255 aa  87.4  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0243869  normal  0.695011 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.99 
 
 
243 aa  87  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.42 
 
 
245 aa  87  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2091  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.25 
 
 
247 aa  87  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.254713  normal  0.346719 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5696  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  28.99 
 
 
243 aa  87  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>