98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2129 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_2129  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  100 
 
 		 183 aa  367  1e-101  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2285  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.1 
 
 		 175 aa  166  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2555  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  47.57 
 
 		 172 aa  150  1e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0279  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  42.93 
 
 		 170 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0666244 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1625  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  46.99 
 
 		 172 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1947  ComEA-related protein  38.8 
 
 		 162 aa  102  4e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2181  ComEA-related protein  37.16 
 
 		 163 aa  90.1  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.204715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  32.61 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.67 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06940  glycogen/starch synthase, ADP-glucose type  36.47 
 
 		 587 aa  55.1  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.1185  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1000  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3053  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40 
 
 		 200 aa  54.3  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  32.14 
 
 		 261 aa  53.9  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.28 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2312  hypothetical protein  43.86 
 
 		 222 aa  53.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.92281  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1596  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  38.24 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1157  comE operon protein 1, putative  38.71 
 
 		 224 aa  52.8  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.46 
 
 		 187 aa  52.4  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0826  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  38.81 
 
 		 355 aa  52  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0217462  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.43 
 
 		 181 aa  52.4  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  38.46 
 
 		 422 aa  52  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5823  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.73 
 
 		 158 aa  52  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2451  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.71 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0119288  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0773  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.67 
 
 		 250 aa  50.8  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.466163  normal  0.364804 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.19 
 
 		 201 aa  49.3  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1741  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.55 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0277947  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.5 
 
 		 290 aa  49.3  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5471  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  31.07 
 
 		 225 aa  49.3  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40 
 
 		 271 aa  48.9  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3189  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.1 
 
 		 286 aa  48.9  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.34 
 
 		 213 aa  48.9  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  33.33 
 
 		 128 aa  48.5  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17330  DNA uptake protein  37.93 
 
 		 305 aa  48.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.353261  normal  0.0144782 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12930  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.36 
 
 		 245 aa  47.8  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149409  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.92 
 
 		 214 aa  47.4  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0781  competence protein CelA  41.54 
 
 		 217 aa  47.4  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.918663  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2102  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.29 
 
 		 319 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2830  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.93 
 
 		 230 aa  46.6  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.192028  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0570  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  33.33 
 
 		 224 aa  46.6  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000494468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13270  DNA uptake protein  28.95 
 
 		 301 aa  46.2  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.560922 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1202  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.54 
 
 		 242 aa  46.2  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4178  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.94 
 
 		 199 aa  45.8  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.666456  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  37.5 
 
 		 279 aa  45.8  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0805  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36 
 
 		 250 aa  46.2  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2245  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.83 
 
 		 326 aa  45.8  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  38.71 
 
 		 231 aa  46.2  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1766  competence protein ComEA  36 
 
 		 89 aa  45.4  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0368807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0274  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.14 
 
 		 662 aa  45.4  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2273  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  45.61 
 
 		 259 aa  45.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.231171 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7078  putative DNA-binding protein  32.26 
 
 		 385 aa  45.4  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.537278 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.67 
 
 		 269 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.78 
 
 		 227 aa  45.4  0.0005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1518  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.87 
 
 		 377 aa  45.1  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.663544  normal  0.893381 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.35 
 
 		 206 aa  45.4  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  38.33 
 
 		 100 aa  45.1  0.0006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4408  comE operon protein 1  35.94 
 
 		 198 aa  45.1  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2211  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.38 
 
 		 320 aa  44.7  0.0007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4460  comE operon protein 1  35.94 
 
 		 198 aa  44.7  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000156919  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  38.71 
 
 		 180 aa  44.7  0.0007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0688  Soluble ligand binding domain protein  32.39 
 
 		 308 aa  43.9  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.108278 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2037  hypothetical protein  38.6 
 
 		 198 aa  44.3  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4074  comE operon protein 1  33.33 
 
 		 199 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3469  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.71 
 
 		 280 aa  44.3  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.389617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1175  DNA uptake protein related DNA-binding protein  32.38 
 
 		 246 aa  43.9  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000209814  hitchhiker  0.00000760392 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3848  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.1 
 
 		 279 aa  43.5  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4447  comE operon protein 1  35.38 
 
 		 198 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00373204  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0790  comE operon protein 1  35.38 
 
 		 198 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0708257  hitchhiker  0.000000131461 
 
 
-
 
NC_002950  PG1691  hypothetical protein  31.03 
 
 		 234 aa  43.1  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.631866 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4226  comE operon protein 1  33.33 
 
 		 199 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4064  comE operon protein 1  33.33 
 
 		 199 aa  43.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0884227  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1371  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  30.59 
 
 		 253 aa  43.5  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.106301  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4553  ComE operon protein 1  33.33 
 
 		 198 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0361747  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3435  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.5 
 
 		 304 aa  43.5  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0218719  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0943  comEA protein  21.89 
 
 		 262 aa  43.1  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.36 
 
 		 93 aa  43.1  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0643  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.38 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000019703  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4349  comE operon protein 1  33.33 
 
 		 198 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000484477 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00090  hypothetical protein  31.34 
 
 		 266 aa  42.7  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.452034  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  29.59 
 
 		 243 aa  42.7  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.43 
 
 		 190 aa  42.7  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07770  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  33.87 
 
 		 255 aa  42.7  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.734048 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  30 
 
 		 111 aa  42  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1142  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat-containing protein  31.67 
 
 		 315 aa  42  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.702524  normal  0.935531 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  36.54 
 
 		 297 aa  42  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1944  DNA uptake protein related DNA-binding protein  36.51 
 
 		 200 aa  42.4  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.727384  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.38 
 
 		 222 aa  42  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1886  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.48 
 
 		 300 aa  42  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.528332  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40 
 
 		 131 aa  42  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1879  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.49 
 
 		 107 aa  42  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382969  normal  0.520774 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1611  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.31 
 
 		 278 aa  41.6  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  39.68 
 
 		 116 aa  41.6  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2967  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  31.75 
 
 		 150 aa  41.6  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.938885  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1589  DNA uptake protein related DNA-binding protein  33.87 
 
 		 211 aa  41.6  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.821877  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  32.26 
 
 		 100 aa  41.2  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0767  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.59 
 
 		 720 aa  41.2  0.009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.09 
 
 		 121 aa  41.2  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.09 
 
 		 121 aa  41.2  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1085  RNA binding S1 domain protein  35.29 
 
 		 705 aa  40.8  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.972092 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>