96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_00090 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_00090  hypothetical protein  100 
 
 
266 aa  531  1e-150  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.452034  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1931  hypothetical protein  44.98 
 
 
295 aa  209  5e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0729  hypothetical protein  39.69 
 
 
277 aa  182  5.0000000000000004e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1287  DNA uptake protein and related DNA-binding protein  24.29 
 
 
306 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1689  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  24.9 
 
 
329 aa  78.2  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.71012 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0835  hypothetical protein  25.35 
 
 
299 aa  74.7  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.149373  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0664  hypothetical protein  34.88 
 
 
237 aa  72.8  0.000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.33 
 
 
181 aa  69.7  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.56 
 
 
181 aa  68.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4872  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  21.38 
 
 
313 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.01 
 
 
227 aa  65.9  0.0000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0329  DNA uptake protein  30.77 
 
 
234 aa  56.6  0.0000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1741  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.83 
 
 
184 aa  55.8  0.0000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0277947  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2082  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  25.93 
 
 
169 aa  54.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.918222  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0826  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  50 
 
 
355 aa  54.7  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0217462  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1635  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.53 
 
 
228 aa  52.4  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0496  DNA uptake-like protein  34.88 
 
 
220 aa  52.4  0.000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0194671  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  38.71 
 
 
296 aa  52  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1691  hypothetical protein  28.21 
 
 
234 aa  51.6  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.631866 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  48.94 
 
 
271 aa  50.8  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1647  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.85 
 
 
225 aa  50.8  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1682  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.85 
 
 
225 aa  50.8  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00173147  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1008  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.45 
 
 
114 aa  50.1  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000463906  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13270  DNA uptake protein  35.48 
 
 
301 aa  49.3  0.00006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.560922 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2573  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.21 
 
 
112 aa  49.3  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.73465  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12460  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  32.89 
 
 
285 aa  49.3  0.00006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1233  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.61 
 
 
171 aa  49.3  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.31 
 
 
190 aa  48.9  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  37.7 
 
 
213 aa  48.9  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1142  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat-containing protein  33.93 
 
 
315 aa  48.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.702524  normal  0.935531 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5471  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.94 
 
 
225 aa  47.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06940  glycogen/starch synthase, ADP-glucose type  41.27 
 
 
587 aa  47.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.1185  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1371  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.51 
 
 
253 aa  47.4  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.106301  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  33.85 
 
 
279 aa  47  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1611  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  34.85 
 
 
278 aa  47  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2137  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.94 
 
 
100 aa  46.6  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  29.17 
 
 
135 aa  46.2  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  29.17 
 
 
135 aa  46.2  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12930  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.79 
 
 
245 aa  46.2  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149409  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.48 
 
 
277 aa  46.6  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.26 
 
 
214 aa  45.8  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  36.21 
 
 
267 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3525  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.21 
 
 
267 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3593  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  36.21 
 
 
267 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.663406 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1521  late competence protein required for DNA binding and uptake  38.1 
 
 
231 aa  45.8  0.0007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3915  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.9 
 
 
269 aa  45.8  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261792  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1596  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  31.88 
 
 
207 aa  45.4  0.0009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1589  DNA uptake protein related DNA-binding protein  34.43 
 
 
211 aa  44.7  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.821877  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.91 
 
 
131 aa  45.4  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4458  RNA-binding S1 domain-containing protein  26.27 
 
 
770 aa  44.7  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.135865  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2875  RNA binding S1 domain protein  28.17 
 
 
791 aa  44.7  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  27.87 
 
 
290 aa  45.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1625  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  35.82 
 
 
172 aa  44.3  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  37.7 
 
 
187 aa  44.7  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  31.15 
 
 
194 aa  44.3  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0570  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  32.26 
 
 
224 aa  43.9  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000494468  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1113  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.14 
 
 
207 aa  44.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.560753 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2830  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.43 
 
 
230 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.192028  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2476  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.93 
 
 
121 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2544  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  30.61 
 
 
121 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.644466  normal  0.0231779 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.82 
 
 
206 aa  44.3  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2891  hypothetical protein  32.39 
 
 
789 aa  43.9  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0606  hypothetical protein  31.75 
 
 
341 aa  43.9  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.480028  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07770  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  31.75 
 
 
255 aa  43.9  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.734048 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2746  hypothetical protein  32.39 
 
 
789 aa  43.9  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3421  RNA-binding S1 domain-containing protein  28.17 
 
 
788 aa  43.9  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.507063  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1124  RNA-binding S1 domain-containing protein  33.33 
 
 
724 aa  43.9  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1232  RNA binding S1  30.88 
 
 
787 aa  43.9  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.821312  normal  0.0934617 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1066  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  36.92 
 
 
99 aa  43.9  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0922  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  36.92 
 
 
99 aa  43.9  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.425592 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12443  hypothetical protein  42.86 
 
 
297 aa  43.1  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2122  RNA-binding S1 domain-containing protein  30.3 
 
 
849 aa  43.1  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00161735  normal  0.0955174 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1513  hypothetical protein  40.32 
 
 
106 aa  43.5  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2662  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.82 
 
 
263 aa  43.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0963672  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0313  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  31.15 
 
 
205 aa  43.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0283813  normal  0.592381 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1680  RNA binding S1 domain-containing protein  28.57 
 
 
784 aa  42.7  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.162131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  29.41 
 
 
774 aa  42.7  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2273  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  30.36 
 
 
259 aa  42.7  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.231171 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2129  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  31.34 
 
 
183 aa  42.7  0.006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2211  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  30.3 
 
 
320 aa  42.7  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0773  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  22.16 
 
 
250 aa  42.7  0.006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.466163  normal  0.364804 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3470  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.38 
 
 
104 aa  42.7  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.6047 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68710  hypothetical protein  27.94 
 
 
779 aa  42.7  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329631  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  39.13 
 
 
301 aa  42.4  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5945  hypothetical protein  27.94 
 
 
779 aa  42.4  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.961122  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1953  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.57 
 
 
238 aa  42.7  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00139923  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1122  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.14 
 
 
235 aa  42.4  0.008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.266281  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2642  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.63 
 
 
121 aa  42.4  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.377933 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1042  RNA-binding S1 domain-containing protein  27.14 
 
 
794 aa  42.4  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.889463  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1736  RNA-binding S1 domain-containing protein  28.57 
 
 
774 aa  42.4  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.605663  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  33.93 
 
 
243 aa  42.4  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3374  RNA-binding S1 domain-containing protein  27.14 
 
 
786 aa  42.4  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0478  hypothetical protein  36.51 
 
 
656 aa  42.4  0.008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.522287  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1257  helix-hairpin-helix DNA-binding, class 1  40.43 
 
 
422 aa  42.4  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0994426 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  32.79 
 
 
100 aa  42  0.01  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2744  RNA binding S1  29.41 
 
 
772 aa  42  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>