More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1453 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  72.47 
 
 		 305 aa  398  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  64.79 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  64.08 
 
 		 294 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  61.97 
 
 		 323 aa  348  7e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  39.59 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  43.03 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 321 aa  172  9e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 334 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 306 aa  158  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 304 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4445  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.53 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 303 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.26 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.26 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  34.83 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3208  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4952  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.92 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.99 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0853  putative glycine cleavage operon activator  34.14 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 322 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 322 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>