More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_12780 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_12780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
364 aa  678    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.32 
 
 
339 aa  189  5e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.53 
 
 
334 aa  176  5e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.95 
 
 
358 aa  170  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.98 
 
 
321 aa  169  7e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.38 
 
 
344 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  41.06 
 
 
324 aa  160  4e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.36 
 
 
388 aa  159  8e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.31 
 
 
376 aa  159  8e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5162  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.2 
 
 
320 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.540091  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3449  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.23 
 
 
325 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.33 
 
 
337 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4776  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.51 
 
 
320 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4862  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.51 
 
 
320 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.43837  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0299  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  39.62 
 
 
608 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347067 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.65 
 
 
351 aa  144  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.96 
 
 
324 aa  143  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5378  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.41 
 
 
323 aa  143  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179214 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.72 
 
 
333 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4313  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  41.31 
 
 
595 aa  140  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4020  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.99 
 
 
317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.89 
 
 
344 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13656  cell cycle protein mesJ  40.66 
 
 
323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0912729  decreased coverage  0.0000749619 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1411  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.42 
 
 
322 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.31 
 
 
333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.103594 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.23 
 
 
372 aa  132  7.999999999999999e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.37 
 
 
335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2989  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.56 
 
 
384 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0614  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.23 
 
 
341 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.83 
 
 
386 aa  126  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0700  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.48 
 
 
330 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0555  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.49 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.644059  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.88 
 
 
308 aa  113  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.955861  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01210  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.64 
 
 
394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.1 
 
 
398 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.135787 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.3 
 
 
334 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.87 
 
 
306 aa  104  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24800  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.12 
 
 
356 aa  103  4e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.04 
 
 
442 aa  103  7e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.26 
 
 
470 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.03 
 
 
425 aa  102  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.35 
 
 
480 aa  100  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.37 
 
 
241 aa  100  3e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.79 
 
 
438 aa  100  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  20.72 
 
 
455 aa  98.6  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.49 
 
 
462 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.89 
 
 
469 aa  98.6  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33 
 
 
443 aa  98.6  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0529  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.25 
 
 
324 aa  98.2  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0224456 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.97 
 
 
509 aa  97.4  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.9 
 
 
468 aa  97.4  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.8 
 
 
464 aa  97.1  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.26 
 
 
470 aa  95.5  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.14 
 
 
471 aa  95.1  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
442 aa  94.7  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.98 
 
 
442 aa  94.7  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.77 
 
 
469 aa  94.4  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.7 
 
 
448 aa  93.6  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.02 
 
 
469 aa  93.6  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  31.65 
 
 
420 aa  93.2  7e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.64 
 
 
423 aa  92.4  1e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.91 
 
 
450 aa  92  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.82 
 
 
390 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.76 
 
 
433 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.87 
 
 
481 aa  91.3  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  30.96 
 
 
460 aa  91.7  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.44 
 
 
456 aa  91.7  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  34.67 
 
 
431 aa  92  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  34.67 
 
 
431 aa  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.74 
 
 
336 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29 
 
 
324 aa  91.7  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.82 
 
 
524 aa  90.5  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.55 
 
 
454 aa  90.1  6e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.23 
 
 
464 aa  89.7  7e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.43 
 
 
455 aa  89.7  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.72 
 
 
464 aa  89.4  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.67 
 
 
457 aa  89.4  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.83 
 
 
462 aa  88.2  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0818  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.97 
 
 
440 aa  88.6  2e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00477647  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.84 
 
 
473 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.76 
 
 
326 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.63 
 
 
326 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.25 
 
 
457 aa  87.4  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.34 
 
 
476 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.74 
 
 
486 aa  87.4  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.57 
 
 
323 aa  87  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00761  ATPase  32.05 
 
 
343 aa  87  5e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.247507 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.28 
 
 
445 aa  86.7  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.6 
 
 
430 aa  86.7  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0014  MesJ/Ycf62 family protein  29.52 
 
 
424 aa  86.3  7e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.82 
 
 
325 aa  86.3  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.3 
 
 
436 aa  86.3  8e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  28.94 
 
 
436 aa  85.5  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.34 
 
 
476 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.2 
 
 
335 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.8 
 
 
487 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
445 aa  85.9  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  29.74 
 
 
342 aa  85.1  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.71 
 
 
426 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.2 
 
 
451 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>