More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3018 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
450 aa  928    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  44.99 
 
 
454 aa  379  1e-104  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.21 
 
 
465 aa  331  1e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.6 
 
 
445 aa  323  4e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.81 
 
 
446 aa  317  3e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.04 
 
 
444 aa  316  6e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  39.86 
 
 
436 aa  313  4.999999999999999e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.82 
 
 
436 aa  308  1.0000000000000001e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.52 
 
 
431 aa  285  1.0000000000000001e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  34.21 
 
 
454 aa  280  3e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.51 
 
 
461 aa  228  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.39 
 
 
476 aa  211  2e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.82 
 
 
480 aa  203  5e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.43 
 
 
459 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.05 
 
 
485 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.63 
 
 
470 aa  197  3e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  30.77 
 
 
470 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.07 
 
 
472 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.51 
 
 
468 aa  193  5e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  28.22 
 
 
464 aa  192  8e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.56 
 
 
469 aa  192  1e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.7 
 
 
469 aa  190  5e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  29.98 
 
 
476 aa  189  7e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.54 
 
 
470 aa  189  9e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.17 
 
 
454 aa  186  8e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28 
 
 
471 aa  184  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.51 
 
 
458 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.29 
 
 
476 aa  178  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.49 
 
 
492 aa  171  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.21 
 
 
462 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  37.7 
 
 
354 aa  170  5e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  27.89 
 
 
444 aa  169  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  35.1 
 
 
332 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  29.29 
 
 
458 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.27 
 
 
328 aa  162  9e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.97 
 
 
336 aa  160  4e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.09 
 
 
306 aa  159  1e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.89 
 
 
468 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.25 
 
 
455 aa  157  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.48 
 
 
457 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.05 
 
 
457 aa  156  9e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.99 
 
 
473 aa  156  9e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.86 
 
 
311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.64 
 
 
457 aa  152  8e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.51 
 
 
325 aa  153  8e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.85 
 
 
472 aa  152  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.62 
 
 
476 aa  150  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.12 
 
 
325 aa  150  6e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.62 
 
 
476 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  26.08 
 
 
476 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.98 
 
 
334 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.21 
 
 
464 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.85 
 
 
476 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  26.3 
 
 
476 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  26.3 
 
 
476 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.3 
 
 
476 aa  147  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  32.68 
 
 
471 aa  147  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.53 
 
 
456 aa  147  5e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  26.3 
 
 
476 aa  147  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.33 
 
 
414 aa  147  5e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  26.08 
 
 
476 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.83 
 
 
476 aa  146  9e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.94 
 
 
419 aa  144  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.3 
 
 
476 aa  145  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  25.43 
 
 
682 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.62 
 
 
442 aa  139  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.75 
 
 
455 aa  138  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.78 
 
 
509 aa  136  9e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.98 
 
 
457 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.45 
 
 
423 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.04 
 
 
442 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 
241 aa  135  1.9999999999999998e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.39 
 
 
470 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  35.38 
 
 
430 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 
481 aa  130  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.84 
 
 
469 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.68 
 
 
450 aa  126  8.000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.02 
 
 
456 aa  123  5e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25 
 
 
474 aa  123  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.69 
 
 
334 aa  121  3e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.67 
 
 
338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.17 
 
 
455 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  31.82 
 
 
342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.48 
 
 
521 aa  117  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.03 
 
 
524 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33 
 
 
464 aa  116  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.59 
 
 
344 aa  113  7.000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.46 
 
 
486 aa  113  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  36.84 
 
 
460 aa  113  9e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  33.02 
 
 
357 aa  113  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  25.65 
 
 
449 aa  111  3e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0531  hypothetical protein  25.29 
 
 
431 aa  110  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00156827  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  25.29 
 
 
431 aa  110  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.3 
 
 
449 aa  110  5e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.81 
 
 
326 aa  110  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.65 
 
 
438 aa  110  7.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.4 
 
 
324 aa  109  9.000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.81 
 
 
326 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  29.88 
 
 
676 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.92 
 
 
489 aa  105  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>