More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3762 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
445 aa  920    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  42.51 
 
 
454 aa  347  3e-94  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.99 
 
 
465 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.05 
 
 
446 aa  329  7e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.6 
 
 
450 aa  323  4e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  39.32 
 
 
436 aa  321  9.999999999999999e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.43 
 
 
436 aa  307  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.02 
 
 
444 aa  289  6e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.11 
 
 
431 aa  275  2.0000000000000002e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  33.1 
 
 
454 aa  242  1e-62  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.42 
 
 
461 aa  208  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  28.54 
 
 
455 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.5 
 
 
454 aa  183  7e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.4 
 
 
457 aa  178  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.89 
 
 
471 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.63 
 
 
468 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.39 
 
 
470 aa  172  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  27 
 
 
476 aa  168  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29 
 
 
470 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.65 
 
 
470 aa  167  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.43 
 
 
328 aa  166  9e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.22 
 
 
472 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.9 
 
 
325 aa  164  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.23 
 
 
325 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.71 
 
 
476 aa  162  8.000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.71 
 
 
334 aa  160  6e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  33.33 
 
 
354 aa  157  3e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  27.56 
 
 
464 aa  156  6e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.64 
 
 
469 aa  156  8e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.62 
 
 
456 aa  155  9e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  26.09 
 
 
470 aa  155  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.38 
 
 
509 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.83 
 
 
458 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.16 
 
 
481 aa  154  4e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  28.32 
 
 
468 aa  153  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.77 
 
 
480 aa  152  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.86 
 
 
473 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.42 
 
 
457 aa  151  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.47 
 
 
469 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  28.28 
 
 
458 aa  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.45 
 
 
492 aa  151  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.71 
 
 
442 aa  150  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.41 
 
 
336 aa  150  4e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  27.03 
 
 
476 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  26.8 
 
 
476 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.03 
 
 
476 aa  147  5e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  26.58 
 
 
476 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  26.58 
 
 
476 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  26.58 
 
 
476 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
311 aa  146  8.000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.58 
 
 
476 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.52 
 
 
476 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.73 
 
 
423 aa  144  3e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  34.71 
 
 
332 aa  144  3e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.17 
 
 
462 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.64 
 
 
476 aa  144  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.16 
 
 
419 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  28.38 
 
 
444 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.75 
 
 
472 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.54 
 
 
414 aa  138  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.68 
 
 
476 aa  138  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.58 
 
 
456 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.6 
 
 
457 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.68 
 
 
476 aa  136  8e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.67 
 
 
306 aa  135  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.46 
 
 
485 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.77 
 
 
455 aa  133  5e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  31.5 
 
 
471 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.49 
 
 
459 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.13 
 
 
464 aa  129  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25 
 
 
450 aa  124  3e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.23 
 
 
442 aa  124  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  25.86 
 
 
430 aa  123  6e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.3 
 
 
460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.75 
 
 
241 aa  120  7e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.33 
 
 
455 aa  120  7e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.03 
 
 
457 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.48 
 
 
521 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.09 
 
 
464 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  34.92 
 
 
342 aa  114  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.88 
 
 
438 aa  113  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  24.31 
 
 
682 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.47 
 
 
469 aa  111  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.6 
 
 
326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.76 
 
 
486 aa  110  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.19 
 
 
449 aa  110  7.000000000000001e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.68 
 
 
338 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  24.19 
 
 
449 aa  108  2e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.17 
 
 
324 aa  107  3e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.26 
 
 
524 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.17 
 
 
326 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  30.43 
 
 
460 aa  106  8e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.4 
 
 
476 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0148  MesJ/Ycf62 family protein  24.24 
 
 
432 aa  105  2e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.08 
 
 
445 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  31.68 
 
 
357 aa  104  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  33.79 
 
 
420 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  22.22 
 
 
676 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.02 
 
 
334 aa  103  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.95 
 
 
474 aa  103  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>