More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5217 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
444 aa  914    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.78 
 
 
436 aa  337  2.9999999999999997e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  39.24 
 
 
454 aa  337  2.9999999999999997e-91  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.36 
 
 
465 aa  317  4e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.04 
 
 
450 aa  316  6e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.55 
 
 
446 aa  305  8.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  38.18 
 
 
436 aa  302  6.000000000000001e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.28 
 
 
431 aa  298  1e-79  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.02 
 
 
445 aa  289  6e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  34.3 
 
 
454 aa  236  4e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.57 
 
 
461 aa  216  5e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.19 
 
 
470 aa  213  4.9999999999999996e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.57 
 
 
472 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.71 
 
 
473 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.97 
 
 
455 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.38 
 
 
469 aa  192  9e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.21 
 
 
457 aa  190  5e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.17 
 
 
469 aa  188  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.82 
 
 
471 aa  181  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.03 
 
 
468 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.45 
 
 
457 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.8 
 
 
470 aa  178  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.51 
 
 
468 aa  176  6e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.13 
 
 
476 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.16 
 
 
459 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.82 
 
 
470 aa  170  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  31.86 
 
 
470 aa  170  5e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  30.97 
 
 
476 aa  169  1e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.22 
 
 
457 aa  168  2e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  39.33 
 
 
332 aa  167  5e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.45 
 
 
458 aa  167  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.96 
 
 
481 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.69 
 
 
454 aa  163  6e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  29.89 
 
 
471 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.73 
 
 
464 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 
311 aa  162  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  29.65 
 
 
444 aa  162  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.68 
 
 
492 aa  159  7e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.09 
 
 
462 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.18 
 
 
485 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.33 
 
 
480 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.78 
 
 
476 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.47 
 
 
414 aa  152  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.9 
 
 
419 aa  152  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.61 
 
 
328 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.4 
 
 
306 aa  147  3e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  29.13 
 
 
464 aa  147  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.79 
 
 
457 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.14 
 
 
456 aa  146  8.000000000000001e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  37.33 
 
 
354 aa  144  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.63 
 
 
509 aa  143  6e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.15 
 
 
476 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.9 
 
 
476 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  26.67 
 
 
476 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  26.89 
 
 
476 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  26.89 
 
 
476 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.89 
 
 
476 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  26.89 
 
 
476 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  27.92 
 
 
676 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.05 
 
 
476 aa  139  7e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.48 
 
 
334 aa  139  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.27 
 
 
476 aa  138  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.16 
 
 
325 aa  138  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  26.44 
 
 
476 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.86 
 
 
336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.44 
 
 
476 aa  137  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.02 
 
 
325 aa  137  5e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.37 
 
 
423 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.4 
 
 
472 aa  134  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.08 
 
 
442 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.14 
 
 
486 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.06 
 
 
464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.46 
 
 
450 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.56 
 
 
456 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  35.22 
 
 
430 aa  127  5e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.75 
 
 
455 aa  123  7e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.34 
 
 
474 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  27.12 
 
 
682 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.73 
 
 
338 aa  121  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.97 
 
 
455 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.8 
 
 
469 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.67 
 
 
241 aa  117  3.9999999999999997e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  34.07 
 
 
460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.25 
 
 
460 aa  114  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.12 
 
 
334 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0014  MesJ/Ycf62 family protein  27.62 
 
 
424 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.58 
 
 
442 aa  111  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0016  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  30.8 
 
 
422 aa  110  3e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  33.64 
 
 
458 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.27 
 
 
524 aa  108  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0434  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33 
 
 
331 aa  107  4e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.73 
 
 
433 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34 
 
 
377 aa  106  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
390 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.68 
 
 
449 aa  104  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.03 
 
 
334 aa  104  3e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0631  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.85 
 
 
397 aa  103  5e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.1 
 
 
521 aa  103  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.66 
 
 
440 aa  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0012  putative cell-cycle protein, MesJ/Ycf62 family  32.43 
 
 
421 aa  103  8e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>