149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5632 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5849  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  100 
 
 
268 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5632  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  100 
 
 
268 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.030124 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0742  type III secretion inner membrane protein SctT, putative  53.08 
 
 
330 aa  279  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.588994  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0688  SctT  52.94 
 
 
531 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.833755  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2290  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  52.94 
 
 
322 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2208  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  52.94 
 
 
322 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.674997  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1639  putative type III secretion inner membrane protein SctT  52.55 
 
 
334 aa  276  3e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.895594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1944  putative type III secretion inner membrane protein SctT  52.55 
 
 
328 aa  276  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0624  putative type III secretion inner membrane protein SctT  52.55 
 
 
364 aa  276  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.271197  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0420  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  54.73 
 
 
272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1988  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  54.73 
 
 
272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1895  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  54.73 
 
 
272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.515047  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5941  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  54.72 
 
 
269 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.420279  normal  0.0376656 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0455  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  43.78 
 
 
284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.170011  normal  0.0448845 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03394  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  45.45 
 
 
276 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0872  Hrp conserved HRCT transmembrane protein  42.29 
 
 
282 aa  182  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224699  hitchhiker  0.00958817 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4220  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  34.63 
 
 
269 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0190073  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4742  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  34.63 
 
 
269 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.795706 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3749  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  34.2 
 
 
270 aa  125  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.514144  normal  0.0208478 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5439  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  32.9 
 
 
269 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.507551  normal  0.0986241 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3521  Type III secretion protein SpaR/YscT  32.9 
 
 
269 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.137102  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4845  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  32.9 
 
 
269 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000112612  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003360  type III secretion protein SpaR  30.14 
 
 
241 aa  98.2  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01724  Type III secretory pathway, component EscT  29.08 
 
 
260 aa  97.4  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5073  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  32.95 
 
 
258 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.908743  normal  0.0268532 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2413  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  32.27 
 
 
278 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0047  type III secretion apparatus protein YscT  31.49 
 
 
261 aa  90.1  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000121402  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1976  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  31.18 
 
 
266 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2280  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  29.94 
 
 
266 aa  85.5  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102149  normal  0.65037 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42640  translocation protein in type III secretion  32.09 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837601  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1753  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  28.09 
 
 
259 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334723  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1517  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  28.09 
 
 
259 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0297433  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1922  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  28.09 
 
 
259 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0419217  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1531  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  28.09 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.687941  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1554  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  28.09 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.894087  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0763  flagellar biosynthetic protein FliR  35.23 
 
 
258 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3010  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  33.82 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.100088  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3812  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  31.82 
 
 
264 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3927  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  31.82 
 
 
264 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3900  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  31.82 
 
 
264 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.772614  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0189  type III secretion apparatus protein SpaR/YscT/HrcT  25.83 
 
 
245 aa  70.1  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1206  type III secretion protein HrcT  28.57 
 
 
264 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.479816 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16700  flagellar biosynthetic protein FliR  27.59 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.794978  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0575  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  28.03 
 
 
251 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.418662  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2070  type III secretion system protein BsaY  28.03 
 
 
247 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.103757  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2165  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  28.03 
 
 
247 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2077  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  28.03 
 
 
247 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0750  type III secretion system protein BsaY  28.03 
 
 
247 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175102  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1534  type III secretion system protein BsaY  28.03 
 
 
256 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0660694  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0068  flagellar biosynthetic protein FliR  25.45 
 
 
266 aa  66.2  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.981811  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0838  type III secretion system protein BsaY  29.03 
 
 
251 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0425  flagellar biosynthesis protein FliR  26.86 
 
 
264 aa  65.1  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0702  flagellar biosynthesis protein FliR  28.05 
 
 
255 aa  64.3  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.310236  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3121  putative type III secretion system innermembrane protein, HcrT/YscT-like  26.47 
 
 
265 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000139463  hitchhiker  0.00260943 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0483  flagellar biosynthesis protein FliR  22.53 
 
 
261 aa  63.9  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0146503  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31040  flagellar biosynthetic protein FliR  26.54 
 
 
252 aa  62.4  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.567657  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3095  flagellar biosynthesis protein FliR  25.44 
 
 
264 aa  62  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3016  type III secretion apparatus protein EpaR  25 
 
 
255 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000240675  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0848  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  25 
 
 
255 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.669729  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2009  flagellar biosynthetic protein FliR  27.88 
 
 
253 aa  61.6  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0867  flagellar biosynthetic protein FliR  25.96 
 
 
253 aa  60.8  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0193  flagellar biosynthetic protein FliR  22.94 
 
 
263 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2974  flagellar biosynthetic protein FliR  28.34 
 
 
252 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1632  flagellar biosynthetic protein FliR  23.56 
 
 
257 aa  60.1  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0741  flagellar biosynthetic protein FliR  24.89 
 
 
253 aa  60.1  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2033  flagellar biosynthesis protein FliR  28.3 
 
 
265 aa  59.7  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.468794  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0243  lateral flagellar export/assembly protein LfiR  23.67 
 
 
260 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3442  flagellar biosynthetic protein FliR  25.32 
 
 
264 aa  59.3  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3182  type III secretion apparatus protein EpaR  23.14 
 
 
255 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0650  flagellar biosynthetic protein FliR  26.76 
 
 
256 aa  58.5  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3389  flagellar biosynthetic protein FliR  23.19 
 
 
260 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3288  flagellar biosynthetic protein FliR  26.82 
 
 
265 aa  55.8  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3069  flagellar biosynthetic protein FliR  24.44 
 
 
247 aa  55.8  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.159103  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3795  flagellar biosynthetic protein FliR  24.44 
 
 
256 aa  55.5  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0378  flagellar biosynthetic protein FliR  23.81 
 
 
261 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1668  flagellar biosynthetic protein FliR  26.42 
 
 
274 aa  55.1  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0291924  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2016  flagellar biosynthetic protein FliR  24.42 
 
 
264 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1411  flagellar biosynthetic protein FliR  27.44 
 
 
257 aa  54.3  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.844633  normal  0.465726 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0154  flagellar biosynthetic protein FliR  25 
 
 
263 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.502944 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0048  type III secretion protein SpaR/YscT/HrcT  25.7 
 
 
266 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4383  flagellar biosynthetic protein FliR  23.94 
 
 
247 aa  53.5  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0788  flagellar biosynthesis protein FliR  26.92 
 
 
255 aa  52.8  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000389137  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4197  flagellar biosynthetic protein FliR  24.12 
 
 
261 aa  53.1  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0853  type III secretion inner membrane protein SctT  23.14 
 
 
289 aa  51.6  0.00001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.761324  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1393  type III secretion protein HrcT  25.34 
 
 
264 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1164  flagellar biosynthetic protein FliR  28.05 
 
 
258 aa  50.8  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4136  flagellar biosynthetic protein FliR  26.67 
 
 
260 aa  51.2  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.140259  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0859  type III secretion system inner membrane R protein  25.57 
 
 
259 aa  51.2  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.213878  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2394  flagellar biosynthesis protein FliR  26.51 
 
 
255 aa  50.8  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5879  flagellar biosynthesis protein FliR  25.64 
 
 
261 aa  50.4  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.250463  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1750  flagellar biosynthetic protein FliR  27.03 
 
 
253 aa  50.8  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4759  flagellar biosynthetic protein FliR  28.65 
 
 
262 aa  50.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0696365  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3682  flagellar biosynthetic protein FliR  28.65 
 
 
262 aa  50.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0756404  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1258  flagellar biosynthesis protein FliR  25.24 
 
 
253 aa  50.1  0.00004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0798452  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0547  flagellar biosynthesis protein FliR  24.58 
 
 
253 aa  50.1  0.00004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00458922  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4646  flagellar biosynthetic protein FliR  24.48 
 
 
265 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.225853  normal  0.627037 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0010  flagellar biosynthetic protein FliR  27.31 
 
 
266 aa  49.7  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3442  flagellar biosynthesis protein FliR  23.83 
 
 
261 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0407  type III secretion system inner membrane R protein  27.78 
 
 
249 aa  49.3  0.00006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.578903 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1028  flagellar biosynthetic protein FliR  25.26 
 
 
253 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>