More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1846 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
388 aa  781    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.04 
 
 
372 aa  330  3e-89  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.18 
 
 
334 aa  186  6e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.65 
 
 
358 aa  178  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.64 
 
 
344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3449  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.73 
 
 
325 aa  159  9e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.63 
 
 
364 aa  153  5e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.33 
 
 
398 aa  153  5e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.135787 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  41.07 
 
 
337 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.69 
 
 
335 aa  150  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.88 
 
 
351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.33 
 
 
386 aa  147  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0614  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.22 
 
 
341 aa  147  5e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.34 
 
 
321 aa  146  6e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0299  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  39.58 
 
 
608 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347067 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  38.37 
 
 
324 aa  143  5e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2989  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.15 
 
 
384 aa  142  9e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.24 
 
 
344 aa  140  4.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.99 
 
 
339 aa  139  6e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.54 
 
 
376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.76 
 
 
324 aa  135  9e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4313  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  38.62 
 
 
595 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.2 
 
 
333 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5378  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.96 
 
 
323 aa  125  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179214 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5162  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.2 
 
 
320 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.540091  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.9 
 
 
333 aa  125  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.103594 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4776  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.2 
 
 
320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4862  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.2 
 
 
320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.43837  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0700  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.44 
 
 
330 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4020  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.28 
 
 
317 aa  116  5e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0555  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.42 
 
 
312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.644059  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0529  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.32 
 
 
324 aa  110  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0224456 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01210  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.13 
 
 
394 aa  108  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13656  cell cycle protein mesJ  33.65 
 
 
323 aa  106  8e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0912729  decreased coverage  0.0000749619 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1411  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.45 
 
 
322 aa  106  8e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.22 
 
 
422 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.95 
 
 
345 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.78 
 
 
457 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.09 
 
 
308 aa  102  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.955861  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  26.05 
 
 
342 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0175  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.82 
 
 
535 aa  101  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0164  hypothetical protein  36.32 
 
 
525 aa  101  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.156481  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.66 
 
 
468 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.79 
 
 
476 aa  100  4e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.21 
 
 
326 aa  99.4  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.06 
 
 
470 aa  99.4  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.21 
 
 
326 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.81 
 
 
417 aa  98.6  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.79 
 
 
455 aa  98.6  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.75 
 
 
454 aa  98.6  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.58 
 
 
481 aa  97.8  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.08 
 
 
323 aa  97.4  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.83 
 
 
470 aa  97.1  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25 
 
 
344 aa  96.7  6e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  29.74 
 
 
321 aa  96.7  7e-19  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.8 
 
 
442 aa  96.3  8e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.63 
 
 
324 aa  96.3  9e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.11 
 
 
345 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.22 
 
 
509 aa  95.5  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0074  MesJ-like protein  33.67 
 
 
334 aa  95.9  1e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.05 
 
 
471 aa  95.9  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.09 
 
 
325 aa  95.9  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.42 
 
 
319 aa  95.1  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  33.2 
 
 
476 aa  94.4  3e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.61 
 
 
487 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  39.44 
 
 
484 aa  94  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.8 
 
 
459 aa  93.6  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.95 
 
 
400 aa  93.6  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.29 
 
 
346 aa  94  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.77 
 
 
335 aa  93.6  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24800  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.36 
 
 
356 aa  93.2  7e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  36.63 
 
 
371 aa  92.8  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.51 
 
 
368 aa  92.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  33.33 
 
 
326 aa  92.8  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.72 
 
 
486 aa  92  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  41.99 
 
 
358 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40 
 
 
430 aa  91.3  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  31.91 
 
 
470 aa  90.9  3e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  36.63 
 
 
462 aa  90.1  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0581  ATP/GTP hydrolase  29.31 
 
 
330 aa  90.1  6e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.39 
 
 
472 aa  90.1  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.5 
 
 
464 aa  89.7  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.27 
 
 
524 aa  89.7  8e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.18 
 
 
346 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.96 
 
 
335 aa  89  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.95 
 
 
469 aa  89  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.82 
 
 
455 aa  89.4  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.87 
 
 
336 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.68 
 
 
450 aa  89  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.79 
 
 
468 aa  88.2  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.64 
 
 
306 aa  88.2  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.81 
 
 
464 aa  88.6  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.81 
 
 
464 aa  88.6  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.86 
 
 
409 aa  88.6  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.25 
 
 
433 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1743  hypothetical protein  28.29 
 
 
336 aa  88.2  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.89 
 
 
444 aa  87.8  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.39 
 
 
472 aa  87.4  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18411  ATPase  28.85 
 
 
336 aa  87.4  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.33 
 
 
445 aa  87.4  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>