More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_06570 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_06570  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
292 aa  586  1e-166  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3875  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  78.69 
 
 
294 aa  471  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.400709  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4476  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  76.37 
 
 
294 aa  464  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0677  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  75.34 
 
 
292 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0500  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  75.26 
 
 
294 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5031  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  75.95 
 
 
294 aa  457  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0545  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  75.26 
 
 
308 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0535  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  74.91 
 
 
294 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11250  hypothetical protein  75 
 
 
294 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1032  hypothetical protein  75 
 
 
292 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0553  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  74.91 
 
 
294 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.15699 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.08 
 
 
291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.12 
 
 
291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.92 
 
 
291 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.18 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  27.42 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  26.01 
 
 
294 aa  118  9e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2379  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.6 
 
 
290 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.502871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.19 
 
 
290 aa  115  8.999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.08 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.4 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.69 
 
 
291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.06 
 
 
299 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.75 
 
 
291 aa  109  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.67 
 
 
310 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.56 
 
 
299 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.21 
 
 
291 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.3 
 
 
296 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3502  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.2 
 
 
292 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.28 
 
 
286 aa  105  9e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.64 
 
 
296 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.05 
 
 
294 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.41 
 
 
298 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25 
 
 
286 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.29 
 
 
296 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
301 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.31 
 
 
288 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.74 
 
 
284 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.31 
 
 
294 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.12 
 
 
301 aa  99.8  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.03 
 
 
285 aa  99.8  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.64 
 
 
294 aa  99.8  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.92 
 
 
312 aa  99.4  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.37 
 
 
296 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.08 
 
 
288 aa  98.2  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.15 
 
 
301 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.4 
 
 
287 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.37 
 
 
277 aa  97.8  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.33 
 
 
300 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.46 
 
 
293 aa  97.4  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.7 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.29 
 
 
306 aa  96.3  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.54 
 
 
294 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24 
 
 
288 aa  95.9  7e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.51 
 
 
291 aa  95.9  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.17 
 
 
295 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.95 
 
 
297 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.51 
 
 
308 aa  94  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.9 
 
 
294 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.9 
 
 
294 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.11 
 
 
287 aa  93.2  4e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.6 
 
 
292 aa  92.8  5e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  23.89 
 
 
293 aa  92.4  8e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.25 
 
 
295 aa  91.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.42 
 
 
286 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.09 
 
 
285 aa  91.3  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.07 
 
 
304 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.59 
 
 
297 aa  90.1  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5508  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.25 
 
 
303 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.53 
 
 
297 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.63 
 
 
280 aa  89.7  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.26 
 
 
290 aa  89.7  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.75 
 
 
281 aa  89  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.55 
 
 
280 aa  89  8e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  24.41 
 
 
290 aa  89  9e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29 
 
 
298 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.77 
 
 
296 aa  88.6  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.86 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2995  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.02 
 
 
297 aa  88.2  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.737717  normal  0.385559 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32 
 
 
302 aa  87.8  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.37 
 
 
288 aa  87  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.61 
 
 
280 aa  86.7  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.81 
 
 
292 aa  86.7  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.11 
 
 
297 aa  87  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.61 
 
 
296 aa  86.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  31.4 
 
 
305 aa  86.3  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.82 
 
 
287 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0454  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.74 
 
 
320 aa  85.9  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  26.88 
 
 
300 aa  85.9  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.51 
 
 
295 aa  85.9  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.47 
 
 
283 aa  85.5  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.19 
 
 
301 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.12 
 
 
301 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.09 
 
 
306 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.29 
 
 
295 aa  84.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.42 
 
 
296 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.86 
 
 
296 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.53 
 
 
281 aa  83.2  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.39 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.71 
 
 
299 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>