More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0503 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0503  ABC transporter  100 
 
 
225 aa  433  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.11 
 
 
226 aa  235  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26240  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  56.89 
 
 
230 aa  214  7e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.408698  normal  0.833764 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.86 
 
 
258 aa  191  9e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.848892 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.35 
 
 
229 aa  189  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.737383  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8179  proline/glycine betaine ABC transporter  50.9 
 
 
223 aa  185  5e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
248 aa  183  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00306406  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.79 
 
 
248 aa  171  5.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000304534 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 
251 aa  164  8e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30020  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  42.47 
 
 
223 aa  154  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.115362  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.66 
 
 
225 aa  152  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.416296  normal  0.12861 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
225 aa  150  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.214986  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4964  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.517846  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
243 aa  143  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13788  osmoprotectant (glycine betaine/carnitine/choline/L-proline) transport system permease protein proZ  43.05 
 
 
239 aa  141  9e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.991425 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.28 
 
 
257 aa  141  9e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.74 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.71 
 
 
227 aa  129  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.360102 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
244 aa  125  5e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.729168  normal  0.839045 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000283909 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
236 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.163683 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.889629  hitchhiker  0.000819014 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.538253  normal  0.0824918 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
211 aa  115  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.241712  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
211 aa  115  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.13842  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  36.12 
 
 
228 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
213 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2357  amino acid ABC transporter, permease protein  33.5 
 
 
211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
211 aa  112  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.4946  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
229 aa  112  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0142604 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
217 aa  112  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.762927  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1515  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  33.33 
 
 
526 aa  111  9e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0692577  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2030  amino acid ABC transporter, permease protein  30.15 
 
 
211 aa  110  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.207242  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
519 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.417886 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
211 aa  108  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.41 
 
 
257 aa  107  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
525 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.615651  normal  0.522042 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
212 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0084  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  33.8 
 
 
528 aa  106  3e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.689632  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
261 aa  105  7e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.649793  normal  0.788807 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1174  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
209 aa  105  8e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
217 aa  105  8e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00802547 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0243  amino acid ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 
211 aa  104  9e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3333  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  29.67 
 
 
524 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000937167  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
216 aa  104  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.721959  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
220 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485727  normal  0.10095 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
243 aa  103  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0386  ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
504 aa  102  4e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
217 aa  102  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0299279 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
235 aa  102  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0139749  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
236 aa  102  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.660466  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3032  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.69 
 
 
531 aa  101  9e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.367999  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0746  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  38.31 
 
 
504 aa  100  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0763  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  38.31 
 
 
504 aa  100  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.458546  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
261 aa  101  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
213 aa  100  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.518824  normal  0.0107204 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15730  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  37.17 
 
 
251 aa  100  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001529  probable inner-membrane permease  35.15 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90895  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1923  glycine betaine transport system permease protein  34.72 
 
 
526 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0119  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.5 
 
 
523 aa  99.8  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000124345  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
216 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2494  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.53 
 
 
216 aa  99.4  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
218 aa  99  5e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
400 aa  97.8  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.543286  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.45 
 
 
222 aa  97.8  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
220 aa  97.1  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0267  quaternary amine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.51 
 
 
526 aa  97.1  2e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
229 aa  97.1  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.259993  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1598  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  34.98 
 
 
516 aa  96.3  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144217  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
522 aa  95.9  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0875398  normal  0.252786 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0522  glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter, permease/substrate-binding protein  31.1 
 
 
517 aa  95.9  5e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.271995  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0538  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease/glycine betaine/L-proline-binding protein  31.1 
 
 
517 aa  95.5  6e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.863672  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  32.99 
 
 
422 aa  95.1  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
217 aa  94.4  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.584474  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
221 aa  93.6  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
213 aa  94  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41546  hitchhiker  0.00151664 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  32.99 
 
 
400 aa  93.6  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  30.89 
 
 
355 aa  92.4  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  29.74 
 
 
400 aa  92  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1070  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  31.38 
 
 
525 aa  92  7e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.019749  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  31.44 
 
 
388 aa  90.9  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  31.44 
 
 
388 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  31.44 
 
 
388 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
217 aa  90.1  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000441273  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
212 aa  90.5  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00133912  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  30.26 
 
 
392 aa  90.5  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.56 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  30.89 
 
 
374 aa  89.7  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  30.81 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.81 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
258 aa  89.4  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  30.81 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>