More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1180 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1180  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 
338 aa  674    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000228447  hitchhiker  0.0000274792 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19440  rRNA methylase, putative, group 3  51.63 
 
 
256 aa  261  2e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000129696 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2398  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50.61 
 
 
248 aa  251  1e-65  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.670056 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03790  rRNA methylase, putative, group 3  44.92 
 
 
300 aa  223  3e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000601463  normal  0.201311 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  35.69 
 
 
323 aa  180  4e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.84 
 
 
246 aa  178  9e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.37 
 
 
255 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.91 
 
 
246 aa  169  9e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.78 
 
 
315 aa  166  5e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  38.28 
 
 
277 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
289 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.68 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0554  RNA methyltransferase  35.66 
 
 
248 aa  163  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.850775  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0568  RNA methyltransferase  35.66 
 
 
248 aa  163  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.927994  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.61 
 
 
306 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.96 
 
 
363 aa  159  8e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.39 
 
 
327 aa  157  2e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  36.21 
 
 
243 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  37.01 
 
 
372 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.6 
 
 
321 aa  155  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  35.77 
 
 
251 aa  154  1e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.42 
 
 
261 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40 
 
 
250 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2692  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.68 
 
 
252 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.107399  normal  0.310165 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  34.16 
 
 
249 aa  154  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.93 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  40.5 
 
 
250 aa  153  4e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.63 
 
 
316 aa  153  5e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.45 
 
 
250 aa  152  8e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.36 
 
 
246 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.36 
 
 
324 aa  152  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  39.91 
 
 
242 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.89 
 
 
239 aa  152  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  33.05 
 
 
244 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.21 
 
 
310 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.71 
 
 
329 aa  151  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.28 
 
 
387 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  37.94 
 
 
373 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.68 
 
 
245 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.61 
 
 
247 aa  151  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1828  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.17 
 
 
264 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.76 
 
 
326 aa  150  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.5 
 
 
254 aa  149  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1644  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.17 
 
 
234 aa  149  5e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000329546  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  33.2 
 
 
247 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.34 
 
 
246 aa  149  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2065  rRNA methylase  35.12 
 
 
242 aa  149  9e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0363  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.8 
 
 
244 aa  148  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  36.14 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.33 
 
 
249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  38.79 
 
 
246 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0122  tRNA/rRNA methyltransferase  36.18 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  36.68 
 
 
330 aa  147  3e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3458  RNA methyltransferase  38.37 
 
 
252 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0336691 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.5 
 
 
248 aa  146  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  35.89 
 
 
247 aa  146  5e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2172  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.57 
 
 
237 aa  146  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0146478  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4394  RNA methyltransferase  38.78 
 
 
248 aa  146  6e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.528228  normal  0.180351 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.93 
 
 
333 aa  146  6e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0152  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.1 
 
 
245 aa  146  6e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.85 
 
 
327 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  38.68 
 
 
322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0781  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.38 
 
 
324 aa  145  8.000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208015  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.06 
 
 
322 aa  145  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  41.6 
 
 
386 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.74 
 
 
320 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  35.6 
 
 
314 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0190  RNA methyltransferase  40.17 
 
 
251 aa  144  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.153268  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0887  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.73 
 
 
261 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0581  RNA methyltransferase  40.83 
 
 
246 aa  144  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.61599  hitchhiker  0.0000000000000171085 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  38.72 
 
 
314 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05650  putative tRNA:rRNA methyltransferase  33.06 
 
 
245 aa  143  5e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  38.52 
 
 
312 aa  143  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  38.17 
 
 
246 aa  143  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  35.15 
 
 
251 aa  142  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.37 
 
 
519 aa  142  7e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04047  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  34.57 
 
 
243 aa  142  8e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.57 
 
 
243 aa  142  8e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3833  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.57 
 
 
243 aa  142  8e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000869352 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.73 
 
 
253 aa  142  8e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000129806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5696  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.57 
 
 
243 aa  142  8e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04009  hypothetical protein  34.57 
 
 
243 aa  142  8e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4740  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.57 
 
 
243 aa  142  8e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.504113  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4424  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.57 
 
 
243 aa  142  8e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4651  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.57 
 
 
243 aa  142  8e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.326823 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  35.08 
 
 
247 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  35.08 
 
 
247 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  35.08 
 
 
247 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  35.08 
 
 
247 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.08 
 
 
247 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  35.08 
 
 
247 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.08 
 
 
247 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.43 
 
 
326 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.22 
 
 
247 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  35.23 
 
 
328 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4711  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.57 
 
 
243 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4647  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.16 
 
 
243 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.68 
 
 
247 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4637  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.16 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>