More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6854 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6854  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 330 aa  629  1e-179  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000835434  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  51.52 
 
 		 336 aa  282  5.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  48.48 
 
 		 361 aa  268  7e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3350  LacI family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 364 aa  239  4e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4888  LacI family transcription regulator  43.84 
 
 		 336 aa  229  5e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.630665  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0956  transcriptional regulator, LacI family  44 
 
 		 326 aa  228  7e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0663  transcriptional regulator, LacI family  43.6 
 
 		 326 aa  223  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.334332 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0116  transcriptional regulator, LacI family  44.11 
 
 		 346 aa  217  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4618  regulatory protein LacI  43.33 
 
 		 332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.784708  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2762  transcriptional regulator, LacI family  45.18 
 
 		 339 aa  209  4e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.683776  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3611  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.83 
 
 		 345 aa  201  9.999999999999999e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0436  LacI family transcription regulator  39.46 
 
 		 341 aa  197  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0032  Alanine racemase  43.81 
 
 		 329 aa  195  9e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.19154  normal  0.0639211 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 348 aa  189  7e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0425  LacI family transcription regulator  40.3 
 
 		 364 aa  188  8e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.888688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 347 aa  184  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  37 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0385  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.54 
 
 		 354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.76 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  35.67 
 
 		 331 aa  182  7e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  38.41 
 
 		 338 aa  182  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  40.3 
 
 		 343 aa  182  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2876  transcriptional regulator, LacI family  41.67 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.900808  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2472  transcriptional regulator, LacI family  43.2 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.63522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  36.09 
 
 		 328 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  38.1 
 
 		 341 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  34.14 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  35.06 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.61 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2760  transcriptional regulator, LacI family  46.2 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.01 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  38.74 
 
 		 353 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.02 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.016252  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.51 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.12 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1847  transcriptional regulator, LacI family  39.27 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.257211  normal  0.180061 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  34.45 
 
 		 334 aa  176  4e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  38.86 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.43 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.24 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.93 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0128  transcriptional regulator, LacI family  36.25 
 
 		 340 aa  172  9e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.531775 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  33.94 
 
 		 341 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  33.74 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  34.35 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  35.56 
 
 		 336 aa  170  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  38.51 
 
 		 338 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  37.24 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.85 
 
 		 337 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.63 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.63 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.63 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.63 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.63 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  33.74 
 
 		 340 aa  168  9e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.83 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  31.4 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  34.43 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.56 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  36.42 
 
 		 334 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.4 
 
 		 332 aa  166  5e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 342 aa  166  5e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.73 
 
 		 336 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  36.62 
 
 		 326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.56 
 
 		 333 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  31.4 
 
 		 332 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  35.28 
 
 		 330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 333 aa  166  8e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  35.28 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.77 
 
 		 355 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  35.28 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  36.28 
 
 		 332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  36.28 
 
 		 332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.63 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  33.74 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  36.75 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  38.77 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  36.28 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  34.97 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  33.64 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.56 
 
 		 348 aa  164  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.42 
 
 		 336 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.12 
 
 		 341 aa  164  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  31.1 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  31.1 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  31.1 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  35.28 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.94 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.52 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  36.98 
 
 		 351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  31.1 
 
 		 332 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  31.1 
 
 		 332 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 339 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  35.98 
 
 		 332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>