More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0440 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0440  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
68 aa  139  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.270892  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34450  cold-shock DNA-binding protein family  82.35 
 
 
68 aa  116  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  67.65 
 
 
68 aa  99.8  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
66 aa  96.7  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2290  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 
68 aa  94.4  5e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.388252  hitchhiker  0.00970612 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
66 aa  93.6  8e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0979  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.327909 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0890  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000324148  normal  0.0824036 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
66 aa  90.1  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
65 aa  89.4  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  63.24 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.24 
 
 
92 aa  88.6  3e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  63.64 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
66 aa  88.2  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  87  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.74 
 
 
65 aa  87  8e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
89 aa  85.1  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.644816  hitchhiker  0.000419725 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  62.12 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.68 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  59.7 
 
 
66 aa  84  6e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
67 aa  84.3  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0970  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
74 aa  84.3  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.251773 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  60.61 
 
 
66 aa  83.6  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
66 aa  84  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  66.07 
 
 
69 aa  84  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07070  cold-shock DNA-binding protein family  57.81 
 
 
67 aa  84  7e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.85745  normal  0.273384 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
66 aa  83.6  8e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  65.67 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
66 aa  83.6  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
66 aa  83.6  8e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
75 aa  83.6  9e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  60.61 
 
 
85 aa  82.8  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
87 aa  83.2  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.557859  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.24 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  58.21 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  60.29 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  59.09 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  59.09 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  59.09 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  59.09 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  59.09 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  59.09 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
66 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  59.09 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 
68 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0954  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631034  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  59.09 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  59.09 
 
 
66 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  56.92 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  62.12 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  62.12 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  56.72 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  59.38 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  60.87 
 
 
68 aa  81.6  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1318  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  82  0.000000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0833029  normal  0.039104 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>