127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0339 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0339  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 		 361 aa  697    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3447  cytochrome C biogenesis protein  40.23 
 
 		 166 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.345462  normal  0.0741818 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2004  cytochrome C biogenesis protein  40.4 
 
 		 165 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.850592 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH, putative  36.84 
 
 		 132 aa  65.1  0.000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.216277  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  33.64 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1249  cytochrome C biogenesis protein  37.08 
 
 		 172 aa  63.2  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.882215  normal  0.73446 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1440  cytochrome C biogenesis protein  44.62 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  36.36 
 
 		 157 aa  62  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  30.77 
 
 		 133 aa  62  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  30.77 
 
 		 133 aa  62  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  32.63 
 
 		 162 aa  61.6  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0941  cytochrome C biogenesis protein  32.73 
 
 		 152 aa  61.6  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.124788 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0900  cytochrome C biogenesis protein  31.15 
 
 		 153 aa  62  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198735  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  36.05 
 
 		 133 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3409  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  30.51 
 
 		 161 aa  61.6  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0284727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  31.63 
 
 		 156 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  32.81 
 
 		 160 aa  60.5  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  38.37 
 
 		 157 aa  60.5  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  34.96 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0636  cytochrome c biogenesis family protein  35.06 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0517419  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1194  cytochrome C biogenesis protein  44.62 
 
 		 187 aa  59.7  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  28.67 
 
 		 149 aa  58.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  32.29 
 
 		 156 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 201 aa  58.9  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  31.36 
 
 		 156 aa  58.2  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  35.05 
 
 		 157 aa  58.5  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2133  cytochrome C biogenesis protein  34 
 
 		 165 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663387  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  35.05 
 
 		 153 aa  57  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2856  cytochrome C biogenesis protein  38.96 
 
 		 163 aa  57  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  33.33 
 
 		 158 aa  57  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  33.66 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0842  cytochrome C biogenesis protein  34.88 
 
 		 157 aa  56.6  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  32.74 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  32.74 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1508  cytochrome C biogenesis protein  32.14 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  32.74 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  32.74 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  32.74 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  34.31 
 
 		 155 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  32.74 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  32.74 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  32.74 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  32.74 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  32.5 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  37.66 
 
 		 156 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2930  cytochrome C biogenesis protein  32.2 
 
 		 157 aa  55.8  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.344333 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.94 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.94 
 
 		 347 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1960  cytochrome C biogenesis protein  42.62 
 
 		 175 aa  55.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0286678  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.94 
 
 		 347 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.94 
 
 		 347 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  32.41 
 
 		 170 aa  55.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.94 
 
 		 347 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3890  cytochrome C biogenesis protein  37.66 
 
 		 151 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0293402  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  33.33 
 
 		 170 aa  55.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  33.02 
 
 		 158 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.94 
 
 		 347 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.94 
 
 		 347 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  32.94 
 
 		 347 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  33.04 
 
 		 158 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  35.53 
 
 		 155 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0433  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  34.78 
 
 		 147 aa  54.3  0.000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  32.93 
 
 		 347 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  32.93 
 
 		 347 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  33.04 
 
 		 158 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  32.58 
 
 		 170 aa  53.5  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0439  cytochrome C biogenesis protein  29.41 
 
 		 158 aa  53.9  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  35.53 
 
 		 156 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  31.37 
 
 		 167 aa  53.5  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  30.95 
 
 		 136 aa  53.5  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3992  cytochrome C biogenesis protein  31.43 
 
 		 178 aa  53.1  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1953  cytochrome C biogenesis protein  28.85 
 
 		 160 aa  52.8  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.570726  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3777  cytochrome C biogenesis protein  26.21 
 
 		 157 aa  53.1  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4053  cytochrome C biogenesis protein  26.21 
 
 		 157 aa  53.1  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.448271  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1551  cytochrome C biogenesis protein  36.49 
 
 		 179 aa  53.1  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.280563 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  28.35 
 
 		 152 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  28.57 
 
 		 155 aa  50.8  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  32.87 
 
 		 344 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4772  cytochrome C biogenesis protein  33.7 
 
 		 163 aa  50.4  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2634  cytochrome c maturation protein, CcmH  29.89 
 
 		 151 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1877  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  32.22 
 
 		 147 aa  50.4  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  29.85 
 
 		 159 aa  50.4  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3074  cytochrome c-type biogenesis protein cycL precursor  38.1 
 
 		 162 aa  50.4  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2233  cytochrome C biogenesis protein  28.7 
 
 		 176 aa  50.4  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1837  cytochrome C biogenesis protein  32.63 
 
 		 166 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0302505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  33.96 
 
 		 164 aa  50.1  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  29.17 
 
 		 158 aa  49.7  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  25.19 
 
 		 180 aa  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1170  cytochrome C biogenesis protein  29.9 
 
 		 151 aa  49.7  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  29.17 
 
 		 158 aa  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  30.95 
 
 		 151 aa  49.7  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4994  cytochrome C biogenesis protein  35.71 
 
 		 154 aa  49.7  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039683 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  35.58 
 
 		 164 aa  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0844  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH, putative  25.45 
 
 		 125 aa  48.9  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1291  cytochrome C biogenesis protein  28.74 
 
 		 151 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.364845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  28.71 
 
 		 160 aa  48.1  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1657  cytochrome C biogenesis protein  33.77 
 
 		 159 aa  48.9  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.282242 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1209  C-type cytochrome biogenesis protein  32.18 
 
 		 154 aa  48.1  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1658  cytochrome C biogenesis protein  34.09 
 
 		 162 aa  48.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242206  normal  0.600328 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1624  c-type cytochrome biogenesis protein  33.33 
 
 		 144 aa  48.5  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>