131 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Pcar_0010  CDS  NC_007498  12298  14691  2394  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1A  YP_355443  unclonable  7.54529e-15  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0022  CDS  NC_007498  23705  24145  441  hypothetical protein  YP_355455  unclonable  2.17445e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0041  CDS  NC_007498  45910  47316  1407  sodium/pantothenate symporter  YP_355474  unclonable  1.30306e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0072  CDS  NC_007498  87863  88540  678  outer membrane immunogenic protein  YP_355505  unclonable  4.17135e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0085  CDS  NC_007498  99016  99672  657  K+ transport systems, NAD-binding component  YP_355518  unclonable  2.73294e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0112  CDS  NC_007498  136086  136898  813  putative amidase  YP_355545  unclonable  3.44477e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0113  CDS  NC_007498  136935  137396  462  hypothetical protein  YP_355546  unclonable  1.79555e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0204  CDS  NC_007498  262583  263041  459  RNase HI  YP_355635  unclonable  1.85077e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0273  CDS  NC_007498  340768  342366  1599  hypothetical protein  YP_355704  unclonable  1.1098e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0310  CDS  NC_007498  389908  390573  666  putative cytosine/adenosine deaminase  YP_355740  unclonable  1.68461e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0370  CDS  NC_007498  459555  459929  375  hypothetical protein  YP_355800  unclonable  1.15539e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0371  CDS  NC_007498  459929  460366  438  hypothetical protein  YP_355801  unclonable  2.37992e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0372  CDS  NC_007498  460700  460900  201  cold shock protein  YP_355802  unclonable  2.69681e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0373  CDS  NC_007498  461038  461295  258  hypothetical protein  YP_355803  unclonable  4.40717e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0418  CDS  NC_007498  511264  512367  1104  restriction endonuclease Sac I  YP_355848  unclonable  6.29913e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0519  CDS  NC_007498  628934  630112  1179  hypothetical protein  YP_355949  unclonable  6.29913e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0547  CDS  NC_007498  668646  669908  1263  hypothetical protein  YP_355977  unclonable  7.56103e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0548  CDS  NC_007498  670213  670782  570  hypothetical protein  YP_355978  unclonable  6.49212e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0550  CDS  NC_007498  672912  673475  564  elongation factor P  YP_355980  unclonable  4.38651e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0551  CDS  NC_007498  673603  673905  303  hypothetical protein  YP_355981  unclonable  5.83805e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0552  CDS  NC_007498  674029  674613  585  hypothetical protein  YP_355982  unclonable  4.85069e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0562  CDS  NC_007498  685202  685987  786  flagellar hook-associated protein  YP_355992  unclonable  7.11291e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0570  CDS  NC_007498  694183  695481  1299  DNA/RNA helicase  YP_356000  unclonable  2.1278e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0583  CDS  NC_007498  706339  707925  1587  peptide chain release factor 3  YP_356012  unclonable  5.70411e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0584  CDS  NC_007498  708046  708456  411  putative transcriptional regulator, PhaQ-like  YP_356013  unclonable  3.02813e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0591  CDS  NC_007498  714875  717319  2445  La-like protease  YP_356020  unclonable  1.32222e-15  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0600  CDS  NC_007498  730544  733210  2667  pyruvate phosphate dikinase  YP_356029  unclonable  4.36246e-14  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0643  CDS  NC_007498  776848  777321  474  ssDNA-binding protein  YP_356072  unclonable  5.25623e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0675  CDS  NC_007498  820123  821028  906  ABC-type tungstate transport system, permease component  YP_356104  unclonable  1.42235e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0676  CDS  NC_007498  821167  822282  1116  MFS superfamily sulfate permease  YP_356105  unclonable  1.07211e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0691  CDS  NC_007498  838165  838866  702  50S ribosomal protein L1  YP_356120  unclonable  3.44477e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0695  CDS  NC_007498  844349  848539  4191  RNA polymerase, beta prime subunit  YP_356124  unclonable  1.31874e-09  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0696  CDS  NC_007498  848680  849051  372  30S ribosomal protein S12  YP_356125  unclonable  1.85077e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0739  CDS  NC_007498  877276  879381  2106  organic solvent tolerance protein OstA  YP_356168  unclonable  1.71512e-16  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0771  CDS  NC_007498  915137  916027  891  DnaJ-like curved DNA-binding protein  YP_356200  unclonable  6.63005e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0842  CDS  NC_007498  995430  996194  765  hypothetical protein  YP_356268  unclonable  4.75659e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0908  CDS  NC_007498  1072112  1074391  2280  transcriptional accessory protein  YP_356332  unclonable  1.9173e-15  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_0975  CDS  NC_007498  1145451  1146491  1041  putative choline transport or trimethylamine permease  YP_356398  unclonable  3.41031e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1050  CDS  NC_007498  1231771  1233720  1950  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_356470  unclonable  1.4901e-16  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1073  CDS  NC_007498  1259869  1260672  804  hypothetical protein  YP_356493  unclonable  8.44354e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1247  CDS  NC_007498  1465855  1466835  981  peptide chain release factor 2  YP_356666  unclonable  2.04053e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1248  CDS  NC_007498  1466968  1468452  1485  lysyl-tRNA synthetase  YP_356667  unclonable  2.88178e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1249  CDS  NC_007498  1468512  1469765  1254  putative kinase  YP_356668  unclonable  4.95733e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1250  CDS  NC_007498  1469758  1470441  684  putative ATP-binding component of a transport system  YP_356669  unclonable  3.40949e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1251  CDS  NC_007498  1470515  1472770  2256  putative outer membrane protein  YP_356670  unclonable  3.1125e-15  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1289  CDS  NC_007498  1510522  1510713  192  50S ribosomal protein L28  YP_356708  unclonable  1.61707e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1293  CDS  NC_007498  1513358  1514410  1053  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  YP_356712  unclonable  3.14528e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1306  CDS  NC_007498  1529867  1530100  234  uncharacterized host factor I protein  YP_356725  unclonable  1.97567e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1307  CDS  NC_007498  1530399  1530956  558  phosphatidylglycerophosphate synthase  YP_356726  unclonable  2.7667e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1308  CDS  NC_007498  1531004  1531822  819  Flp pilus assembly protein TadD  YP_356727  unclonable  2.59735e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1309  CDS  NC_007498  1531886  1532170  285  hypothetical protein  YP_356728  unclonable  3.82918e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1310  CDS  NC_007498  1532350  1532619  270  hypothetical protein  YP_356729  unclonable  2.46327e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1311  CDS  NC_007498  1532761  1534182  1422  phosphomannomutase ManB  YP_356730  unclonable  3.81653e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1334  CDS  NC_007498  1559128  1559481  354  preprotein translocase, SecG subunit  YP_356753  unclonable  3.60514e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1366  CDS  NC_007498  1598117  1599166  1050  acyl-CoA hydrolase  YP_356783  unclonable  1.49572e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1416  CDS  NC_007498  1663855  1664118  264  30S ribosomal protein S20  YP_356832  unclonable  6.71927e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1417  CDS  NC_007498  1664367  1665947  1581  integral membrane protein MviN  YP_356833  unclonable  1.00326e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1463  CDS  NC_007498  1708349  1709407  1059  putative polysaccharide export protein  YP_356879  unclonable  1.24713e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1489  CDS  NC_007498  1743102  1744757  1656  UDP-N-acetylmuramyl pentapeptide phosphotransferase/UDP-N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase  YP_356905  unclonable  1.48779e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1490  CDS  NC_007498  1745339  1746250  912  TPR repeat-containing protein  YP_356906  unclonable  5.47126e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1502  CDS  NC_007498  1756963  1758354  1392  threonine synthase  YP_356918  unclonable  1.06587e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1564  CDS  NC_007498  1829652  1830266  615  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  YP_356979  unclonable  7.0349e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1565  CDS  NC_007498  1830435  1832123  1689  Na+/phosphate symporter  YP_356980  unclonable  3.97225e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1611  CDS  NC_007498  1882117  1882593  477  transcription elongation factor GreA  YP_357025  unclonable  5.69568e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1650  CDS  NC_007498  1926880  1928280  1401  glutamyl-tRNA synthetase  YP_357064  unclonable  3.93151e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1660  CDS  NC_007498  1940574  1941407  834  hypothetical protein  YP_357074  unclonable  2.62423e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1661  CDS  NC_007498  1941535  1941918  384  transcriptional regulator  YP_357075  unclonable  7.88743e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1687  CDS  NC_007498  1968378  1970783  2406  ATP-dependent protease La  YP_357100  unclonable  1.6663e-15  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1771  CDS  NC_007498  2073731  2074012  282  hypothetical protein  YP_357184  unclonable  2.55323e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1837  CDS  NC_007498  2151232  2151510  279  hypothetical protein  YP_357248  unclonable  8.81228e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1862  CDS  NC_007498  2176650  2177336  687  serine O-acetyltransferase  YP_357273  unclonable  9.89239e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1900  CDS  NC_007498  2215347  2215775  429  50S ribosomal protein L13  YP_357311  unclonable  1.03474e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1917  CDS  NC_007498  2233376  2234131  756  undecaprenyl diphosphate synthase  YP_357328  unclonable  3.81385e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1918  CDS  NC_007498  2234324  2234881  558  ribosome recycling factor  YP_357329  unclonable  6.36169e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1919  CDS  NC_007498  2234887  2235612  726  uridylate kinase  YP_357330  unclonable  2.62423e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1920  CDS  NC_007498  2235626  2236537  912  translation elongation factor Ts  YP_357331  unclonable  1.18698e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1921  CDS  NC_007498  2236660  2237463  804  30S ribosomal protein S2  YP_357332  unclonable  3.77478e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_1922  CDS  NC_007498  2237589  2238845  1257  hypothetical protein  YP_357333  unclonable  2.17144e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2058  CDS  NC_007498  2397532  2398323  792  putative P pilus assembly protein, chaperone PapD  YP_357469  unclonable  3.62462e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2059  CDS  NC_007498  2398451  2398918  468  hypothetical protein  YP_357470  unclonable  1.85077e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2060  CDS  NC_007498  2398997  2399440  444  hypothetical protein  YP_357471  unclonable  1.52918e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2069  CDS  NC_007498  2409629  2410438  810  protein disulfide isomerase  YP_357479  unclonable  8.19156e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2197  CDS  NC_007498  2568018  2569247  1230  cell division protein FtsA  YP_357606  unclonable  1.07211e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2276  CDS  NC_007498  2657240  2657824  585  hypothetical protein  YP_357685  unclonable  1.23375e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2324  CDS  NC_007498  2719279  2720244  966  metalloendopeptidase-like membrane protein  YP_357733  unclonable  2.37146e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2343  CDS  NC_007498  2740593  2741522  930  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_357752  unclonable  4.00685e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2369  CDS  NC_007498  2790232  2791701  1470  RNA methyltransferase  YP_357778  unclonable  1.13212e-18  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2378  CDS  NC_007498  2801294  2801920  627  putative outer membrane protein  YP_357787  unclonable  1.17324e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2383  CDS  NC_007498  2807094  2807831  738  TPR domain-containing protein  YP_357792  unclonable  1.28487e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2397  CDS  NC_007498  2821242  2823197  1956  TonB-dependent receptor  YP_357806  unclonable  5.84598e-17  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2455  CDS  NC_007498  2889925  2892708  2784  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_357864  unclonable  5.38719e-14  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2461  CDS  NC_007498  2899653  2900525  873  putative methylenetetrahydrofolate dehydrogenase and methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase  YP_357870  unclonable  2.70311e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2525  CDS  NC_007498  2968852  2969748  897  SCO1/SenC family protein  YP_357933  unclonable  1.24859e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2539  CDS  NC_007498  2981865  2982122  258  hypothetical protein  YP_357947  unclonable  4.36204e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2540  CDS  NC_007498  2982478  2982885  408  glycine cleavage system H protein  YP_357948  unclonable  1.52918e-22  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2541  CDS  NC_007498  2982928  2983746  819  periplasmic protein TonB  YP_357949  unclonable  4.70786e-21  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2542  CDS  NC_007498  2984046  2985047  1002  phosphate acetyltransferase  YP_357950  unclonable  2.59556e-20  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2543  CDS  NC_007498  2985184  2986449  1266  acetate kinase  YP_357951  unclonable  2.60205e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2544  CDS  NC_007498  2986705  2986884  180  putative ferredoxin  YP_357952  unclonable  7.88743e-23  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Pcar_2546  CDS  NC_007498  2987320  2988573  1254  hypothetical protein  YP_357954  unclonable  3.73982e-19  n/a    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>