More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3991 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02167  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase (anaerobic), large subunit, FAD/NAD(P)-binding  77.34 
 
 
542 aa  811    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1418  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  77.34 
 
 
542 aa  811    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556923  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2469  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  75.29 
 
 
542 aa  809    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.357992 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2805  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  76.62 
 
 
542 aa  828    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3991  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  100 
 
 
551 aa  1128    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.172557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02126  hypothetical protein  77.34 
 
 
542 aa  811    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2382  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  77.34 
 
 
542 aa  811    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3957  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  78.08 
 
 
556 aa  857    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2623  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  77.34 
 
 
542 aa  811    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0248  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  76.91 
 
 
552 aa  827    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0402203  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2512  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  75.29 
 
 
542 aa  809    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2524  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  75.29 
 
 
542 aa  810    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2628  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  75.1 
 
 
542 aa  808    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.710716  normal  0.455755 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0227  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  98.91 
 
 
551 aa  1115    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2393  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  77.54 
 
 
542 aa  812    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0397  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  62.59 
 
 
560 aa  684    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1410  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  77.15 
 
 
542 aa  808    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.656406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0200  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  86.75 
 
 
547 aa  934    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0341607 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2539  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  77.34 
 
 
542 aa  811    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0512  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  70.32 
 
 
562 aa  757    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000682192  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4148  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  78.19 
 
 
556 aa  853    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00376439  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0200  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  79.04 
 
 
547 aa  850    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3378  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  77.34 
 
 
542 aa  811    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2420  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  75.1 
 
 
542 aa  808    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0686  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  65.43 
 
 
547 aa  709    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1021  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  53.62 
 
 
552 aa  592  1e-168  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3299  FAD dependent oxidoreductase  43.57 
 
 
559 aa  442  1e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4111  FAD dependent oxidoreductase  43.14 
 
 
556 aa  406  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0402229 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2844  FAD dependent oxidoreductase  41.51 
 
 
533 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000676215  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1521  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  43.98 
 
 
535 aa  402  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0946096  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0071  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  41.42 
 
 
556 aa  399  9.999999999999999e-111  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2622  FAD dependent oxidoreductase  41.25 
 
 
514 aa  399  9.999999999999999e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0001851  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2962  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  42.05 
 
 
556 aa  395  1e-108  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0933  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  42.73 
 
 
556 aa  393  1e-108  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0218972  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1228  FAD dependent oxidoreductase  42.24 
 
 
516 aa  390  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.677137  normal  0.683893 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2516  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  42.12 
 
 
572 aa  385  1e-105  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.191896 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3499  FAD dependent oxidoreductase  40.07 
 
 
522 aa  376  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.426927 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1471  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  40.62 
 
 
585 aa  367  1e-100  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.390324  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2102  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  40 
 
 
512 aa  368  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.150536 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1123  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  40.56 
 
 
582 aa  360  3e-98  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1438  FAD dependent oxidoreductase  39.78 
 
 
539 aa  355  1e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.198287  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0332  FAD dependent oxidoreductase  40.39 
 
 
445 aa  310  4e-83  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1177  FAD dependent oxidoreductase  41.95 
 
 
435 aa  285  2.0000000000000002e-75  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.624502 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1127  FAD dependent oxidoreductase  41.53 
 
 
384 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.46832  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2572  FAD dependent oxidoreductase  43.98 
 
 
407 aa  283  7.000000000000001e-75  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.22049 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3076  FAD dependent oxidoreductase  43.7 
 
 
408 aa  261  2e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1126  FAD dependent oxidoreductase  37.97 
 
 
392 aa  256  9e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0583  FAD dependent oxidoreductase  37.87 
 
 
389 aa  254  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.6721  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1799  FAD dependent oxidoreductase  37.43 
 
 
432 aa  244  3e-63  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00000000252779  normal  0.373628 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2532  FAD dependent oxidoreductase  34.18 
 
 
545 aa  240  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.941625  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5204  FAD dependent oxidoreductase  41.81 
 
 
424 aa  239  8e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1336  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 
545 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0880  FAD dependent oxidoreductase  32.44 
 
 
486 aa  238  2e-61  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1419  FAD dependent oxidoreductase  34 
 
 
545 aa  237  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1317  FAD dependent oxidoreductase  33.64 
 
 
545 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3913  FAD dependent oxidoreductase  32.41 
 
 
543 aa  179  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.490959  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0471  FAD dependent oxidoreductase  33.42 
 
 
547 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0493  FAD dependent oxidoreductase  29.7 
 
 
574 aa  158  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1069  FAD dependent oxidoreductase  31.01 
 
 
556 aa  154  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3375  FAD dependent oxidoreductase  31.52 
 
 
537 aa  145  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2333  FAD dependent oxidoreductase  29.08 
 
 
546 aa  139  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.489388  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06820  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  27.91 
 
 
585 aa  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23030  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  27.04 
 
 
591 aa  137  6.0000000000000005e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0871  FAD dependent oxidoreductase  29.96 
 
 
537 aa  136  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.633579 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0378  FAD dependent oxidoreductase  28.29 
 
 
539 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1486  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  27.08 
 
 
525 aa  136  9.999999999999999e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0679435  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0728  Glycerol-3-phosphate dehydrogenase  29.8 
 
 
530 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000166291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0329  FAD dependent oxidoreductase  30.29 
 
 
528 aa  133  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000174141  hitchhiker  0.00162584 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3637  FAD dependent oxidoreductase  28.36 
 
 
584 aa  133  7.999999999999999e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.256736  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1250  FAD dependent oxidoreductase  31.09 
 
 
579 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1799  FAD dependent oxidoreductase  29.76 
 
 
582 aa  132  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1267  FAD dependent oxidoreductase  31.09 
 
 
579 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1277  FAD dependent oxidoreductase  31.09 
 
 
579 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.214408 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0560  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 
603 aa  131  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000358551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0484  FAD dependent oxidoreductase  31.38 
 
 
533 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000858537  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1173  FAD dependent oxidoreductase  27.29 
 
 
578 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.994563  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4885  FAD dependent oxidoreductase  27.85 
 
 
525 aa  129  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0079  FAD dependent oxidoreductase  30.12 
 
 
545 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.656011  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0016  FAD dependent oxidoreductase  28.24 
 
 
562 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0526  FAD dependent oxidoreductase  30.51 
 
 
543 aa  128  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2412  FAD dependent oxidoreductase  29.47 
 
 
552 aa  128  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1671  FAD dependent oxidoreductase  28.17 
 
 
576 aa  128  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.80628 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0382  FAD dependent oxidoreductase  29.51 
 
 
532 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.000000868135  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0390  FAD dependent oxidoreductase  29.51 
 
 
532 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0808861  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2890  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  29.41 
 
 
532 aa  127  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.152299 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4251  FAD dependent oxidoreductase  28.25 
 
 
577 aa  127  6e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4821  FAD dependent oxidoreductase  31.69 
 
 
581 aa  127  7e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.929207  normal  0.0366818 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2521  FAD dependent oxidoreductase  27.85 
 
 
519 aa  126  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0683  FAD dependent oxidoreductase  27.27 
 
 
496 aa  126  8.000000000000001e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.302039  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1677  FAD dependent oxidoreductase  31.19 
 
 
516 aa  126  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000164822  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3670  FAD dependent oxidoreductase  29.39 
 
 
566 aa  126  9e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.234288  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1031  FAD dependent oxidoreductase  29.1 
 
 
529 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334153  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0569  FAD dependent oxidoreductase  31.49 
 
 
536 aa  126  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3289  FAD dependent oxidoreductase  28.57 
 
 
582 aa  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.398024  normal  0.023153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2081  FAD dependent oxidoreductase  29.62 
 
 
559 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5444  putative glycerol-3-phosphate oxidase (FAD-dependent)  30.34 
 
 
559 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1004  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (aerobic)  28.4 
 
 
543 aa  125  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.100601  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3314  FAD dependent oxidoreductase  29.14 
 
 
550 aa  125  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000111517  normal  0.0618764 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4611  FAD dependent oxidoreductase  27.46 
 
 
574 aa  124  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.497063 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1363  FAD dependent oxidoreductase  29.49 
 
 
579 aa  124  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.890822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>