More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3957 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02167  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase (anaerobic), large subunit, FAD/NAD(P)-binding  71.79 
 
 
542 aa  779    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1418  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  71.79 
 
 
542 aa  779    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556923  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0200  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  78.43 
 
 
547 aa  859    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0341607 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3991  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  78.08 
 
 
551 aa  854    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.172557  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0248  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  81.96 
 
 
552 aa  896    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0402203  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2512  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  73.33 
 
 
542 aa  782    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2539  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  71.79 
 
 
542 aa  779    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0227  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  78.45 
 
 
551 aa  859    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3957  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  100 
 
 
556 aa  1137    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2805  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  74.59 
 
 
542 aa  797    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3378  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  71.79 
 
 
542 aa  779    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2623  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  71.79 
 
 
542 aa  779    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2524  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  73.33 
 
 
542 aa  782    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2628  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  73.14 
 
 
542 aa  781    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.710716  normal  0.455755 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2469  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  73.33 
 
 
542 aa  781    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.357992 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2382  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  71.79 
 
 
542 aa  779    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2420  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  73.14 
 
 
542 aa  781    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0200  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  85.05 
 
 
547 aa  939    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1410  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  71.61 
 
 
542 aa  776    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.656406 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0397  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  63.22 
 
 
560 aa  681    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02126  hypothetical protein  71.79 
 
 
542 aa  779    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2393  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  72.15 
 
 
542 aa  783    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0512  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  70.36 
 
 
562 aa  761    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000682192  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4148  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  98.02 
 
 
556 aa  1118    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00376439  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0686  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  65.12 
 
 
547 aa  697    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1021  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit A  53.73 
 
 
552 aa  580  1e-164  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3299  FAD dependent oxidoreductase  43.39 
 
 
559 aa  422  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2622  FAD dependent oxidoreductase  41.19 
 
 
514 aa  400  9.999999999999999e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0001851  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2844  FAD dependent oxidoreductase  41.51 
 
 
533 aa  396  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000676215  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1521  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  42.88 
 
 
535 aa  392  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0946096  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4111  FAD dependent oxidoreductase  42.72 
 
 
556 aa  390  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0402229 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0071  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  42.44 
 
 
556 aa  387  1e-106  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2962  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  41.23 
 
 
556 aa  377  1e-103  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0933  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  41.64 
 
 
556 aa  370  1e-101  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0218972  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3499  FAD dependent oxidoreductase  38.94 
 
 
522 aa  369  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.426927 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1228  FAD dependent oxidoreductase  40.48 
 
 
516 aa  368  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.677137  normal  0.683893 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2516  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  41.57 
 
 
572 aa  363  6e-99  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.191896 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2102  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  39.81 
 
 
512 aa  356  5.999999999999999e-97  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.150536 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1471  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  39.49 
 
 
585 aa  350  3e-95  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.390324  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1438  FAD dependent oxidoreductase  39.52 
 
 
539 aa  348  2e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.198287  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1123  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, A subunit  38.97 
 
 
582 aa  342  9e-93  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0332  FAD dependent oxidoreductase  41.84 
 
 
445 aa  306  5.0000000000000004e-82  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1177  FAD dependent oxidoreductase  41.4 
 
 
435 aa  287  2.9999999999999996e-76  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.624502 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2572  FAD dependent oxidoreductase  43.83 
 
 
407 aa  276  6e-73  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.22049 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1127  FAD dependent oxidoreductase  42.39 
 
 
384 aa  272  1e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.46832  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1126  FAD dependent oxidoreductase  38.48 
 
 
392 aa  256  7e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0583  FAD dependent oxidoreductase  39.07 
 
 
389 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.6721  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3076  FAD dependent oxidoreductase  42.93 
 
 
408 aa  251  2e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1336  FAD dependent oxidoreductase  34.61 
 
 
545 aa  246  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1419  FAD dependent oxidoreductase  36.71 
 
 
545 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2532  FAD dependent oxidoreductase  35.69 
 
 
545 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.941625  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1317  FAD dependent oxidoreductase  36.35 
 
 
545 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1799  FAD dependent oxidoreductase  34.13 
 
 
432 aa  233  5e-60  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00000000252779  normal  0.373628 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5204  FAD dependent oxidoreductase  39.3 
 
 
424 aa  225  2e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0880  FAD dependent oxidoreductase  34.62 
 
 
486 aa  213  7.999999999999999e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3913  FAD dependent oxidoreductase  32.66 
 
 
543 aa  187  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.490959  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0471  FAD dependent oxidoreductase  29.45 
 
 
547 aa  164  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1069  FAD dependent oxidoreductase  32.34 
 
 
556 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0493  FAD dependent oxidoreductase  32.92 
 
 
574 aa  159  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0079  FAD dependent oxidoreductase  31.82 
 
 
545 aa  150  7e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.656011  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0016  FAD dependent oxidoreductase  31.32 
 
 
562 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4885  FAD dependent oxidoreductase  30.36 
 
 
525 aa  145  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1250  FAD dependent oxidoreductase  31.94 
 
 
579 aa  144  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1267  FAD dependent oxidoreductase  31.94 
 
 
579 aa  144  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1277  FAD dependent oxidoreductase  31.94 
 
 
579 aa  144  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.214408 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1363  FAD dependent oxidoreductase  30.44 
 
 
579 aa  143  8e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.890822 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1799  FAD dependent oxidoreductase  29.13 
 
 
582 aa  142  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1671  FAD dependent oxidoreductase  29.43 
 
 
576 aa  141  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.80628 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1620  FAD dependent oxidoreductase  33.77 
 
 
585 aa  141  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0117086 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5038  FAD dependent oxidoreductase  30.22 
 
 
575 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.991443  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2412  FAD dependent oxidoreductase  31.32 
 
 
552 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4821  FAD dependent oxidoreductase  33.42 
 
 
581 aa  141  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.929207  normal  0.0366818 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21330  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  29.07 
 
 
554 aa  140  7.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.609696  normal  0.519106 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1173  FAD dependent oxidoreductase  28.19 
 
 
578 aa  140  7.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.994563  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4251  FAD dependent oxidoreductase  29.07 
 
 
577 aa  139  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0626  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  29.01 
 
 
567 aa  139  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2521  FAD dependent oxidoreductase  30.14 
 
 
519 aa  138  3.0000000000000003e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3637  FAD dependent oxidoreductase  32.18 
 
 
584 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.256736  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0560  FAD dependent oxidoreductase  29.38 
 
 
603 aa  137  4e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000358551 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2437  FAD dependent oxidoreductase  30.96 
 
 
573 aa  137  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112879 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23030  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  28.57 
 
 
591 aa  137  5e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1198  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  32.6 
 
 
551 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2593  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  30.08 
 
 
605 aa  134  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6411  FAD dependent oxidoreductase  31.25 
 
 
579 aa  134  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2333  FAD dependent oxidoreductase  32.33 
 
 
546 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.489388  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13331  glycerol-3-phosphate dehydrogenase glpD2  32.11 
 
 
585 aa  134  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.819547  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4611  FAD dependent oxidoreductase  30.93 
 
 
574 aa  133  7.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.497063 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0265  FAD dependent oxidoreductase  29.38 
 
 
569 aa  133  7.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.339178  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5123  FAD dependent oxidoreductase  32.61 
 
 
600 aa  133  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1014  FAD dependent oxidoreductase  32.69 
 
 
552 aa  133  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1120  FAD dependent oxidoreductase  33.64 
 
 
560 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.917369 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2461  FAD dependent oxidoreductase  31.87 
 
 
559 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05790  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  32.12 
 
 
587 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.837912  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1006  FAD dependent oxidoreductase  31.5 
 
 
576 aa  132  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.194481  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06820  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  30.49 
 
 
585 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1486  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  27.45 
 
 
525 aa  132  2.0000000000000002e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0679435  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2081  FAD dependent oxidoreductase  32.85 
 
 
559 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5444  putative glycerol-3-phosphate oxidase (FAD-dependent)  31.65 
 
 
559 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0526  FAD dependent oxidoreductase  32.55 
 
 
543 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2890  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  30.92 
 
 
532 aa  130  5.0000000000000004e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.152299 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>