More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6144 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
301 aa  605  1e-172  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  44.64 
 
 
315 aa  211  9e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  45.24 
 
 
315 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  37.01 
 
 
298 aa  189  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  43.48 
 
 
310 aa  188  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 
301 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 
301 aa  184  2e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  42.34 
 
 
325 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  38.74 
 
 
287 aa  179  5e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  38.34 
 
 
301 aa  179  6e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  6.88741e-11  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  37.16 
 
 
299 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  37.55 
 
 
301 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  34.98 
 
 
307 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  41.52 
 
 
308 aa  175  8e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  37.15 
 
 
301 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 
302 aa  161  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  37.4 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  37.4 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  37.4 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 
322 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 
319 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  35.66 
 
 
294 aa  150  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 
319 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  38.98 
 
 
301 aa  148  1e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 
339 aa  148  1e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  34.8 
 
 
303 aa  147  1e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  36.22 
 
 
319 aa  147  1e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 
294 aa  145  7e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 
321 aa  145  7e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 
328 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  35.55 
 
 
325 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  33.69 
 
 
326 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  36.4 
 
 
294 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 
297 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  38.37 
 
 
315 aa  141  1e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 
339 aa  141  1e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 
332 aa  141  2e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 
332 aa  141  2e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  39.06 
 
 
309 aa  140  2e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 
350 aa  140  2e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 
332 aa  141  2e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 
318 aa  141  2e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 
330 aa  140  2e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  35.27 
 
 
350 aa  140  2e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 
312 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 
312 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 
312 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 
311 aa  135  6e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  38.67 
 
 
299 aa  135  7e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 
329 aa  135  7e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 
329 aa  134  2e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  34.9 
 
 
329 aa  131  1e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  34.9 
 
 
329 aa  131  1e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 
291 aa  130  2e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 
326 aa  129  5e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.7 
 
 
319 aa  129  5e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 
329 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 
329 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 
329 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 
329 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 
256 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 
296 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.52 
 
 
289 aa  124  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 
290 aa  124  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 
303 aa  122  9e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 
311 aa  121  1e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  5.18709e-05  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 
291 aa  121  2e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.01 
 
 
290 aa  120  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 
302 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 
289 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 
290 aa  118  9e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  3.61988e-11 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.69 
 
 
290 aa  117  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 
286 aa  116  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  31.89 
 
 
288 aa  115  7e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 
309 aa  112  8e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 
288 aa  112  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  29.86 
 
 
292 aa  112  9e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  29.24 
 
 
298 aa  112  1e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 
289 aa  109  7e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 
324 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  36.31 
 
 
324 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  36.87 
 
 
324 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 
281 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  44.34 
 
 
324 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 
290 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 
303 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.82 
 
 
292 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 
291 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3580  AraC family transcriptional regulator  45.76 
 
 
159 aa  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 
295 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2546  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  27.83 
 
 
284 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 
291 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.17 
 
 
299 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  29.53 
 
 
296 aa  94.4  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 
318 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3586  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.91 
 
 
294 aa  93.2  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.71 
 
 
289 aa  93.2  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0879  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.51 
 
 
299 aa  92.4  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.1891e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5280  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 
280 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  40.59 
 
 
513 aa  90.1  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>