123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0020 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  88.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  85.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0047  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0031  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0001  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  85 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0041  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138946  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2501  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0021  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.97423e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5788  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0370957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3345  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4872  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0248766 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1974  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232762  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0002  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3331  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0502824  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2346  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2388  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.519883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1247  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.872872  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4726  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0202862  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000640555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0097  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.138568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4752  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4772  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.193191  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4955  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.2776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R29  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4835  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.80579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4891  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.762047  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>