153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1670 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  100 
 
 
407 aa  838  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  52.15 
 
 
434 aa  344  1e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  44.25 
 
 
434 aa  331  1e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  44.76 
 
 
416 aa  330  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  42.89 
 
 
444 aa  306  4e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  41.75 
 
 
431 aa  304  2e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  6.49364e-05 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  40.16 
 
 
434 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  6.79414e-05 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  42.58 
 
 
429 aa  260  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  40.97 
 
 
401 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  38.68 
 
 
432 aa  255  8e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  38.95 
 
 
434 aa  253  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  39.66 
 
 
440 aa  248  2e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  37.53 
 
 
416 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  38.34 
 
 
421 aa  243  4e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  37.53 
 
 
416 aa  242  8e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  37.11 
 
 
444 aa  242  1e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  37.06 
 
 
420 aa  238  1e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  38.07 
 
 
414 aa  234  2e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  38.25 
 
 
445 aa  234  2e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  38.07 
 
 
414 aa  234  2e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  38 
 
 
445 aa  233  7e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  38.99 
 
 
384 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  36.49 
 
 
445 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  6.93474e-09 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  34.56 
 
 
425 aa  220  3e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  34.56 
 
 
425 aa  220  3e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  34.56 
 
 
425 aa  220  3e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  35.22 
 
 
411 aa  210  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  35.03 
 
 
424 aa  206  5e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  31.95 
 
 
419 aa  204  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  35.26 
 
 
408 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  31.63 
 
 
413 aa  202  1e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  2.75865e-11 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  31.38 
 
 
413 aa  200  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  31.39 
 
 
413 aa  199  7e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  1.36411e-08 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  35.64 
 
 
412 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  32.26 
 
 
524 aa  196  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  34.57 
 
 
409 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  34.92 
 
 
423 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  32.5 
 
 
407 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  32.07 
 
 
417 aa  174  2e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  30.65 
 
 
411 aa  174  4e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  27.59 
 
 
409 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  32.08 
 
 
473 aa  169  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  30.33 
 
 
417 aa  163  5e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  30.42 
 
 
544 aa  161  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  31.09 
 
 
390 aa  160  4e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  31.1 
 
 
404 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  29.09 
 
 
415 aa  158  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  31.02 
 
 
426 aa  157  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  28.24 
 
 
389 aa  149  8e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  5.55494e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  28.09 
 
 
408 aa  148  1e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  25.34 
 
 
436 aa  149  1e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  30.75 
 
 
420 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  31.49 
 
 
404 aa  147  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  30.61 
 
 
429 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  30.03 
 
 
460 aa  143  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  30 
 
 
542 aa  142  1e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  32.27 
 
 
397 aa  140  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  29.92 
 
 
416 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  30.54 
 
 
414 aa  136  7e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  31.49 
 
 
398 aa  135  1e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  32.71 
 
 
395 aa  134  4e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  33.24 
 
 
428 aa  132  1e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  26.06 
 
 
433 aa  125  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6128e-12 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  29.78 
 
 
412 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  29.69 
 
 
420 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  30.87 
 
 
393 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  27.3 
 
 
436 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  27.3 
 
 
436 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  25.74 
 
 
413 aa  121  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  23.33 
 
 
413 aa  118  2e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  27.7 
 
 
455 aa  118  2e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  28.13 
 
 
428 aa  117  4e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  29.94 
 
 
392 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  27.7 
 
 
457 aa  115  1e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  29.38 
 
 
437 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2199  HK97 family portal protein , putative  33.69 
 
 
225 aa  113  6e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  28.27 
 
 
408 aa  113  8e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  29.75 
 
 
833 aa  112  1e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  29.75 
 
 
859 aa  112  1e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  1.40812e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  29.75 
 
 
833 aa  112  1e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  6.39413e-05 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1772  HK97 family phage portal protein  27.64 
 
 
451 aa  110  4e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  29.03 
 
 
406 aa  110  6e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  24.08 
 
 
417 aa  109  9e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  28.08 
 
 
447 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  29.35 
 
 
407 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4384  phage portal protein, HK97 family  28.63 
 
 
264 aa  107  5e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0903  HK97 family phage portal protein  30 
 
 
391 aa  107  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.580107 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1410  Phage portal protein, HK97  28.45 
 
 
391 aa  107  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1161  Phage portal protein, HK97  29.97 
 
 
391 aa  106  8e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255409  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3489  Phage portal protein, HK97  28.21 
 
 
391 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1801  Phage portal protein, HK97  29.78 
 
 
391 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595196  normal  0.0740588 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  26.85 
 
 
408 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  25.77 
 
 
406 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  24.8 
 
 
455 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0555  phage portal protein, HK97 family  27.42 
 
 
448 aa  103  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0158159  hitchhiker  0.0015106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2688  phage portal protein, HK97 family  26.56 
 
 
464 aa  103  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.912505  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2238  phage portal protein, HK97 family  25.95 
 
 
389 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0330088  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3805  hypothetical protein  26.82 
 
 
404 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4093  hypothetical protein  26.82 
 
 
389 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3916  HK97 family phage portal protein  30.66 
 
 
384 aa  100  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0348958 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>