More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1692 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  619  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.74 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.37 
 
 		 306 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  44.37 
 
 		 306 aa  251  8.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.37 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.36 
 
 		 303 aa  249  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.26 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.92 
 
 		 303 aa  248  8e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.37 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.03 
 
 		 304 aa  246  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.92 
 
 		 303 aa  246  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.92 
 
 		 303 aa  246  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.82 
 
 		 310 aa  245  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  43 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  43 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.36 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.36 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.36 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.36 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.34 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.34 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.34 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.34 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.34 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.36 
 
 		 303 aa  242  5e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.02 
 
 		 303 aa  242  6e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.02 
 
 		 303 aa  242  6e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.02 
 
 		 303 aa  242  7e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.02 
 
 		 303 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.69 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.69 
 
 		 307 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 308 aa  239  4e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.02 
 
 		 303 aa  239  4e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.34 
 
 		 305 aa  239  5e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 308 aa  238  8e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.54 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.1 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 295 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 311 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 311 aa  195  9e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 300 aa  191  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 318 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 317 aa  189  4e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 318 aa  188  8e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.44 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 292 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.12 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 		 293 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  38.93 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 327 aa  179  4.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 305 aa  179  8e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.54 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 		 334 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 290 aa  176  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>