More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0033 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0033  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
192 aa  381  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1758  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.03 
 
 
315 aa  252  2.0000000000000002e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0898  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.59 
 
 
195 aa  226  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414511  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2544  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.21 
 
 
193 aa  220  8e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.715033  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.92 
 
 
219 aa  202  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.84 
 
 
212 aa  201  5e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
219 aa  201  8e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.19 
 
 
220 aa  189  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.49 
 
 
222 aa  187  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.55 
 
 
216 aa  187  8e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.19 
 
 
214 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.15 
 
 
206 aa  185  4e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1888  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.08 
 
 
197 aa  183  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00391405  normal  0.23878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1837  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.83 
 
 
197 aa  181  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.117962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.27 
 
 
216 aa  180  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.46 
 
 
218 aa  177  7e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1475  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.44 
 
 
184 aa  177  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.194881  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.28 
 
 
198 aa  177  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0678  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.74 
 
 
196 aa  175  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.75 
 
 
209 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5165  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.38 
 
 
218 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820799  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.81 
 
 
205 aa  172  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.96 
 
 
214 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.51 
 
 
245 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.81 
 
 
205 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.06 
 
 
192 aa  172  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3067  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.64 
 
 
196 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.45014 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.13 
 
 
220 aa  170  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.85 
 
 
223 aa  169  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.27 
 
 
222 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1970  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.6 
 
 
182 aa  168  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.05 
 
 
194 aa  168  4e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.99 
 
 
210 aa  168  5e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.84 
 
 
222 aa  168  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.65 
 
 
216 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.81 
 
 
213 aa  167  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.2 
 
 
198 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.11 
 
 
216 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.7 
 
 
224 aa  166  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.46 
 
 
217 aa  166  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.53 
 
 
194 aa  166  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.72 
 
 
215 aa  165  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1967  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.54 
 
 
236 aa  165  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.34 
 
 
198 aa  165  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.37 
 
 
220 aa  165  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.46 
 
 
217 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.55 
 
 
211 aa  165  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.37 
 
 
210 aa  165  4e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.18 
 
 
212 aa  165  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.51 
 
 
217 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.74 
 
 
216 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.46 
 
 
217 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.91 
 
 
209 aa  164  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.17 
 
 
223 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.7 
 
 
214 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3437  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.17 
 
 
192 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1068  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.62 
 
 
220 aa  163  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.56 
 
 
216 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.38967  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.91 
 
 
217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.09 
 
 
222 aa  162  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.72 
 
 
229 aa  162  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.63 
 
 
213 aa  160  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.18 
 
 
216 aa  160  8.000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.99 
 
 
216 aa  160  8.000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.72 
 
 
215 aa  160  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.91 
 
 
216 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.33 
 
 
220 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.32 
 
 
199 aa  159  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1598  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.67 
 
 
217 aa  158  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.718303  normal  0.398382 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.13 
 
 
217 aa  158  4e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.05 
 
 
219 aa  157  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.9 
 
 
209 aa  157  6e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.91 
 
 
221 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.65 
 
 
212 aa  157  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.7 
 
 
212 aa  156  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.7 
 
 
212 aa  156  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.7 
 
 
212 aa  156  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.28 
 
 
212 aa  155  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.9 
 
 
212 aa  155  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.11 
 
 
226 aa  155  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.19 
 
 
218 aa  155  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135509  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.46 
 
 
217 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2098  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.4 
 
 
212 aa  154  7e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.89 
 
 
217 aa  154  8e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.59 
 
 
220 aa  154  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2745  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.81 
 
 
214 aa  154  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000377179  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_002978  WD0763  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, putative  43.09 
 
 
186 aa  153  1e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.211527  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.68 
 
 
203 aa  153  1e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.54 
 
 
220 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.11 
 
 
198 aa  154  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.92 
 
 
197 aa  153  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.99 
 
 
220 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.99 
 
 
220 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2578  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.8 
 
 
214 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0668688  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.5 
 
 
220 aa  152  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.41 
 
 
223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.99 
 
 
220 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.74 
 
 
221 aa  152  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.74 
 
 
216 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>