More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1475 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1475  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
184 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.194881  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1888  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  65.57 
 
 
197 aa  239  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00391405  normal  0.23878 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1970  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  65.57 
 
 
182 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3067  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  68.48 
 
 
196 aa  230  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.45014 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0678  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.12 
 
 
196 aa  225  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1837  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.87 
 
 
197 aa  218  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.117962 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.78 
 
 
198 aa  202  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.9 
 
 
212 aa  184  8e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.63 
 
 
222 aa  184  8e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.88 
 
 
219 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.88 
 
 
219 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.29 
 
 
219 aa  181  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.02 
 
 
214 aa  180  9.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.62 
 
 
192 aa  179  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0033  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.44 
 
 
192 aa  177  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.27 
 
 
216 aa  176  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.65 
 
 
220 aa  175  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.1 
 
 
224 aa  175  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.87 
 
 
216 aa  174  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.14 
 
 
222 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.41 
 
 
220 aa  173  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.22 
 
 
215 aa  172  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.84 
 
 
209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.14 
 
 
222 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.88 
 
 
213 aa  171  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.78 
 
 
217 aa  171  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.57 
 
 
222 aa  171  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.69 
 
 
245 aa  171  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.98 
 
 
217 aa  170  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.59 
 
 
194 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.22 
 
 
203 aa  169  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.96 
 
 
194 aa  169  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.41 
 
 
217 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.02 
 
 
206 aa  169  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0898  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.6 
 
 
195 aa  169  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414511  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.42 
 
 
216 aa  169  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
220 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.61 
 
 
223 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.21 
 
 
211 aa  168  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.15 
 
 
216 aa  168  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.61 
 
 
223 aa  168  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.5 
 
 
217 aa  168  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.89 
 
 
216 aa  167  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2544  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.41 
 
 
193 aa  166  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.715033  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.84 
 
 
217 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.6 
 
 
220 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.6 
 
 
220 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.3 
 
 
216 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.57 
 
 
205 aa  164  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1758  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.55 
 
 
315 aa  164  5e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.57 
 
 
205 aa  164  5e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.5 
 
 
216 aa  164  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.15 
 
 
220 aa  164  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.55 
 
 
217 aa  164  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.99 
 
 
220 aa  164  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.44 
 
 
218 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.99 
 
 
220 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.8 
 
 
212 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.15 
 
 
209 aa  162  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.8 
 
 
212 aa  162  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  52.8 
 
 
212 aa  162  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.8 
 
 
212 aa  162  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.8 
 
 
212 aa  162  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.8 
 
 
212 aa  162  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.99 
 
 
220 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.8 
 
 
212 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.27 
 
 
218 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.99 
 
 
220 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.17 
 
 
212 aa  160  7e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.52 
 
 
212 aa  160  8.000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.94 
 
 
215 aa  160  9e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.12 
 
 
216 aa  160  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.41 
 
 
221 aa  160  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.73 
 
 
212 aa  160  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3437  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.06 
 
 
192 aa  159  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.17 
 
 
220 aa  159  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.8 
 
 
214 aa  159  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.5 
 
 
220 aa  159  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.48 
 
 
216 aa  159  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.17 
 
 
212 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.17 
 
 
212 aa  159  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.28 
 
 
209 aa  158  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.57 
 
 
220 aa  158  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.1 
 
 
219 aa  157  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.43 
 
 
221 aa  156  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2578  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.62 
 
 
214 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0668688  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.55 
 
 
212 aa  156  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.25 
 
 
226 aa  156  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.69 
 
 
214 aa  156  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.64 
 
 
209 aa  156  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.55 
 
 
212 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.55 
 
 
212 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0791  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
220 aa  155  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277928  normal  0.560587 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.72 
 
 
197 aa  155  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.9 
 
 
198 aa  155  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.12 
 
 
212 aa  155  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.93 
 
 
213 aa  155  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.55 
 
 
212 aa  155  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.88 
 
 
212 aa  154  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.88 
 
 
212 aa  154  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>