More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4409 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
427 aa  877  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143276 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0080  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.27 
 
 
430 aa  487  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05292  histidine kinase  31.81 
 
 
428 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000580  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  32.72 
 
 
431 aa  246  6e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00239122  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0937  sensor histidine kinase  33.03 
 
 
440 aa  236  4e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.47175e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 
536 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3149  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 
546 aa  189  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305074  normal  0.0948904 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3390  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  38.95 
 
 
428 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0304  histidine kinase  34.65 
 
 
347 aa  186  8e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
535 aa  186  1e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1673  sensor histidine kinase  34.38 
 
 
464 aa  185  1e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4234  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
535 aa  184  2e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7582  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49420  two-component sensor  32.87 
 
 
452 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0003153  normal  0.529806 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0676  histidine kinase  37.97 
 
 
400 aa  183  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.887775  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1212  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 
535 aa  182  8e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.111449  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4221  two-component sensor  32.98 
 
 
538 aa  182  9e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3715  sensor histidine kinase  34.21 
 
 
536 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0148032 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1182  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
535 aa  181  3e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.955625  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1194  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 
535 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00846308  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  37.32 
 
 
428 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.86 
 
 
433 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2591  sensor protein RstB  31.77 
 
 
434 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0095  sensor histidine kinase  37.5 
 
 
442 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18865  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1145  sensor histidine kinase  37.5 
 
 
442 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2320  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
523 aa  169  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1518  sensor histidine kinase  37.5 
 
 
442 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.250734  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  35.84 
 
 
428 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1018  sensor histidine kinase  37.5 
 
 
442 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2258  sensor kinase protein  37.5 
 
 
442 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0933  sensor histidine kinase  37.5 
 
 
442 aa  167  3e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141795  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3170  sensor histidine kinase  32.28 
 
 
428 aa  167  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4493  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 
458 aa  164  2e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130131  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
461 aa  164  2e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1789  sensor protein RstB  32.78 
 
 
451 aa  164  4e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1333  histidine kinase  33.33 
 
 
461 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.249082  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1740  sensor histidine kinase  36.4 
 
 
442 aa  162  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187783  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0870  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 
469 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1840  sensor protein RstB  32.2 
 
 
432 aa  162  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0557058 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3147  sensor histidine kinase  28.79 
 
 
478 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0895878  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1825  sensor protein RstB  34.34 
 
 
434 aa  160  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.213724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1936  sensor protein RstB  34.34 
 
 
434 aa  160  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
563 aa  159  7e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0571647  normal  0.0293056 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4885  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
376 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  1.67988e-07 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
455 aa  159  9e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0670  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 
550 aa  159  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3143  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 
429 aa  158  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.198477  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
376 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  unclonable  1.79203e-05 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3430  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
376 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4368  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 
376 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.04612  normal  0.0125384 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5350  histidine kinase  32.43 
 
 
376 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485302  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0753  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
376 aa  158  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0120668 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1703  sensor protein RstB  33.22 
 
 
436 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181104  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1590  sensor protein RstB  34.04 
 
 
433 aa  157  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00520331  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2034  histidine kinase  34.04 
 
 
433 aa  157  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0105815  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1872  sensor protein RstB  33.22 
 
 
433 aa  157  5e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00123019  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2319  sensor protein RstB  34.04 
 
 
433 aa  157  5e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220654  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1817  sensor protein RstB  34.04 
 
 
433 aa  157  5e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0672231  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0551  sensor protein RstB, putative  28.92 
 
 
429 aa  156  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142543  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3678  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
376 aa  155  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.227613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1580  sensor protein RstB  32.52 
 
 
433 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  0.442453 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1753  sensor protein RstB  31.1 
 
 
435 aa  155  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.280951  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1795  sensor protein RstB  34.04 
 
 
433 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0023579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3934  histidine kinase  30.79 
 
 
458 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000220344  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1570  sensor protein RstB  32.87 
 
 
433 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165885  normal  0.0828626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1639  sensor protein RstB  32.52 
 
 
433 aa  154  3e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.449501  normal  0.84146 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
760 aa  154  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2021  signal transduction histidine kinase sensor  31.79 
 
 
561 aa  153  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.887772 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
449 aa  152  9e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1235  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.57 
 
 
456 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.403806  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01578  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  33.33 
 
 
433 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0585044  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01568  hypothetical protein  33.33 
 
 
433 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0704541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2021  sensor protein RstB  33.33 
 
 
433 aa  151  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1684  sensor protein RstB  33.33 
 
 
433 aa  151  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457824  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2324  histidine kinase  31.79 
 
 
561 aa  150  3e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00982982  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  29.9 
 
 
458 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  1.37847e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 
458 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2581  sensor protein RstB  30.88 
 
 
437 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 
454 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.2 
 
 
456 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2276  sensor protein RstB  30.53 
 
 
437 aa  149  1e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0559162  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
449 aa  148  1e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 
458 aa  149  1e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  29.81 
 
 
449 aa  147  2e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  2.6524e-09 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.28 
 
 
466 aa  148  2e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.445983  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
449 aa  148  2e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  32.12 
 
 
449 aa  147  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0278  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 
455 aa  146  8e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000416507  hitchhiker  4.04182e-09 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3391  histidine kinase  36.91 
 
 
485 aa  146  9e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0812164  normal  0.286483 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2801  sensor protein RstB, putative  32.28 
 
 
420 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.034876  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
459 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.34801e-06  unclonable  3.36351e-08 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 
459 aa  145  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  4.58656e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0258  histidine kinase  30.24 
 
 
398 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3462  ATP-binding region, ATPase-like protein  29.67 
 
 
471 aa  142  1e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3007  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 
422 aa  142  1e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.33737e-07  normal  0.0772482 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1782  sensor histidine kinase  31.92 
 
 
371 aa  141  2e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  28.77 
 
 
453 aa  141  2e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2417  signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 
480 aa  140  4e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3572  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.49 
 
 
417 aa  140  4e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0627622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 
430 aa  140  5e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.41247  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0816  sensor histidine kinase  31.54 
 
 
401 aa  140  5e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>