More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1213 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1213  aminotransferase class V  100 
 
 
393 aa  796  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.145189  normal  0.43356 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5012  aminotransferase class V  63.43 
 
 
407 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8515  aminotransferase class V  61.92 
 
 
401 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.372361  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0665  aminotransferase class V  51.7 
 
 
393 aa  367  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5187  class-V aminotransferase  51.41 
 
 
395 aa  349  5e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4802  aminotransferase class V  51.32 
 
 
391 aa  344  2e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5724  aminotransferase class V  45.38 
 
 
393 aa  330  3e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17050  selenocysteine lyase  44.56 
 
 
403 aa  325  9e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4543  aminotransferase class V  42.64 
 
 
391 aa  315  8e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.119486 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3189  aminotransferase class V  46.56 
 
 
395 aa  315  1e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0446286 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1973  aminotransferase class V  44.22 
 
 
388 aa  312  5e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  5.51025e-06  unclonable  4.45037e-08 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1811  aminotransferase class V  41.82 
 
 
395 aa  306  6e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0747034  hitchhiker  2.19699e-09 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1785  aminotransferase class V  42.41 
 
 
394 aa  280  4e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.895354  normal  0.926046 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4268  class-V aminotransferase  40.62 
 
 
430 aa  277  3e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.51395 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2612  aminotransferase class V  42.56 
 
 
399 aa  273  4e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1257  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  41.99 
 
 
403 aa  270  4e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3537  putative acetyltransferase  41.92 
 
 
413 aa  252  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8801  aminotransferase class V  40.16 
 
 
413 aa  249  4e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.778555 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_38946  predicted protein  34 
 
 
495 aa  201  2e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5541  aminotransferase, class V  32.99 
 
 
394 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2318  aminotransferase, class V  34.26 
 
 
394 aa  189  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.698487  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1367  aminotransferase  36 
 
 
377 aa  179  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.699195  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53750  hypothetical protein  32.5 
 
 
415 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000314396  normal  0.0111206 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3297  aminotransferase, class V  30.15 
 
 
393 aa  165  1e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4705  hypothetical protein  32.5 
 
 
415 aa  166  1e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.396867  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1941  aminotransferase class V  28 
 
 
394 aa  160  5e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0312599  normal  0.253942 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0427  cysteine desulphurases, SufS  28.15 
 
 
420 aa  159  6e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.21345  normal  0.0671623 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0409  SufS subfamily cysteine desulfurase  31.5 
 
 
412 aa  157  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4732  cysteine desulfurase, SufS subfamily  27.7 
 
 
420 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1968  cysteine desulfurase  30.58 
 
 
421 aa  155  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.187156 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0726  SufS subfamily cysteine desulfurase  30.6 
 
 
416 aa  153  5e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2336  cysteine desulfurase, SufS subfamily  30.46 
 
 
435 aa  152  8e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.828775 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4358  cysteine desulfurase  26.67 
 
 
420 aa  152  8e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.124519  normal  0.628114 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0815  selenocysteine lyase  30.6 
 
 
416 aa  152  1e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.643683  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2068  aminotransferase, class V  27.27 
 
 
392 aa  151  2e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0729  NifS protein  28.93 
 
 
393 aa  151  2e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2036  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  27 
 
 
408 aa  149  6e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1512  aminotransferase class V  28.83 
 
 
896 aa  148  1e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0374099 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0799  cysteine desulfurase  27.03 
 
 
423 aa  147  2e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.635677  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2959  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.64 
 
 
433 aa  148  2e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2314  cysteine desulfurase SufS subfamily  30.99 
 
 
414 aa  147  4e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.828049 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2248  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.81 
 
 
425 aa  147  5e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0748033  normal  0.0430442 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2219  phosphoadenosine phosphosulfate reductase  28.35 
 
 
885 aa  146  7e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.911418 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0928  aminotransferase, class V  29.38 
 
 
414 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.870705  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1840  cysteine desulfurase, SufS subfamily  27.65 
 
 
414 aa  144  2e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  hitchhiker  0.00877809  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0934  aminotransferase, class V  29.38 
 
 
414 aa  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.603819  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.41 
 
 
416 aa  145  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2054  aminotransferase, class V  29.09 
 
 
880 aa  144  2e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.754406 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01976  cysteine desulfurase  29.6 
 
 
414 aa  144  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.315198  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1236  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.55 
 
 
413 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.54 
 
 
406 aa  144  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_19482  cysteine desulfurase for iron-sulfur cluster formation suf  30.45 
 
 
496 aa  143  5e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2252  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.86 
 
 
414 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.766677  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03051  putative cysteine desulfurase or selenocysteine lyase  30.16 
 
 
434 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.512887 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3442  cysteine desulfurase, SufS subfamily  27.72 
 
 
420 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  2.91669e-06 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1041  aminotransferase, class V  31.46 
 
 
878 aa  142  9e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.31514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2748  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  27.87 
 
 
407 aa  142  1e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0488866  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0429  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.72 
 
 
419 aa  142  1e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16160  cysteine desulfurase  28.23 
 
 
429 aa  142  1e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0418  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.72 
 
 
419 aa  141  2e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0997  cysteine desulfurase, SufS subfamily  29.6 
 
 
418 aa  141  2e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537591  normal  0.129667 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1984  aminotransferase, class V  26.15 
 
 
394 aa  141  2e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.278859  normal  0.836735 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2203  aminotransferase, class V  27.14 
 
 
393 aa  140  3e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  0.788418 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5150  cysteine desulfurase, SufS subfamily  30.09 
 
 
425 aa  139  6e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2440  aminotransferase  29.62 
 
 
416 aa  139  6e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1684  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.7 
 
 
444 aa  140  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4690  aminotransferase, class V; cysteine desulfhydrase  26.27 
 
 
406 aa  139  8e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5086  cysteine desulfurase SufS  26.27 
 
 
406 aa  139  8e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4803  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.27 
 
 
406 aa  139  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2446  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  27.63 
 
 
407 aa  138  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0854402  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.36 
 
 
414 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2183  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.36 
 
 
406 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179204  hitchhiker  2.83455e-05 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1295  aminotransferase class V  27.53 
 
 
430 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.35338  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3352  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.03 
 
 
415 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.143815 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1866  aminotransferase class V  30.2 
 
 
387 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.733686  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1242  cysteine desulfurase, SufS subfamily  25.25 
 
 
414 aa  137  3e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.473312  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1144  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.95 
 
 
432 aa  137  4e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5121  cysteine desulfurase SufS  25.61 
 
 
406 aa  137  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.835968  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1798  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  27.63 
 
 
406 aa  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0228411  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4705  aminotransferase, class V, cysteine desulfhydrase  25.61 
 
 
406 aa  136  6e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4849  aminotransferase, class V  25.61 
 
 
406 aa  136  6e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5118  aminotransferase, class V  25.61 
 
 
406 aa  136  6e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0224  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.23 
 
 
414 aa  136  7e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00811  putative cysteine desulfurase or selenocysteine lyase  26.48 
 
 
417 aa  136  7e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.368532  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1983  cysteine desulfurase  27.34 
 
 
424 aa  136  7e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2765  aminotransferase class V  30.05 
 
 
379 aa  136  8e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1505  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  27.63 
 
 
406 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  3.04018e-08 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1486  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  27.63 
 
 
406 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.199299  hitchhiker  7.97081e-10 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0859  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.74 
 
 
403 aa  135  1e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1470  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  28.05 
 
 
406 aa  135  1e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.244975  normal  0.102192 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1763  class V aminotransferase  26.51 
 
 
381 aa  135  1e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5215  aminotransferase, class V  25.61 
 
 
406 aa  135  1e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  25.61 
 
 
406 aa  135  1e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  25.61 
 
 
406 aa  135  1e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1319  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.86 
 
 
413 aa  135  1e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0340803  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3072  cysteine desulfurase, SufS subfamily  27.95 
 
 
406 aa  135  2e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0949  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.56 
 
 
412 aa  135  2e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.286124  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2593  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.19 
 
 
408 aa  134  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.266337  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5983  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.43 
 
 
419 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.593517  normal  0.0658023 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0988  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.1 
 
 
410 aa  134  3e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.699231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>