More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_24130 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_24130  short-chain alcohol dehydrogenase  100 
 
 
266 aa  521  1e-147  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.969986 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.37 
 
 
262 aa  358  4e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23940  short-chain alcohol dehydrogenase  66.04 
 
 
280 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.393654  normal  0.784232 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2571  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.22 
 
 
252 aa  277  1e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.83336 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.35 
 
 
253 aa  265  5.999999999999999e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.659943  normal  0.282121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.76 
 
 
250 aa  259  3e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0955  short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  56.1 
 
 
245 aa  257  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.15 
 
 
248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
254 aa  249  2e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
253 aa  249  4e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000671935 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0397  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 
254 aa  248  1e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00949223 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
248 aa  244  9e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.44 
 
 
264 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2400  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.19 
 
 
253 aa  242  5e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09810  short-chain alcohol dehydrogenase  54.44 
 
 
261 aa  238  1e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0913042  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.05 
 
 
261 aa  235  4e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
255 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
254 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.02 
 
 
250 aa  228  6e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.908331 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.34 
 
 
259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10492  short-chain type oxidoreductase  51.79 
 
 
251 aa  216  4e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 
251 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.196644  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 
251 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.60736  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
251 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.410016 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.22 
 
 
252 aa  203  2e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02630  short-chain alcohol dehydrogenase  47.15 
 
 
243 aa  203  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.396729  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.55 
 
 
243 aa  201  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.17 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 
251 aa  195  7e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.295469  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09940  short-chain alcohol dehydrogenase  46.9 
 
 
264 aa  193  3e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.920602  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
261 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.05 
 
 
227 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0791624  normal  0.128025 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 
250 aa  171  1e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  37.86 
 
 
252 aa  162  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05450  oxidoreductase, putative  40.93 
 
 
304 aa  161  1e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3894  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
248 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
248 aa  158  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
248 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
248 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
252 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
254 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
248 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
248 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.295991  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
250 aa  153  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0530041  hitchhiker  0.00231678 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
248 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
248 aa  153  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445367  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1378  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.73 
 
 
248 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.73447  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
248 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1968  glucose/ribitol dehydrogenase  37.39 
 
 
250 aa  150  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000140483 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467056  normal  0.141575 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2076  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.84 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3251  putative short-chain dehydrogenase  39.84 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1976  3-hydroxy acid dehydrogenase  39.43 
 
 
249 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1864  3-hydroxy acid dehydrogenase  39.43 
 
 
249 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.612513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0832  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.84 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2666  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.84 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.99175  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3198  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.84 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3236  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.84 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.964469  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1944  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.84 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
253 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
254 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0679  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22723  normal  0.897045 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01250  short-chain dehydrogenase, putative  38.27 
 
 
282 aa  146  3e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2130  3-hydroxy acid dehydrogenase  39.24 
 
 
249 aa  146  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2290  3-hydroxy acid dehydrogenase  39.43 
 
 
249 aa  146  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.997293 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1939  3-hydroxy acid dehydrogenase  37.9 
 
 
248 aa  146  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3915  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
248 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.84 
 
 
258 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01498  L-allo-threonine dehydrogenase, NAD(P)-binding  37.5 
 
 
248 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000675994  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
248 aa  143  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000149507  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2155  3-hydroxy acid dehydrogenase  37.5 
 
 
248 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000180953  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
254 aa  144  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1748  3-hydroxy acid dehydrogenase  37.5 
 
 
248 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124318  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.02 
 
 
250 aa  143  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01509  hypothetical protein  37.5 
 
 
248 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000865743  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1626  3-hydroxy acid dehydrogenase  37.5 
 
 
248 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000177661  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2050  3-hydroxy acid dehydrogenase  38.62 
 
 
249 aa  142  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2119  3-hydroxy acid dehydrogenase  37.1 
 
 
248 aa  142  8e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1629  3-hydroxy acid dehydrogenase  37.1 
 
 
248 aa  142  8e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.5514199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
252 aa  141  9e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0691773  normal  0.0221679 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1893  3-hydroxy acid dehydrogenase  39.11 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1701  3-hydroxy acid dehydrogenase  37.1 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000649919  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2351  3-hydroxy acid dehydrogenase  36.99 
 
 
249 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.11526  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
250 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2127  Serine 3-dehydrogenase  38.65 
 
 
255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.247906  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.95 
 
 
253 aa  139  7e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.241835 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1614  3-hydroxy acid dehydrogenase  36.29 
 
 
248 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
249 aa  137  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1682  3-hydroxy acid dehydrogenase  36.29 
 
 
248 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97667  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1660  3-hydroxy acid dehydrogenase  36.29 
 
 
248 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00687336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1623  3-hydroxy acid dehydrogenase  36.29 
 
 
248 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1826  3-hydroxy acid dehydrogenase  36.29 
 
 
248 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0315451  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>