More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06940 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  75.54 
 
 		 554 aa  814    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  100 
 
 		 579 aa  1170    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  65.9 
 
 		 556 aa  714    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  72.43 
 
 		 598 aa  755    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  74.43 
 
 		 585 aa  848    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  66.55 
 
 		 551 aa  689    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  64.14 
 
 		 564 aa  646    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  73.98 
 
 		 577 aa  833    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  71.86 
 
 		 567 aa  744    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  61.29 
 
 		 556 aa  632  1e-180  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  60.76 
 
 		 572 aa  627  1e-178  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  53.08 
 
 		 562 aa  578  1e-164  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  50.98 
 
 		 556 aa  554  1e-156  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  51.67 
 
 		 564 aa  535  1e-151  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  51.53 
 
 		 564 aa  537  1e-151  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  38.79 
 
 		 570 aa  383  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  35.2 
 
 		 546 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  35.2 
 
 		 546 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  41.28 
 
 		 562 aa  363  3e-99  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  37.91 
 
 		 553 aa  324  3e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  37.94 
 
 		 517 aa  318  2e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  32.85 
 
 		 536 aa  309  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  34.81 
 
 		 554 aa  293  5e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  35.83 
 
 		 544 aa  286  5e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  33.63 
 
 		 547 aa  270  4e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  32.85 
 
 		 566 aa  263  6e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  32.85 
 
 		 566 aa  263  8e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  33.21 
 
 		 566 aa  262  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  32.67 
 
 		 566 aa  261  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  32.67 
 
 		 566 aa  262  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  33.21 
 
 		 566 aa  262  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  0.0000000207418 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  33.21 
 
 		 566 aa  262  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  32.67 
 
 		 566 aa  260  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  33.03 
 
 		 569 aa  259  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  32.49 
 
 		 566 aa  259  8e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  33.03 
 
 		 569 aa  259  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  31.8 
 
 		 557 aa  259  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  32.67 
 
 		 569 aa  258  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  32.67 
 
 		 569 aa  258  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  32.67 
 
 		 569 aa  257  4e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  32.86 
 
 		 557 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000583792  hitchhiker  0.00000400193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  32.86 
 
 		 557 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  32.86 
 
 		 557 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  32.67 
 
 		 569 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  32.29 
 
 		 557 aa  247  4e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  31.63 
 
 		 563 aa  246  6e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  34.15 
 
 		 555 aa  246  8e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  32.85 
 
 		 561 aa  246  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  35.43 
 
 		 564 aa  243  5e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  32.38 
 
 		 566 aa  243  6e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  32.13 
 
 		 561 aa  239  6.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  32.16 
 
 		 557 aa  238  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  32.37 
 
 		 563 aa  229  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  32.46 
 
 		 561 aa  228  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000378483 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  31.55 
 
 		 567 aa  220  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  31.37 
 
 		 567 aa  220  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  31.55 
 
 		 567 aa  219  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  32.58 
 
 		 529 aa  205  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  31.5 
 
 		 524 aa  184  3e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  31.18 
 
 		 482 aa  173  7.999999999999999e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  30.16 
 
 		 528 aa  165  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  29.74 
 
 		 545 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  29.74 
 
 		 545 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  29.74 
 
 		 545 aa  159  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  28.62 
 
 		 501 aa  157  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  27.74 
 
 		 438 aa  153  8e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  30.21 
 
 		 543 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  29.05 
 
 		 497 aa  146  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  29.13 
 
 		 545 aa  146  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  30.7 
 
 		 547 aa  145  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  31.46 
 
 		 544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  31.35 
 
 		 544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  28.7 
 
 		 543 aa  141  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  27.35 
 
 		 545 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  30.4 
 
 		 538 aa  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  29.01 
 
 		 542 aa  137  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  29.01 
 
 		 526 aa  137  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  29.48 
 
 		 544 aa  136  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  29.19 
 
 		 540 aa  135  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  28.99 
 
 		 526 aa  134  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1150  Xylulokinase  27.24 
 
 		 512 aa  133  9e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.569433  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  29.94 
 
 		 534 aa  131  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  28.13 
 
 		 547 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  29.94 
 
 		 534 aa  131  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  28.42 
 
 		 525 aa  130  6e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0833  carbohydrate kinase, FGGY  29.28 
 
 		 498 aa  128  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0632303  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  26.35 
 
 		 502 aa  127  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  26.12 
 
 		 500 aa  127  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  27.84 
 
 		 529 aa  127  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  28.19 
 
 		 523 aa  127  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  28.49 
 
 		 527 aa  126  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1609  xylulokinase  23.66 
 
 		 506 aa  124  4e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0920  putative sugar kinase (ribulo-/ribitol kinase)  29.19 
 
 		 549 aa  123  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2196  carbohydrate kinase FGGY  26.93 
 
 		 510 aa  123  8e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2179  xylulokinase  27.87 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01568  conserved hypothetical protein  27.99 
 
 		 603 aa  120  4.9999999999999996e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.677654  normal  0.0579254 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  27.98 
 
 		 544 aa  120  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86603  possible ribitol kinase or glycerol kinase  26.63 
 
 		 758 aa  117  5e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  28.84 
 
 		 527 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  26.83 
 
 		 528 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>