More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0063 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0065  LacI family transcription regulator  92.96 
 
 
343 aa  639  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259026 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0061  LacI family transcription regulator  99.71 
 
 
342 aa  704  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  3.29359e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  92.96 
 
 
343 aa  640  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0063  LacI family transcription regulator  100 
 
 
342 aa  705  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  3.67552e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  92.96 
 
 
343 aa  640  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0065  LacI family transcription regulator  99.42 
 
 
342 aa  702  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.94735e-09 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0064  transcriptional regulator, LacI family  92.96 
 
 
343 aa  639  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3991  transcriptional regulator, LacI family protein  80.29 
 
 
343 aa  573  1e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00173292  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02629  Transcriptional regulator  55.72 
 
 
341 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.11 
 
 
366 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3821  LacI family transcription regulator  46.91 
 
 
324 aa  280  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.383217  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2909  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  37.15 
 
 
365 aa  215  7e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.420519 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  33.85 
 
 
362 aa  179  9e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0346  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 
367 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35310  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
366 aa  158  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.263381  normal  0.860746 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13608  LacI family transcriptional regulator  34.47 
 
 
404 aa  158  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311872 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1119  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
350 aa  156  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.158873  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.97 
 
 
347 aa  152  6e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4716  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 
366 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417684  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4802  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 
366 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5101  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 
366 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5317  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.23 
 
 
366 aa  151  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.188854 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4919  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 
358 aa  149  6e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 
375 aa  147  2e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1312  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  33.82 
 
 
353 aa  146  5e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2243  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 
339 aa  144  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2718  transcriptional regulator, LacI family  32.53 
 
 
354 aa  142  7e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.204137 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.04 
 
 
365 aa  139  5e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696084  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 
344 aa  135  1e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  31.31 
 
 
388 aa  134  2e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  31.31 
 
 
365 aa  134  2e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  31.31 
 
 
388 aa  134  2e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 
358 aa  133  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2982  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 
353 aa  131  1e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  3.84304e-05  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1526  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 
346 aa  130  5e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1633  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 
346 aa  130  5e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1737  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 
346 aa  130  5e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.000686199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  30.17 
 
 
358 aa  128  2e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07700  transcriptional regulator  29.7 
 
 
359 aa  123  5e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.241125  normal  0.0525574 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 
337 aa  118  1e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.38 
 
 
342 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.75 
 
 
348 aa  113  4e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.22 
 
 
347 aa  112  7e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.22 
 
 
347 aa  111  2e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.74 
 
 
341 aa  110  2e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.74 
 
 
343 aa  111  2e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  26.74 
 
 
341 aa  110  2e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.74 
 
 
341 aa  110  2e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.74 
 
 
343 aa  111  2e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.74 
 
 
341 aa  110  2e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  26.74 
 
 
341 aa  110  2e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.74 
 
 
341 aa  110  2e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.7 
 
 
341 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  29.45 
 
 
339 aa  110  4e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2691  transcriptional regulator, LacI family  27.68 
 
 
355 aa  110  4e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  25.75 
 
 
335 aa  110  4e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  1.06518e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4069  LacI family transcription regulator  29.63 
 
 
367 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3452  LacI family transcription regulator  29.63 
 
 
369 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164472  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.44 
 
 
356 aa  109  7e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.53 
 
 
330 aa  109  8e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2717  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 
330 aa  109  9e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.99 
 
 
335 aa  107  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.27 
 
 
341 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.27 
 
 
341 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.27 
 
 
341 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  27.97 
 
 
330 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.27 
 
 
341 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.27 
 
 
341 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5165  LacI family transcription regulator  28.79 
 
 
330 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3401  LacI family transcription regulator  29.01 
 
 
367 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  28.96 
 
 
335 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5235  LacI family transcription regulator  28.48 
 
 
330 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.39 
 
 
339 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.46 
 
 
342 aa  105  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.46 
 
 
342 aa  105  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.14 
 
 
335 aa  104  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.36 
 
 
336 aa  103  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  3.48221e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 
333 aa  103  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.66 
 
 
335 aa  103  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  24.63 
 
 
345 aa  103  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  27.36 
 
 
335 aa  102  8e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 
353 aa  102  8e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  26.41 
 
 
354 aa  102  9e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  26.2 
 
 
340 aa  102  9e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.71 
 
 
356 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  27.38 
 
 
351 aa  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3807  LacI family transcription regulator  28.28 
 
 
350 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0659508  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0341  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  25.89 
 
 
367 aa  100  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000954655  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  27.71 
 
 
330 aa  100  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  25.81 
 
 
339 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1526  transcriptional regulator, LacI family  28.27 
 
 
344 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.114079  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1549  LacI family transcription regulator  25.89 
 
 
344 aa  100  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 
338 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.99 
 
 
335 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  28.31 
 
 
348 aa  100  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1441  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  25.89 
 
 
344 aa  100  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.110495  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  26.11 
 
 
342 aa  99.8  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  9.20501e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  28.19 
 
 
355 aa  99.8  6e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.09 
 
 
353 aa  99.8  6e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  27.79 
 
 
338 aa  99.8  7e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>