More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0536 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
143 aa  286  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.96939e-07  hitchhiker  9.05807e-07 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  90.21 
 
 
143 aa  264  3e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  3.95657e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.13 
 
 
142 aa  214  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.43 
 
 
142 aa  210  4e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  73.24 
 
 
143 aa  210  6e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.32 
 
 
138 aa  159  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.74903e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.4 
 
 
137 aa  158  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.37129e-08  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.86 
 
 
141 aa  156  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.86 
 
 
141 aa  155  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.86 
 
 
141 aa  155  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.57 
 
 
142 aa  154  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.43 
 
 
142 aa  154  5e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.14 
 
 
144 aa  154  5e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.86 
 
 
144 aa  153  7e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.87 
 
 
141 aa  152  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.71 
 
 
141 aa  151  3e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.36 
 
 
140 aa  149  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  58.04 
 
 
147 aa  149  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.29 
 
 
141 aa  149  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.71 
 
 
147 aa  140  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  50.35 
 
 
138 aa  135  3e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  43.57 
 
 
141 aa  113  9e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.92 
 
 
149 aa  112  2e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.75 
 
 
158 aa  110  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.66 
 
 
140 aa  103  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.15 
 
 
134 aa  95.5  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  42.55 
 
 
143 aa  95.1  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  40.15 
 
 
134 aa  95.5  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  39.16 
 
 
143 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.03 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.92 
 
 
143 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.41 
 
 
142 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  37.23 
 
 
154 aa  90.1  9e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.04 
 
 
140 aa  89.7  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.96 
 
 
137 aa  88.6  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.05 
 
 
142 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.84 
 
 
140 aa  87  8e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  38.13 
 
 
142 aa  86.7  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  39.23 
 
 
146 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  39.23 
 
 
146 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
145 aa  85.1  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  35.77 
 
 
145 aa  85.1  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.23 
 
 
132 aa  82.4  2e-15  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.25 
 
 
140 aa  82.4  2e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.46 
 
 
141 aa  79  2e-14  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
141 aa  77.8  5e-14  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1899  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.57 
 
 
144 aa  77.4  6e-14  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  5.11207e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3815  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.57 
 
 
144 aa  76.6  1e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0446813  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1510  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.29 
 
 
144 aa  75.9  2e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.43562  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 
144 aa  75.9  2e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0605408  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
134 aa  73.6  9e-13  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.85 
 
 
137 aa  72.4  2e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  33.59 
 
 
139 aa  70.9  5e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.35 
 
 
138 aa  69.7  1e-11  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  27.94 
 
 
136 aa  69.7  1e-11  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.78844e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 
158 aa  69.7  1e-11  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.2 
 
 
135 aa  69.3  2e-11  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.43 
 
 
136 aa  67.8  4e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.38 
 
 
139 aa  67.8  5e-11  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.218457 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  29.93 
 
 
135 aa  67.4  7e-11  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4176  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.31 
 
 
158 aa  66.6  1e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0919098  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4149  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.31 
 
 
159 aa  66.6  1e-10  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0136307  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.65 
 
 
143 aa  65.9  2e-10  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  29.63 
 
 
133 aa  65.9  2e-10  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.17 
 
 
136 aa  65.9  2e-10  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  29.77 
 
 
136 aa  65.1  3e-10  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1532  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.94 
 
 
141 aa  64.7  4e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  34.25 
 
 
138 aa  64.7  4e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
140 aa  64.3  6e-10  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
137 aa  64.3  6e-10  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1947  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
139 aa  64.3  6e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.91 
 
 
141 aa  63.5  9e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
140 aa  63.2  1e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
143 aa  63.5  1e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
136 aa  63.5  1e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  25.76 
 
 
135 aa  62.8  2e-09  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
142 aa  62  2e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
138 aa  62.4  2e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.56 
 
 
158 aa  62.4  2e-09  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
133 aa  62  3e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.95 
 
 
133 aa  61.6  3e-09  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.8 
 
 
134 aa  62  3e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  1.53595e-05 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.56 
 
 
143 aa  62  3e-09  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.94 
 
 
250 aa  62  3e-09  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
139 aa  61.2  4e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.56 
 
 
151 aa  61.6  4e-09  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.64 
 
 
145 aa  60.8  6e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  31.29 
 
 
139 aa  60.8  6e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.98 
 
 
134 aa  60.8  6e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
139 aa  60.5  8e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.6 
 
 
134 aa  60.5  8e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  4.57301e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
134 aa  60.5  9e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  33.86 
 
 
142 aa  60.1  1e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  33.86 
 
 
142 aa  60.1  1e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.86 
 
 
142 aa  60.1  1e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
135 aa  59.7  1e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  33.86 
 
 
140 aa  60.1  1e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  33.86 
 
 
142 aa  60.1  1e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  33.86 
 
 
142 aa  60.1  1e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
131 aa  59.7  1e-08  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>