More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2017 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1732  DNA repair protein RadA  89.4 
 
 		 462 aa  748    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0794111 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2017  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 464 aa  935    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.404277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  67.1 
 
 		 465 aa  627  1e-179  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  63.76 
 
 		 476 aa  592  1e-168  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  56.64 
 
 		 460 aa  484  1e-135  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  58.12 
 
 		 449 aa  473  1e-132  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  53.73 
 
 		 453 aa  456  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  53.98 
 
 		 449 aa  457  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  50.98 
 
 		 458 aa  458  1e-127  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  52.8 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  56.4 
 
 		 450 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  52.8 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  52.8 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  53.04 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  52.8 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  52.8 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  50.98 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  51.32 
 
 		 484 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 		 457 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  52.8 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  52.8 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 		 454 aa  451  1e-125  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  52.34 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  51.39 
 
 		 462 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  52.88 
 
 		 450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  51.39 
 
 		 462 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  51.43 
 
 		 453 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  51.76 
 
 		 454 aa  446  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  50.58 
 
 		 457 aa  445  1.0000000000000001e-124  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  53.9 
 
 		 460 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  53.78 
 
 		 464 aa  441  9.999999999999999e-123  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  52.96 
 
 		 448 aa  441  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  48.57 
 
 		 457 aa  436  1e-121  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  50.23 
 
 		 453 aa  433  1e-120  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  51.33 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  48.8 
 
 		 457 aa  429  1e-119  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  50.66 
 
 		 448 aa  430  1e-119  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  48.49 
 
 		 489 aa  427  1e-118  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  48.14 
 
 		 470 aa  428  1e-118  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 454 aa  424  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 454 aa  424  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  46.45 
 
 		 507 aa  420  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  46.56 
 
 		 457 aa  421  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  46.15 
 
 		 514 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  46.15 
 
 		 514 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  46.49 
 
 		 459 aa  420  1e-116  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  48.47 
 
 		 451 aa  417  9.999999999999999e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  51.11 
 
 		 453 aa  415  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0584  DNA repair protein RadA  45.35 
 
 		 518 aa  416  9.999999999999999e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.50622  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  44.79 
 
 		 453 aa  417  9.999999999999999e-116  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 		 520 aa  412  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  50.22 
 
 		 449 aa  413  1e-114  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  48.89 
 
 		 451 aa  414  1e-114  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  48.89 
 
 		 451 aa  414  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 		 455 aa  412  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  48.4 
 
 		 452 aa  414  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1339  DNA repair protein RadA  47.66 
 
 		 446 aa  409  1e-113  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.826628  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1220  DNA repair protein RadA  47.66 
 
 		 446 aa  409  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  47.54 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1392  DNA repair protein RadA  47.83 
 
 		 446 aa  407  1.0000000000000001e-112  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  47.76 
 
 		 452 aa  406  1.0000000000000001e-112  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  47.07 
 
 		 453 aa  405  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1314  DNA repair protein RadA  46.68 
 
 		 446 aa  407  1.0000000000000001e-112  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.080824  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  50.74 
 
 		 415 aa  406  1.0000000000000001e-112  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0498  DNA repair protein RadA  46.37 
 
 		 446 aa  405  1.0000000000000001e-112  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.572608  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  47.72 
 
 		 482 aa  402  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  44.66 
 
 		 453 aa  403  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0525  DNA repair protein RadA  46.33 
 
 		 446 aa  402  1e-111  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  46.71 
 
 		 457 aa  405  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  45.68 
 
 		 446 aa  402  1e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0956  DNA repair protein RadA  45.87 
 
 		 517 aa  405  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0419823 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1183  DNA repair protein RadA  46.29 
 
 		 447 aa  399  9.999999999999999e-111  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 447 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  48.23 
 
 		 455 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  48.01 
 
 		 455 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  44.92 
 
 		 454 aa  399  9.999999999999999e-111  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  48 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  46.34 
 
 		 458 aa  400  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 		 451 aa  399  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  48 
 
 		 453 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  46.98 
 
 		 461 aa  396  1e-109  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  46.71 
 
 		 461 aa  397  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 452 aa  398  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  45.93 
 
 		 455 aa  397  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  48.57 
 
 		 455 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0842  DNA repair protein RadA  46.7 
 
 		 448 aa  397  1e-109  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  47.78 
 
 		 453 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 455 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 452 aa  398  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  44.29 
 
 		 457 aa  396  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  46.25 
 
 		 481 aa  395  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  44.37 
 
 		 461 aa  396  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  47.78 
 
 		 453 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  47.08 
 
 		 462 aa  395  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  46.36 
 
 		 482 aa  395  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0309  DNA repair protein RadA  48.05 
 
 		 465 aa  394  1e-108  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.503927  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  48.01 
 
 		 452 aa  392  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  49.45 
 
 		 462 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  48.26 
 
 		 466 aa  393  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>