More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05496 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  100 
 
 
306 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
306 aa  409  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.52 
 
 
298 aa  306  2.0000000000000002e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.468031  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  50.5 
 
 
305 aa  271  1e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  52.03 
 
 
300 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  51.69 
 
 
300 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  51.69 
 
 
300 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  50.35 
 
 
316 aa  251  1e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  50.66 
 
 
311 aa  248  6e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.16 
 
 
307 aa  246  4e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  49.68 
 
 
306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  49.68 
 
 
306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  50.16 
 
 
305 aa  242  7e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  49.68 
 
 
306 aa  242  7e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  50.33 
 
 
303 aa  241  2e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.38 
 
 
312 aa  240  2e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  50.5 
 
 
304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.69 
 
 
298 aa  239  5.999999999999999e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
307 aa  236  3e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  48.67 
 
 
300 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
317 aa  228  9e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  45.81 
 
 
303 aa  228  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.33 
 
 
324 aa  224  1e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.49 
 
 
304 aa  223  3e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.38 
 
 
312 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
298 aa  219  5e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.87 
 
 
297 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  47.21 
 
 
302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.05 
 
 
301 aa  216  5e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.65 
 
 
305 aa  215  8e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
298 aa  215  9e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.91 
 
 
326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.69 
 
 
314 aa  212  4.9999999999999996e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  48.68 
 
 
299 aa  211  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  45.67 
 
 
301 aa  211  1e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  45.15 
 
 
302 aa  210  2e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.69 
 
 
312 aa  208  1e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.2 
 
 
309 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.68 
 
 
314 aa  206  6e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
315 aa  204  1e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.67 
 
 
329 aa  202  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.84 
 
 
310 aa  202  5e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0206248  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.35 
 
 
328 aa  202  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  42.67 
 
 
333 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  42.67 
 
 
329 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.0957503 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.62 
 
 
312 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.87 
 
 
309 aa  198  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37207  hitchhiker  0.00818757 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  40.41 
 
 
311 aa  198  9e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.29 
 
 
319 aa  196  5.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
304 aa  196  6e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17961  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  44.63 
 
 
300 aa  196  6e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.140714 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
303 aa  195  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.08 
 
 
290 aa  194  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  44.23 
 
 
317 aa  191  1e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  46.39 
 
 
301 aa  191  1e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3626  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.23 
 
 
306 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.474498  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
328 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
327 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.56 
 
 
328 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.56 
 
 
328 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.33 
 
 
303 aa  188  8e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.01 
 
 
320 aa  187  1e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.56 
 
 
328 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  37.41 
 
 
308 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.72 
 
 
324 aa  186  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.010862 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  35.83 
 
 
309 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
316 aa  185  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  37.07 
 
 
300 aa  185  9e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  41.39 
 
 
308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7668  putative short chain dehydrogenase  43.89 
 
 
318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.685626  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
289 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
289 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
289 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00455  probable oxidoreductase  34.84 
 
 
318 aa  181  1e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0618  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.55 
 
 
328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.77353  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  41.64 
 
 
312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 
288 aa  176  6e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  35.02 
 
 
309 aa  175  7e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.41 
 
 
316 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.79228  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.75 
 
 
288 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  34.01 
 
 
309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.14 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
287 aa  172  5.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  34.11 
 
 
309 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.2 
 
 
314 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2577  short chain dehydrogenase  41.97 
 
 
316 aa  167  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.45 
 
 
308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132217  hitchhiker  0.00451656 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.95 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.272807  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5768  putative short chain dehydrogenase  42.95 
 
 
309 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66520  putative short chain dehydrogenase  43.05 
 
 
309 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.973643  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1053  oxidoreductase  40.13 
 
 
319 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.176111  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
313 aa  161  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
328 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.392114 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7081  oxidoreductase  41.86 
 
 
321 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347841  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.54 
 
 
312 aa  158  9e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.72 
 
 
281 aa  157  1e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.21858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>