More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3855 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2474  hydrogenase 4 subunit B  63.25 
 
 		 669 aa  762    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  90.92 
 
 		 672 aa  1088    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  62.44 
 
 		 681 aa  699    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  76.83 
 
 		 687 aa  914    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  100 
 
 		 672 aa  1314    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1396  hydrogenase 4 subunit B  56.45 
 
 		 671 aa  589  1e-167  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  43.97 
 
 		 748 aa  474  1e-132  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  43.54 
 
 		 674 aa  433  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  42.69 
 
 		 669 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  43.28 
 
 		 674 aa  402  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  42 
 
 		 674 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  41.88 
 
 		 683 aa  392  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  41.28 
 
 		 673 aa  387  1e-106  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  42.76 
 
 		 669 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  38.54 
 
 		 644 aa  370  1e-101  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  42.17 
 
 		 669 aa  372  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  41.8 
 
 		 668 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2149  hydrogenase 4 subunit B  42.18 
 
 		 660 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.33721  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1807  hydrogenase 4 subunit B  42.18 
 
 		 660 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  39.31 
 
 		 644 aa  362  1e-98  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.3 
 
 		 661 aa  356  8.999999999999999e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  42.2 
 
 		 668 aa  355  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  42.2 
 
 		 668 aa  355  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  36.03 
 
 		 662 aa  353  5e-96  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  39.48 
 
 		 617 aa  350  6e-95  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  38.12 
 
 		 672 aa  349  1e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  38.12 
 
 		 672 aa  349  1e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  38.12 
 
 		 672 aa  346  6e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  38.12 
 
 		 672 aa  346  7e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  37.95 
 
 		 672 aa  346  1e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  37.46 
 
 		 672 aa  340  4e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.97 
 
 		 688 aa  337  3.9999999999999995e-91  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  41.28 
 
 		 671 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  36.61 
 
 		 669 aa  335  2e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  37.56 
 
 		 649 aa  330  4e-89  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  37.12 
 
 		 662 aa  327  4.0000000000000003e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  39.12 
 
 		 661 aa  325  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  38.42 
 
 		 668 aa  323  6e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.11 
 
 		 660 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  37.58 
 
 		 577 aa  314  3.9999999999999997e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  37.79 
 
 		 672 aa  313  4.999999999999999e-84  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  37.71 
 
 		 679 aa  313  6.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  38.08 
 
 		 633 aa  313  9e-84  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  37.02 
 
 		 673 aa  311  4e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  40.33 
 
 		 654 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.83 
 
 		 659 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.5 
 
 		 659 aa  301  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  36.65 
 
 		 737 aa  301  2e-80  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  36.29 
 
 		 669 aa  301  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  35.75 
 
 		 666 aa  301  3e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.07 
 
 		 666 aa  299  1e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  35.91 
 
 		 646 aa  298  3e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4703  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.13 
 
 		 662 aa  296  7e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  35.32 
 
 		 667 aa  295  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  35.33 
 
 		 637 aa  294  3e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.02 
 
 		 666 aa  294  4e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.5 
 
 		 669 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  35.74 
 
 		 723 aa  284  4.0000000000000003e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  47.46 
 
 		 654 aa  284  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  37.77 
 
 		 640 aa  283  5.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4469  NADH dehydrogenase (quinone)  38.11 
 
 		 664 aa  283  7.000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2985  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.1 
 
 		 674 aa  281  4e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0690807  hitchhiker  0.0074409 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  32.01 
 
 		 643 aa  278  3e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  30.54 
 
 		 650 aa  273  1e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0336  NADH dehydrogenase (quinone)  35.13 
 
 		 665 aa  271  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3713  NADH dehydrogenase (quinone)  47.97 
 
 		 654 aa  268  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.117424  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2560  NADH dehydrogenase (quinone)  35.86 
 
 		 663 aa  268  4e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1862  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.22 
 
 		 646 aa  267  5e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000307213  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3796  NADH dehydrogenase (quinone)  47.97 
 
 		 654 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273036  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  34.22 
 
 		 674 aa  260  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  39.81 
 
 		 666 aa  256  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  33.88 
 
 		 655 aa  254  4.0000000000000004e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  39.54 
 
 		 666 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0778  NADH dehydrogenase (quinone)  35.19 
 
 		 682 aa  252  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.590886  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  34.22 
 
 		 655 aa  249  1e-64  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  38 
 
 		 665 aa  243  6e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2432  NADH dehydrogenase (quinone)  35.6 
 
 		 622 aa  228  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.96835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3054  formate hydrogenlyase subunit 3  32.89 
 
 		 608 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.920212  normal  0.22505 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3038  formate hydrogenlyase subunit 3  32.64 
 
 		 608 aa  224  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000419635 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2787  NADH dehydrogenase (quinone)  32.5 
 
 		 633 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2795  NADH dehydrogenase (quinone)  32.5 
 
 		 633 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3003  formate hydrogenlyase subunit 3  32.45 
 
 		 608 aa  222  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2972  formate hydrogenlyase subunit 3  32.45 
 
 		 608 aa  222  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3161  formate hydrogenlyase subunit 3  32.26 
 
 		 608 aa  221  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3974  formate hydrogenlyase subunit 3  31.11 
 
 		 608 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02573  NADH dehydrogenase subunit N  31.11 
 
 		 608 aa  214  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.621394  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2859  formate hydrogenlyase subunit 3  31.11 
 
 		 608 aa  214  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2848  formate hydrogenlyase subunit 3  31.11 
 
 		 608 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264273 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3011  formate hydrogenlyase subunit 3  31.11 
 
 		 608 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3196  formate hydrogenlyase subunit 3  32.22 
 
 		 608 aa  213  7e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0989  formate hydrogenlyase subunit 3  31.11 
 
 		 608 aa  213  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.180245 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0966  NADH dehydrogenase (quinone)  30.92 
 
 		 608 aa  212  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3276  NADH dehydrogenase (quinone)  31.76 
 
 		 671 aa  211  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3780  NADH dehydrogenase (quinone)  36.63 
 
 		 670 aa  206  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0116247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  32.67 
 
 		 1265 aa  194  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  33.78 
 
 		 1264 aa  191  5e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1163  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  34.96 
 
 		 790 aa  190  7e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  30.83 
 
 		 748 aa  186  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  30.86 
 
 		 1265 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  32.73 
 
 		 512 aa  184  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>