More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1930 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 123 aa  251  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  97.56 
 
 		 123 aa  245  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  82.11 
 
 		 133 aa  208  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 129 aa  154  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 122 aa  110  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5050  putative transcriptional regulator, MerR family  36.43 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999579  normal  0.135086 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  39 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0466  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 120 aa  75.1  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  38.32 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  41.24 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  41.9 
 
 		 158 aa  73.6  0.0000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  39 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  41.9 
 
 		 158 aa  73.6  0.0000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2322  transcription regulator protein  39.62 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.161487 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  41.24 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  43.16 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  43.16 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 149 aa  72.4  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  37 
 
 		 129 aa  72  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6119  MerR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 125 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0529361  normal  0.0458667 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  38.38 
 
 		 131 aa  72  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 141 aa  71.6  0.000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  41.28 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  38 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 147 aa  70.1  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 137 aa  70.1  0.000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2008  transcriptional regulator, MerR family  35.71 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.505788  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  37.76 
 
 		 154 aa  70.1  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  36.19 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  41.18 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4421  MerR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 139 aa  68.2  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0298638  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  37 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2198  transcriptional regulator, MerR family  37.76 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 130 aa  68.2  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0238  MerR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 141 aa  67  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5384  transcriptional regulator, MerR family  41.58 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  49.32 
 
 		 152 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1255  mercuric resistance operon regulatory protein MerR  34.62 
 
 		 130 aa  66.2  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2198  MerR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  39.8 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  38.61 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  51.52 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4537  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  37.11 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  41.41 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  38.78 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  38.61 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  38.24 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2024  mercuric resistance operon regulatory protein MerR  34.62 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  38.78 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  37 
 
 		 143 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  36.36 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 134 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  33.33 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.14 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.76 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 147 aa  65.5  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  34 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  39.18 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  50 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 164 aa  64.3  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  42.31 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  47.76 
 
 		 159 aa  63.9  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 154 aa  63.5  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 145 aa  63.5  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0853  MerR family transcriptional regulator  37 
 
 		 146 aa  63.5  0.0000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.01 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  38.38 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.19 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2710  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 156 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4002  MerR family transcriptional regulator  37 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  35 
 
 		 156 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 153 aa  63.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>