More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0652 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  92.86 
 
 		 281 aa  532  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  85.46 
 
 		 282 aa  483  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  80.43 
 
 		 323 aa  468  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  79.36 
 
 		 281 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  79 
 
 		 281 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  79.36 
 
 		 281 aa  462  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  80.07 
 
 		 281 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  70 
 
 		 284 aa  424  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  45.05 
 
 		 281 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 338 aa  235  6e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 273 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 282 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 282 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 334 aa  232  5e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 282 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 282 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 278 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 282 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 620 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 642 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 641 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 641 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 642 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 641 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 620 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 641 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 332 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 642 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 620 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 642 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 339 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 641 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 638 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 638 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 642 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 282 aa  228  6e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 642 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 642 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 639 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  42.86 
 
 		 286 aa  216  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 288 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 288 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  41.64 
 
 		 288 aa  215  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 288 aa  215  8e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  41.64 
 
 		 288 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  41.64 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.07 
 
 		 289 aa  211  9e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  41.28 
 
 		 288 aa  208  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.65 
 
 		 286 aa  206  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.65 
 
 		 284 aa  205  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.57 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.57 
 
 		 284 aa  203  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.78 
 
 		 289 aa  203  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.78 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.78 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.64 
 
 		 288 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.64 
 
 		 289 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 287 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.93 
 
 		 284 aa  202  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40 
 
 		 290 aa  202  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  39.29 
 
 		 288 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.29 
 
 		 284 aa  202  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  42.39 
 
 		 287 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.29 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.29 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.29 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.29 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.29 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  38.93 
 
 		 290 aa  201  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.64 
 
 		 289 aa  201  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.36 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  38.93 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.29 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.57 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  38.93 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.64 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  38.93 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.93 
 
 		 284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.93 
 
 		 284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.93 
 
 		 284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.93 
 
 		 284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.93 
 
 		 284 aa  199  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.07 
 
 		 285 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  38.35 
 
 		 284 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.07 
 
 		 288 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>