More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0343 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  100 
 
 
292 aa  581  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  76.37 
 
 
292 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  79.11 
 
 
292 aa  454  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  76.37 
 
 
292 aa  457  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  76.71 
 
 
294 aa  456  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  70.63 
 
 
299 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  66.21 
 
 
295 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  66.21 
 
 
295 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
294 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  66.21 
 
 
296 aa  387  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
296 aa  390  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
294 aa  389  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  64.85 
 
 
296 aa  387  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  64.85 
 
 
296 aa  387  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  62.8 
 
 
296 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  62.12 
 
 
296 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  60.3 
 
 
306 aa  343  1e-93  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  61.73 
 
 
307 aa  344  1e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.32 
 
 
311 aa  310  2e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.6 
 
 
315 aa  307  1.0000000000000001e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  51.85 
 
 
301 aa  298  5e-80  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  53.38 
 
 
289 aa  296  2e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.26 
 
 
316 aa  289  3e-77  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  50.17 
 
 
295 aa  285  8e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  51.85 
 
 
308 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  55.06 
 
 
307 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.29 
 
 
311 aa  276  3e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  53.18 
 
 
307 aa  269  4e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  48.84 
 
 
308 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  52.81 
 
 
308 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  52.81 
 
 
308 aa  264  1e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  52.81 
 
 
308 aa  265  1e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  47.39 
 
 
315 aa  261  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  46.62 
 
 
324 aa  252  7e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  53.18 
 
 
308 aa  246  2e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  53.18 
 
 
308 aa  246  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  53.18 
 
 
308 aa  246  2e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  53.18 
 
 
308 aa  246  2e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  52.81 
 
 
308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.4 
 
 
321 aa  236  3e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  43.73 
 
 
322 aa  233  3e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  43.26 
 
 
312 aa  231  1e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  45.11 
 
 
319 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.41 
 
 
310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  37.64 
 
 
316 aa  181  9.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  39.26 
 
 
308 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.56 
 
 
320 aa  168  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.04 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  36.5 
 
 
339 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  36.5 
 
 
339 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.22 
 
 
320 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  34.21 
 
 
310 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.89 
 
 
330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.58 
 
 
333 aa  151  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.22 
 
 
294 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  36.62 
 
 
311 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  36.62 
 
 
311 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  36.62 
 
 
311 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  36.62 
 
 
311 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  36.62 
 
 
313 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.57 
 
 
318 aa  149  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.85 
 
 
313 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.06 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.09 
 
 
313 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3856  Monosaccharide-transporting ATPase  33.78 
 
 
309 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0772543  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4971  Monosaccharide-transporting ATPase  33.78 
 
 
309 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.155709  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.45 
 
 
309 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.21 
 
 
328 aa  145  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  33.97 
 
 
309 aa  145  9e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  33.97 
 
 
309 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  33.97 
 
 
309 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.45 
 
 
309 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.63 
 
 
343 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.95 
 
 
309 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  31.29 
 
 
309 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.25 
 
 
313 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4893  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.11 
 
 
309 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202209  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
312 aa  142  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.29 
 
 
320 aa  142  8e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.47 
 
 
313 aa  141  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.18 
 
 
371 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 
330 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  32.21 
 
 
334 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.45 
 
 
312 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2651  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.1 
 
 
313 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.132029  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.1 
 
 
314 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  30.6 
 
 
308 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.58 
 
 
317 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  29.33 
 
 
321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.21 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.37 
 
 
322 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>