More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3869 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 298 aa  624  1e-178  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  42.76 
 
 		 301 aa  254  9e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  36.24 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  27.9 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  28.01 
 
 		 288 aa  149  8e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  25.35 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  27.92 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  27.21 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 276 aa  92.8  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  21.91 
 
 		 289 aa  85.9  8e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.09 
 
 		 325 aa  84.3  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 273 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 519 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  27.04 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.82 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.82 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.82 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.82 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.82 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  21.12 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  37.37 
 
 		 537 aa  77.8  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  21.22 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 329 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  21.89 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.02 
 
 		 280 aa  76.6  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.65 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  38.61 
 
 		 250 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 517 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 386 aa  75.5  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.6 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.82 
 
 		 281 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.6 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  21.24 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.6 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 361 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.6 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000000316606 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  25.6 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.6 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.6 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.66 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  29.88 
 
 		 530 aa  74.7  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.21 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  25.66 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 532 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.79 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 513 aa  73.2  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 430 aa  72.8  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>