More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3784 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3784  cytidylate kinase  100 
 
 		 194 aa  367  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.150684  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3881  cytidylate kinase  74.23 
 
 		 211 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.46023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3276  cytidylate kinase  74.74 
 
 		 211 aa  239  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811486  normal  0.522336 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3591  cytidylate kinase  74.74 
 
 		 206 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.39582  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1023  cytidylate kinase  65.15 
 
 		 212 aa  230  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283753  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0197  cytidylate kinase  65.64 
 
 		 203 aa  215  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0614  cytidylate kinase  54.63 
 
 		 216 aa  189  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00523823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0398  cytidylate kinase  53.27 
 
 		 212 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0715  cytidylate kinase  64.52 
 
 		 204 aa  182  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0026  cytidylate kinase  55.67 
 
 		 219 aa  181  8.000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404349  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0025  cytidylate kinase  55.67 
 
 		 219 aa  180  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3607  cytidylate kinase  54.27 
 
 		 218 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0733159  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3457  cytidylate kinase  52.55 
 
 		 212 aa  179  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0066  cytidylate kinase  54.27 
 
 		 212 aa  178  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0168644  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4031  cytidylate kinase  53.85 
 
 		 215 aa  177  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0102  cytidylate kinase  55.1 
 
 		 216 aa  177  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4361  cytidylate kinase  53.33 
 
 		 215 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0102365 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0150  cytidylate kinase  57.62 
 
 		 217 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0030  cytidylate kinase  55.9 
 
 		 214 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2457  cytidylate kinase  54.95 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.164477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2938  cytidylate kinase  57.21 
 
 		 211 aa  176  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.434038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0104  cytidylate kinase  53.77 
 
 		 212 aa  176  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.757727  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1304  cytidylate kinase  47.6 
 
 		 215 aa  175  4e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00011985  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0191  cytidylate kinase  52.26 
 
 		 212 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0164  cytidylate kinase  49.26 
 
 		 209 aa  171  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0193  cytidylate kinase  51.79 
 
 		 217 aa  171  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0641  cytidylate kinase  50.74 
 
 		 212 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.112665 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0294  cytidylate kinase  57.64 
 
 		 213 aa  169  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1111  cytidylate kinase  56.84 
 
 		 208 aa  168  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2129  cytidylate kinase  57.14 
 
 		 222 aa  168  5e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.29015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1324  cytidylate kinase  55.17 
 
 		 208 aa  168  6e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0208  cytidylate kinase  49.75 
 
 		 212 aa  167  7e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.300993  normal  0.653073 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2406  cytidylate kinase  57.14 
 
 		 222 aa  167  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.477842  normal  0.311621 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0030  cytidylate kinase  54.59 
 
 		 212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2086  cytidylate kinase  52.71 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5617  cytidylate kinase  55.5 
 
 		 212 aa  158  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314381  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3123  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  46.05 
 
 		 705 aa  152  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.921195  normal  0.0155282 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0099  cytidylate kinase  56.25 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.906806 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1494  cytidylate kinase  53.72 
 
 		 209 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.373102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7108  cytidylate kinase  53.3 
 
 		 217 aa  150  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978606  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1966  cytidylate kinase  42.27 
 
 		 229 aa  148  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6548  cytidylate kinase  54.74 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.440161 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1392  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  44.91 
 
 		 673 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.121243  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23320  cytidylate kinase  42.27 
 
 		 229 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000301501  normal  0.0247908 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2916  cytidylate kinase  50.24 
 
 		 219 aa  145  3e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0479896 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2468  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  44.44 
 
 		 673 aa  145  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.835531  normal  0.361895 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3284  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  43.26 
 
 		 679 aa  144  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.185076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1645  cytidylate kinase  44.08 
 
 		 225 aa  144  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.170178 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1325  cytidylate kinase  36.53 
 
 		 226 aa  143  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0173  cytidylate kinase  42.2 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000480933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1351  cytidylate kinase  40.55 
 
 		 220 aa  143  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0401638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1615  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  41.2 
 
 		 670 aa  142  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0977  cytidylate kinase  39.81 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000004631  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4723  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  43.98 
 
 		 675 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.86018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1853  cytidylate kinase  43.27 
 
 		 221 aa  142  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0179513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1335  cytidylate kinase  41.01 
 
 		 220 aa  141  5e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.059192  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1331  cytidylate kinase  40.18 
 
 		 229 aa  140  8e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282811  decreased coverage  0.00883322 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2219  cytidylate kinase  42.99 
 
 		 224 aa  140  9e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000392774  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1708  cytidylate kinase  38.99 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000112654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0179  cytidylate kinase  39.81 
 
 		 227 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000847233  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1735  cytidylate kinase  41.67 
 
 		 231 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610181  decreased coverage  0.000087686 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2002  cytidylate kinase  39.37 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0311014  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1375  cytidylate kinase  40.48 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1371  cytidylate kinase  40.48 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4073  cytidylate kinase  42.33 
 
 		 229 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293328  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1734  cytidylate kinase  39.37 
 
 		 225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000603603  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2397  cytidylate kinase  39.73 
 
 		 230 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000169082  unclonable  0.00000986897 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2069  cytidylate kinase  39.73 
 
 		 230 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000019021  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1506  cytidylate kinase  42.72 
 
 		 229 aa  138  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000236579  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2280  cytidylate kinase  39.73 
 
 		 230 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000793863  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2065  cytidylate kinase  39.73 
 
 		 230 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000105966  unclonable  0.00000000000213103 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1232  cytidylate kinase  39.07 
 
 		 219 aa  138  6e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2243  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  44.23 
 
 		 674 aa  138  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2340  cytidylate kinase  38.81 
 
 		 229 aa  137  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000158492  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1588  cytidylate kinase  38.7 
 
 		 232 aa  137  7.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000460348  hitchhiker  0.0000979309 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003019  cytidylate kinase  42.45 
 
 		 226 aa  137  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000338917  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1090  cytidylate kinase  40.87 
 
 		 226 aa  137  7.999999999999999e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000570118  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1790  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  45.45 
 
 		 668 aa  137  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00149687 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0594  cytidylate kinase  42.23 
 
 		 213 aa  137  1e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2043  cytidylate kinase  39.55 
 
 		 230 aa  137  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000246913  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3387  cytidylate kinase  42.33 
 
 		 232 aa  136  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000123016  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2164  cytidylate kinase  41.12 
 
 		 232 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00199731  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0934  cytidylate kinase  34.62 
 
 		 213 aa  135  3.0000000000000003e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1923  cytidylate kinase  39.37 
 
 		 230 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000722421  unclonable  0.0000000000403388 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1640  cytidylate kinase  37.96 
 
 		 231 aa  135  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2310  cytidylate kinase  39.82 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000698578  hitchhiker  0.000000443143 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00890  cytidylate kinase  41.67 
 
 		 227 aa  135  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.007598  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1409  cytidylate kinase  35.29 
 
 		 224 aa  135  4e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0393534  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1976  cytidylate kinase  39.19 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000166074  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2795  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  41.78 
 
 		 667 aa  135  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233138 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1429  cytidylate kinase  38.53 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000204841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0930  cytidylate kinase  42.66 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2403  cytidylate kinase  38.91 
 
 		 230 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1954  cytidylate kinase  37.33 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000903512  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2669  cytidylate kinase  37.33 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410063  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2581  cytidylate kinase  37.33 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000568011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1982  cytidylate kinase  40 
 
 		 222 aa  134  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000405125  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2055  cytidylate kinase  39.19 
 
 		 230 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  unclonable  0.0000241467 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1604  cytidylate kinase  35.19 
 
 		 221 aa  134  7.000000000000001e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1598  cytidylate kinase  41.31 
 
 		 223 aa  134  9e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>