More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1023 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1023  cytidylate kinase  100 
 
 		 212 aa  412  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283753  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0197  cytidylate kinase  67.5 
 
 		 203 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3784  cytidylate kinase  65.15 
 
 		 194 aa  230  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.150684  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3881  cytidylate kinase  64.43 
 
 		 211 aa  227  9e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.46023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3591  cytidylate kinase  64.43 
 
 		 206 aa  215  4e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.39582  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3276  cytidylate kinase  63.92 
 
 		 211 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811486  normal  0.522336 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0614  cytidylate kinase  56.78 
 
 		 216 aa  210  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00523823 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1111  cytidylate kinase  58.65 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0715  cytidylate kinase  67.2 
 
 		 204 aa  207  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4031  cytidylate kinase  50.96 
 
 		 215 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3607  cytidylate kinase  52.61 
 
 		 218 aa  197  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0733159  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4361  cytidylate kinase  49.52 
 
 		 215 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0102365 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3457  cytidylate kinase  50.25 
 
 		 212 aa  195  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2457  cytidylate kinase  57.77 
 
 		 208 aa  194  8.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.164477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0025  cytidylate kinase  53.61 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0193  cytidylate kinase  51.71 
 
 		 217 aa  191  6e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0398  cytidylate kinase  51.92 
 
 		 212 aa  191  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0026  cytidylate kinase  53.09 
 
 		 219 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404349  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0030  cytidylate kinase  51.03 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0030  cytidylate kinase  56.1 
 
 		 212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0066  cytidylate kinase  51.21 
 
 		 212 aa  187  7e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0168644  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1324  cytidylate kinase  54.41 
 
 		 208 aa  186  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2129  cytidylate kinase  58.2 
 
 		 222 aa  186  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.29015 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2406  cytidylate kinase  58.2 
 
 		 222 aa  186  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.477842  normal  0.311621 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0104  cytidylate kinase  51.44 
 
 		 212 aa  182  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.757727  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0102  cytidylate kinase  51 
 
 		 216 aa  181  8.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7108  cytidylate kinase  54.59 
 
 		 217 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978606  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2938  cytidylate kinase  54.41 
 
 		 211 aa  180  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.434038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2086  cytidylate kinase  53.73 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1304  cytidylate kinase  46.23 
 
 		 215 aa  178  4e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00011985  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0164  cytidylate kinase  51.21 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0641  cytidylate kinase  50.24 
 
 		 212 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.112665 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0099  cytidylate kinase  56.91 
 
 		 208 aa  175  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.906806 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6548  cytidylate kinase  58.2 
 
 		 210 aa  175  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.440161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0191  cytidylate kinase  49.76 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1494  cytidylate kinase  54.84 
 
 		 209 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.373102 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0208  cytidylate kinase  50.75 
 
 		 212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.300993  normal  0.653073 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2243  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  46.38 
 
 		 674 aa  167  7e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0294  cytidylate kinase  55.22 
 
 		 213 aa  168  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5617  cytidylate kinase  52 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314381  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0150  cytidylate kinase  53.2 
 
 		 217 aa  164  6.9999999999999995e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3284  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  44.65 
 
 		 679 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.185076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1409  cytidylate kinase  39.56 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0393534  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1429  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 227 aa  158  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000204841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1735  cytidylate kinase  41.59 
 
 		 231 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610181  decreased coverage  0.000087686 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1291  cytidylate kinase  45.7 
 
 		 228 aa  159  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1093  cytidylate kinase  44.09 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0104083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0986  cytidylate kinase  44.09 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1045  cytidylate kinase  44.09 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.185526  normal  0.763998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1013  cytidylate kinase  44.09 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0567176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1078  cytidylate kinase  44.09 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0687941 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1615  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  43.36 
 
 		 670 aa  158  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2795  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  43.78 
 
 		 667 aa  157  8e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233138 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1923  cytidylate kinase  42.08 
 
 		 230 aa  157  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000722421  unclonable  0.0000000000403388 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1976  cytidylate kinase  42.08 
 
 		 230 aa  157  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000166074  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0963  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  45.33 
 
 		 699 aa  157  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2043  cytidylate kinase  41.7 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000246913  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0977  cytidylate kinase  42.52 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000004631  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0928  cytidylate kinase  45.15 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497834  normal  0.452756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1072  cytidylate kinase  45.15 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000346962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2055  cytidylate kinase  42.08 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  unclonable  0.0000241467 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1506  cytidylate kinase  42.92 
 
 		 229 aa  156  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000236579  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2403  cytidylate kinase  41.44 
 
 		 230 aa  155  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4723  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  43.78 
 
 		 675 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.86018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2397  cytidylate kinase  40.99 
 
 		 230 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000169082  unclonable  0.00000986897 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2164  cytidylate kinase  43.58 
 
 		 232 aa  154  6e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00199731  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3387  cytidylate kinase  43.72 
 
 		 232 aa  155  6e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000123016  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2065  cytidylate kinase  40.99 
 
 		 230 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000105966  unclonable  0.00000000000213103 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2069  cytidylate kinase  40.99 
 
 		 230 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000019021  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2280  cytidylate kinase  40.99 
 
 		 230 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000793863  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00914  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 227 aa  154  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2733  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 227 aa  154  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000397985  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2418  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 227 aa  154  7e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000459306  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1016  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 227 aa  154  7e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287427  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2686  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 227 aa  154  7e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000200966  normal  0.762789 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1007  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 227 aa  154  7e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000820305  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1071  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 227 aa  154  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000134482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2210  cytidylate kinase  43.18 
 
 		 227 aa  154  7e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000277871  normal  0.370624 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00921  hypothetical protein  43.18 
 
 		 227 aa  154  7e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.411433  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1708  cytidylate kinase  41.36 
 
 		 229 aa  154  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000112654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1790  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  46.41 
 
 		 668 aa  154  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00149687 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1567  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  42.92 
 
 		 669 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.484392  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1752  cytidylate kinase  42.08 
 
 		 227 aa  154  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000925539  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1325  cytidylate kinase  40.38 
 
 		 226 aa  153  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0173  cytidylate kinase  43.96 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000480933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3123  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  42.86 
 
 		 705 aa  153  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.921195  normal  0.0155282 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0955  cytidylate kinase  47.45 
 
 		 225 aa  152  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000242866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2310  cytidylate kinase  41.4 
 
 		 230 aa  152  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000698578  hitchhiker  0.000000443143 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2468  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  44.65 
 
 		 673 aa  153  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.835531  normal  0.361895 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23320  cytidylate kinase  46.36 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000301501  normal  0.0247908 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1392  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  44.65 
 
 		 673 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.121243  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1966  cytidylate kinase  45 
 
 		 229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1645  cytidylate kinase  43.66 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.170178 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2581  cytidylate kinase  40.93 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000568011  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2669  cytidylate kinase  40.93 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410063  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1954  cytidylate kinase  40.93 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000903512  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003019  cytidylate kinase  40.91 
 
 		 226 aa  151  5.9999999999999996e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000338917  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00890  cytidylate kinase  43.06 
 
 		 227 aa  151  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.007598  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2340  cytidylate kinase  41.59 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000158492  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1953  cytidylate kinase  41.59 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000156815  hitchhiker  0.0000548451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>