More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0013 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.15 
 
 
260 aa  434  1e-121  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.08 
 
 
259 aa  432  1e-120  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.38 
 
 
260 aa  412  1e-114  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.75 
 
 
263 aa  296  2e-79  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1821  short chain dehydrogenase  52.33 
 
 
264 aa  261  6e-69  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.174023  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.658304  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.02 
 
 
262 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
263 aa  209  4e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
259 aa  206  2e-52  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
261 aa  199  3e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
261 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
267 aa  189  5e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
262 aa  189  5.999999999999999e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
262 aa  188  7e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
260 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.285403  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
262 aa  172  5e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1953  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
265 aa  172  5.999999999999999e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
278 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
237 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  39.45 
 
 
262 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
262 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
237 aa  168  8e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
259 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
259 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
260 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
277 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
261 aa  167  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
255 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
261 aa  166  4e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
262 aa  165  5e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
294 aa  165  5.9999999999999996e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
271 aa  164  9e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
259 aa  164  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.196322  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  37.65 
 
 
259 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
259 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
285 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  38.19 
 
 
261 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
261 aa  162  7e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.15 
 
 
325 aa  160  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
260 aa  160  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
262 aa  161  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
259 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
257 aa  159  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
263 aa  159  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
260 aa  159  5e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.24583 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
259 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
260 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
261 aa  158  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
259 aa  158  8e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
264 aa  158  8e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1388  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.94 
 
 
259 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  36.76 
 
 
263 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1882  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.94 
 
 
259 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1234  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.94 
 
 
259 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.94 
 
 
259 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0730868  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
269 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0789  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.94 
 
 
259 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0355352  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.94 
 
 
259 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00809972  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1078  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.94 
 
 
259 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.296983  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
261 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
261 aa  156  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
261 aa  155  6e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
265 aa  154  9e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.254427 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
263 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 
263 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
258 aa  154  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 
263 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
263 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7331  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.65 
 
 
249 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.753901  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
261 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.696622  normal  0.57076 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 
263 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 
263 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
260 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 
263 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
260 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.203638  normal  0.0877648 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3440  putative short chain dehydrogenase  41.84 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
264 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0866404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  34.9 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
259 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
257 aa  150  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0315057  normal  0.582541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
259 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
259 aa  150  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.05 
 
 
249 aa  151  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
259 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
262 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163833  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
263 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
259 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
262 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209308  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
266 aa  149  5e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
259 aa  148  7e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>