163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4975 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4975  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  100 
 
 
429 aa  823    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  92.07 
 
 
429 aa  729    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0493  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  84.35 
 
 
430 aa  627  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113424  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4921  NCS1 nucleoside transporter  72.96 
 
 
427 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0951814  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4974  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  72.96 
 
 
427 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4797  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  72.96 
 
 
427 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4713  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  73.43 
 
 
427 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.244042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0640  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  54.23 
 
 
438 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3437  nucleobase/cation symporter, (NCS1) family  56.21 
 
 
438 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1042  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  55.27 
 
 
438 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144538  normal  0.528331 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2771  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  41.98 
 
 
446 aa  286  5.999999999999999e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0255944  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2434  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  39.95 
 
 
434 aa  272  8.000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.116228  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2203  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  40.32 
 
 
429 aa  261  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.703215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2463  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.15 
 
 
435 aa  255  9e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2332  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  39.07 
 
 
438 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.08 
 
 
446 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.603733  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0095  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  34.77 
 
 
448 aa  157  4e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.209676  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1599  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  34.72 
 
 
389 aa  147  3e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0130344  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0125  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.35 
 
 
448 aa  147  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371605  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0569  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  29.66 
 
 
392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000369717  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0041  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.89 
 
 
457 aa  141  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.758493  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7829  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.82 
 
 
452 aa  140  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.458665 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09360  probable hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  29.85 
 
 
416 aa  129  7.000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.268783 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.73 
 
 
457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1396  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  26.95 
 
 
385 aa  114  5e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000155309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1794  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  29.51 
 
 
446 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2841  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  28.26 
 
 
444 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810699  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4072  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.16 
 
 
450 aa  107  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5706  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.97 
 
 
479 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  0.11286 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0257  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  20.55 
 
 
458 aa  81.3  0.00000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000119311  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0460  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.29 
 
 
502 aa  78.6  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0862  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  28.42 
 
 
507 aa  79  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.472129  normal  0.0659585 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3034  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.16 
 
 
448 aa  73.9  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0055  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.06 
 
 
461 aa  73.6  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.119028 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4185  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.37 
 
 
476 aa  70.9  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4251  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.37 
 
 
476 aa  70.9  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.236014 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4412  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.11 
 
 
476 aa  70.5  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.274319 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3697  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.88 
 
 
538 aa  70.1  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3596  cytosine permease  26.92 
 
 
417 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3524  cytosine permease  26.92 
 
 
417 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05320  cytosine permease  26.34 
 
 
412 aa  69.7  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3631  cytosine permease  27.69 
 
 
425 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.822935 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2198  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.06 
 
 
445 aa  68.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0171933  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5793  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.12 
 
 
462 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.610023 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05700  cytosine permease  27.81 
 
 
416 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0539  cytosine permease  26.77 
 
 
416 aa  66.6  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000566  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  25.54 
 
 
412 aa  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.113273  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2066  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.65 
 
 
534 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2142  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.49 
 
 
453 aa  66.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.32672 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3297  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.01 
 
 
520 aa  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1140  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.11 
 
 
476 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1129  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.11 
 
 
476 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1249  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.11 
 
 
476 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0960267  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1221  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.11 
 
 
476 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00290  cytosine transporter  25.74 
 
 
419 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3270  NCS1 nucleoside transporter family  25.74 
 
 
419 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0863  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.36 
 
 
440 aa  63.5  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00294  hypothetical protein  25.74 
 
 
419 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4599  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.42 
 
 
490 aa  63.5  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0401  cytosine permease  25.74 
 
 
419 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0360  cytosine permease  25.74 
 
 
419 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3289  cytosine permease  25.74 
 
 
419 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0367  cytosine permease  25.74 
 
 
419 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.506759 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3693  cytosine permease  27.93 
 
 
425 aa  63.2  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0409  cytosine permease  25.74 
 
 
419 aa  63.2  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4383  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  25.39 
 
 
476 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3526  cytosine permease  28.21 
 
 
449 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1867  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.26 
 
 
480 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.850013  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2484  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.27 
 
 
464 aa  62  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.307403  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0676  NCS1 nucleoside transporter  22.98 
 
 
486 aa  62  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.579692  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1965  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.65 
 
 
439 aa  62.4  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0630  cytosine permease  25 
 
 
417 aa  62  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1149  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.75 
 
 
462 aa  61.6  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451386  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2557  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  22.95 
 
 
484 aa  61.2  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.266727  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4415  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.42 
 
 
479 aa  61.2  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6019  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.65 
 
 
480 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.213946  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3279  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.34 
 
 
431 aa  60.5  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00201301  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2449  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.1 
 
 
453 aa  60.5  0.00000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.61 
 
 
451 aa  60.5  0.00000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.82356  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00980  purine-cytosine permease-like transporter  26.89 
 
 
427 aa  59.3  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0564  hypothetical protein  23.61 
 
 
487 aa  59.3  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.824593 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3367  putative cytosine permease  26.87 
 
 
439 aa  58.9  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130336  normal  0.0781791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  24.17 
 
 
490 aa  58.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0815  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.56 
 
 
438 aa  57.8  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.42 
 
 
441 aa  57.8  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1044  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.26 
 
 
438 aa  57.8  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.955284  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.02 
 
 
431 aa  57.4  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4386  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  24.6 
 
 
471 aa  57  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1828  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.93 
 
 
455 aa  56.2  0.0000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22900  purine-cytosine permease-like transporter  25.44 
 
 
455 aa  56.2  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.383587 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2188  cytosine permease  25.62 
 
 
421 aa  56.2  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1908  NCS1 nucleoside transporter family protein  26.19 
 
 
487 aa  55.5  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.535002  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0417  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  25.2 
 
 
474 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.370818  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0831  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  25.2 
 
 
474 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.831321  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0768  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.51 
 
 
435 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283527  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.93 
 
 
438 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1795  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  25.2 
 
 
474 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2519  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  25.2 
 
 
474 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0465  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  25.2 
 
 
474 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.446257  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6281  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.09 
 
 
491 aa  55.1  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.575901 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>