83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1566 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1566  head maturation protease, putative  100 
 
 
233 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  5.25183e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1338  HK97 family phage prohead protease  90.91 
 
 
248 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.155288 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1681  hypothetical protein  62.39 
 
 
228 aa  280  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1601  phage prohead protease, HK97 family  61.11 
 
 
240 aa  269  3e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0648  prohead peptidase  57.52 
 
 
231 aa  249  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.857863  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2264  phage prohead protease, HK97 family  45.14 
 
 
216 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0493377 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1189  HK97 family phage prohead protease  44.57 
 
 
216 aa  150  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  2.50589e-08 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3708  HK97 family phage prohead protease  38.5 
 
 
371 aa  127  2e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1656  phage prohead protease, HK97 family  41.87 
 
 
233 aa  124  9e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0589  prohead protease  40.64 
 
 
222 aa  115  4e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0588  protease, putative  40.64 
 
 
222 aa  115  4e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0905  HK97 family phage prohead protease  37.74 
 
 
219 aa  112  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.963792  normal  0.323205 
 
 
-
 
NC_002978  WD0447  phage prohead protease  39.6 
 
 
177 aa  105  4e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0713063  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1335  HK97 family phage prohead protease  37.61 
 
 
243 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348898  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0032  HK97 family phage prohead protease  37.21 
 
 
177 aa  104  1e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.378426  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0554  HK97 family phage prohead protease  35.29 
 
 
172 aa  104  1e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3395  HK97 family phage prohead protease  35.68 
 
 
236 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.296315  hitchhiker  4.23537e-09 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0012  prohead peptidase  40.14 
 
 
177 aa  102  7e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2026  peptidase U35, phage prohead HK97  40.27 
 
 
177 aa  99.4  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.671288  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1718  peptidase U35, phage prohead HK97  38.71 
 
 
176 aa  99.8  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.806315  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1804  peptidase U35, phage prohead HK97  41.78 
 
 
220 aa  99.4  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409036  normal  0.116646 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0338  peptidase U35, phage prohead HK97  39.33 
 
 
177 aa  98.6  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.04025  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1337  phage prohead protease HK97 family  41.29 
 
 
189 aa  98.6  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1669  prohead peptidase  36.41 
 
 
228 aa  98.6  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2095  phage prohead protease, HK97 family  41.1 
 
 
248 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.407254  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1969  peptidase U35, phage prohead HK97  41.96 
 
 
235 aa  96.3  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.150043  normal  0.71487 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0868  HK97 family phage prohead protease  37.32 
 
 
250 aa  95.9  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.844474  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3484  peptidase U35, phage prohead HK97  41.1 
 
 
240 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1413  peptidase U35, phage prohead HK97  39.86 
 
 
215 aa  95.1  8e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1163  peptidase U35, phage prohead HK97  39.16 
 
 
215 aa  95.1  9e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.446656  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1634  prohead peptidase  38.61 
 
 
183 aa  92.4  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.457432  normal  0.754513 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1432  HK97 family phage prohead protease  45.99 
 
 
156 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1706  phage prohead protease, HK97 family  45.99 
 
 
156 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.614169  normal  0.0428753 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1428  phage prohead protease, HK97 family  45.26 
 
 
157 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.84162  normal  0.230633 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2175  putative phage prohead protease  39.72 
 
 
205 aa  86.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2996  prohead peptidase  33.74 
 
 
174 aa  85.9  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.102454  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4964  HK97 family phage prohead protease  44.29 
 
 
184 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  1.00699e-05 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0860  phage prohead protease, HK97 family  34.93 
 
 
183 aa  85.1  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3485  HK97 family phage prohead protease  34.52 
 
 
244 aa  83.6  2e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0921  HK97 family phage prohead protease  40.71 
 
 
144 aa  83.6  3e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.340053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2917  HK97 family phage prohead protease  33.89 
 
 
579 aa  83.2  4e-15  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.595306  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2899  HK97 family phage prohead protease  36.36 
 
 
185 aa  80.9  2e-14  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575479  normal  0.417432 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2470  prohead peptidase  35.8 
 
 
187 aa  80.9  2e-14  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3154  HK97 family phage prohead protease  41.6 
 
 
159 aa  79.3  4e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0071533  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1132  HK97 family phage prohead protease  35.19 
 
 
187 aa  79.3  5e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.431565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3979  phage prohead protease, HK97 family  33.79 
 
 
165 aa  78.6  7e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3121  prohead peptidase  38.73 
 
 
150 aa  78.6  8e-14  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3944  HK97 family phage prohead protease  30.45 
 
 
213 aa  77.4  2e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.130087  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1077  HK97 family phage prohead protease  35.19 
 
 
187 aa  76.3  4e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.617633 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1060  peptidase U35, phage prohead HK97  35.82 
 
 
190 aa  74.3  1e-12  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0756377 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2000  peptidase U35, phage prohead HK97  37.5 
 
 
149 aa  73.9  2e-12  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.639084  hitchhiker  0.00378226 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2490  peptidase U35, phage prohead HK97  32.19 
 
 
165 aa  65.9  6e-10  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.810682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1896  prohead peptidase  34.93 
 
 
186 aa  62  7e-09  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3914  HK97 family phage prohead protease  36.5 
 
 
139 aa  62.4  7e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768445  normal  0.030965 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1358  HK97 family phage prohead protease  29.86 
 
 
171 aa  60.8  2e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.272379 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0276  HK97 family phage prohead protease  30.71 
 
 
168 aa  60.5  2e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1853  prophage LambdaSa2, protease, putative  30.72 
 
 
180 aa  57.4  2e-07  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.812797  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3562  prohead peptidase  27.22 
 
 
526 aa  54.3  1e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3586  prohead peptidase  27.15 
 
 
526 aa  54.7  1e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.286744  normal  0.0669671 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3514  prohead peptidase  29.61 
 
 
526 aa  54.3  2e-06  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2238  peptidase U35, phage prohead HK97  33.91 
 
 
646 aa  53.1  3e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5466  hypothetical protein  29.17 
 
 
167 aa  53.5  3e-06  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1483  peptidase U35, phage prohead HK97  31.03 
 
 
165 aa  52.8  4e-06  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.332545 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1626  peptidase U35, phage prohead HK97  31.03 
 
 
165 aa  52.8  4e-06  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.468737  normal  0.616924 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1969  prohead protease protein  30.07 
 
 
198 aa  52.4  6e-06  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.839969  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4115  peptidase U35, phage prohead HK97  30.82 
 
 
649 aa  50.1  3e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2246  putative prohead protease  33.33 
 
 
645 aa  49.7  4e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  1.01798e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2892  putative prohead protease  33.33 
 
 
645 aa  49.7  4e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  2.04536e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1539  putative prohead protease  33.33 
 
 
645 aa  49.7  4e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0239  peptidase U35 phage prohead HK97  29.13 
 
 
206 aa  47  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0462  prohead peptidase  29.05 
 
 
248 aa  46.6  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.523107 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4980  prophage LambdaBa03, prohead protease  26.83 
 
 
165 aa  45.4  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5359  prophage LambdaBa03, prohead protease  26.83 
 
 
165 aa  45.4  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12667  phiRv2 prophage protease  29.25 
 
 
177 aa  44.3  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.81998e-17  normal 
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5838  hypothetical protein  27.97 
 
 
194 aa  43.9  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0467  prophage lambdaba04, prohead protease  28.35 
 
 
196 aa  43.1  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0445  prophage LambdaBa04, prohead protease  28.35 
 
 
196 aa  43.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3508  prophage LambdaBa01, prohead protease  28.35 
 
 
194 aa  42.7  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.677368  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1585  HK97 family phage prohead protease  23.89 
 
 
201 aa  42.7  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00257234  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3425  prohead protease  28.35 
 
 
194 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3785  prophage lambdaba01, prohead protease  28.35 
 
 
194 aa  42.7  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1844  peptidase U35, phage prohead HK97  34.04 
 
 
612 aa  42  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0952  HK97 family phage prohead protease  29.92 
 
 
186 aa  41.6  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>