More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4130 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4411  protein of unknown function UPF0118  93.57 
 
 		 389 aa  728    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4130  hypothetical protein  100 
 
 		 406 aa  806    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2050  hypothetical protein  77.01 
 
 		 373 aa  575  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  76.37 
 
 		 369 aa  562  1.0000000000000001e-159  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  50.77 
 
 		 352 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  50.15 
 
 		 352 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  46.55 
 
 		 365 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  45.14 
 
 		 384 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  46.25 
 
 		 394 aa  323  2e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  48.24 
 
 		 356 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4053  hypothetical protein  49.72 
 
 		 361 aa  318  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.920687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0540  protein of unknown function UPF0118  46.49 
 
 		 349 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  45.53 
 
 		 360 aa  313  2.9999999999999996e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  46.36 
 
 		 371 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2289  hypothetical protein  46.06 
 
 		 353 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.864507  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  47.77 
 
 		 352 aa  311  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  42.86 
 
 		 387 aa  311  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5533  hypothetical protein  46.65 
 
 		 355 aa  309  5e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3708  hypothetical protein  46.36 
 
 		 355 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860776  normal  0.168874 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4556  hypothetical protein  46.65 
 
 		 398 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0737  hypothetical protein  45.22 
 
 		 356 aa  308  2.0000000000000002e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.203827  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3807  hypothetical protein  46.65 
 
 		 353 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.911463  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3717  hypothetical protein  46.65 
 
 		 350 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0661403  normal  0.22421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4931  hypothetical protein  48.1 
 
 		 353 aa  300  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.850306  normal  0.602485 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0529  hypothetical protein  48.02 
 
 		 352 aa  301  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1653  hypothetical protein  46.75 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.212682  normal  0.81767 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1226  hypothetical protein  47.31 
 
 		 352 aa  299  5e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1436  hypothetical protein  47.72 
 
 		 352 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0253  hypothetical protein  47.72 
 
 		 352 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2503  hypothetical protein  47.72 
 
 		 352 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1633  hypothetical protein  47.72 
 
 		 352 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2642  hypothetical protein  47.72 
 
 		 352 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00776691  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0937  PerM family permease  47.72 
 
 		 374 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0289  hypothetical protein  47.72 
 
 		 352 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.700262  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  46.53 
 
 		 381 aa  294  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  46.53 
 
 		 352 aa  293  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3210  hypothetical protein  44.91 
 
 		 354 aa  292  9e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.212604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3717  hypothetical protein  43.86 
 
 		 353 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.396811  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2868  hypothetical protein  42.74 
 
 		 358 aa  291  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.838475  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3249  hypothetical protein  45.81 
 
 		 350 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.691639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1855  hypothetical protein  42.98 
 
 		 354 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0258165 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2207  hypothetical protein  44.58 
 
 		 354 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3378  hypothetical protein  44.61 
 
 		 354 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1830  hypothetical protein  42.69 
 
 		 354 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3427  hypothetical protein  46.59 
 
 		 355 aa  286  5e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  47.01 
 
 		 353 aa  285  8e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3531  hypothetical protein  43.02 
 
 		 354 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11000  hypothetical protein  40.36 
 
 		 346 aa  284  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2425  hypothetical protein  43.05 
 
 		 363 aa  283  4.0000000000000003e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4931  hypothetical protein  43.99 
 
 		 351 aa  282  9e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0400  hypothetical protein  43.3 
 
 		 372 aa  272  7e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.413713  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2998  hypothetical protein  45.17 
 
 		 359 aa  272  7e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0460  hypothetical protein  44.64 
 
 		 352 aa  270  2.9999999999999997e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.353952  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0020  hypothetical protein  44.07 
 
 		 358 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4988  hypothetical protein  40.12 
 
 		 347 aa  261  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  43.81 
 
 		 365 aa  261  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1267  protein of unknown function UPF0118  40.36 
 
 		 371 aa  224  2e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0792338  normal  0.0741439 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2012  protein of unknown function UPF0118  35.19 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.578603 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0491  hypothetical protein  35.19 
 
 		 359 aa  191  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0203  hypothetical protein  34.74 
 
 		 362 aa  191  2e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0338  protein of unknown function UPF0118  33.24 
 
 		 363 aa  187  3e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2181  protein of unknown function UPF0118  32.95 
 
 		 376 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00612132  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2238  protein of unknown function UPF0118  33.64 
 
 		 379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.605073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0228  hypothetical protein  35.6 
 
 		 356 aa  169  9e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1563  hypothetical protein  31.47 
 
 		 398 aa  160  3e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.78708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2573  membrane protein  33.82 
 
 		 361 aa  153  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0152  putative lipoprotein  33.53 
 
 		 361 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2369  hypothetical protein  31.5 
 
 		 357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00120754  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  29.88 
 
 		 358 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1102  hypothetical protein  30.72 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00400546  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0560  protein of unknown function UPF0118  28.41 
 
 		 339 aa  137  5e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0292  hypothetical protein  26.7 
 
 		 391 aa  136  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  26.27 
 
 		 353 aa  133  6.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2448  hypothetical protein  28.12 
 
 		 415 aa  131  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0466557  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002589  predicted permease  33.24 
 
 		 361 aa  129  9.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00334796  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03420  hypothetical protein  32.93 
 
 		 361 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0916  protein of unknown function UPF0118  28.61 
 
 		 355 aa  126  8.000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.116301  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  31.47 
 
 		 367 aa  123  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0854  membrane protein  29.82 
 
 		 363 aa  122  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0563046  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2229  hypothetical protein  28.79 
 
 		 392 aa  122  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2294  hypothetical protein  31.43 
 
 		 360 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2610  protein of unknown function UPF0118  27.45 
 
 		 370 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3082  protein of unknown function UPF0118  28.69 
 
 		 397 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2679  hypothetical protein  30 
 
 		 352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0689913  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  24.63 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4731  hypothetical protein  28.52 
 
 		 359 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226742  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  29.17 
 
 		 388 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2098  hypothetical protein  25.55 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  29 
 
 		 361 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0336  hypothetical protein  25.54 
 
 		 372 aa  108  1e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000639163  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1868  hypothetical protein  36.54 
 
 		 399 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0467497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1950  protein of unknown function UPF0118  26.78 
 
 		 346 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.863146  normal  0.537489 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1707  protein of unknown function UPF0118  28.64 
 
 		 504 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2212  protein of unknown function UPF0118  24.85 
 
 		 355 aa  106  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000181482  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  25.44 
 
 		 362 aa  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4118  hypothetical protein  27.83 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00655828  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2069  hypothetical protein  27.66 
 
 		 391 aa  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0264155 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4193  hypothetical protein  27.83 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.662681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0792  protein of unknown function UPF0118  24.56 
 
 		 344 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.101192 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  25.22 
 
 		 352 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>