More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2019 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_2121  AMP-dependent synthetase and ligase  46.54 
 
 
868 aa  637    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2019  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
841 aa  1623    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00459182  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5747  AMP-dependent synthetase and ligase  45.93 
 
 
831 aa  614  9.999999999999999e-175  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2855  AMP-dependent synthetase and ligase  46.67 
 
 
829 aa  612  9.999999999999999e-175  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.577572 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  47.51 
 
 
889 aa  603  1.0000000000000001e-171  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.813754 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1979  AMP-dependent synthetase and ligase  47.8 
 
 
830 aa  602  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.10033  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2025  AMP-dependent synthetase and ligase  47.8 
 
 
830 aa  602  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1959  AMP-dependent synthetase and ligase  47.44 
 
 
830 aa  599  1e-170  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4142  AMP-dependent synthetase and ligase  46.65 
 
 
860 aa  582  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1889  AMP-dependent synthetase and ligase  47.9 
 
 
860 aa  581  1e-164  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0471823  normal  0.0591915 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5341  AMP-dependent synthetase and ligase  46.02 
 
 
915 aa  577  1.0000000000000001e-163  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2199  AMP-dependent synthetase and ligase  45.35 
 
 
862 aa  564  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0560008  normal  0.885424 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0772  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 
887 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0989084 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2621  AMP-dependent synthetase and ligase  37.59 
 
 
453 aa  258  3e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2512  AMP-dependent synthetase and ligase  36.95 
 
 
460 aa  256  9e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.280527  normal  0.710337 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2843  AMP-dependent synthetase and ligase  40.52 
 
 
459 aa  243  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0145799  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3177  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 
471 aa  224  4e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733678  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1249  AMP-dependent synthetase and ligase  45.33 
 
 
530 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2785  AMP-dependent synthetase and ligase  43.73 
 
 
534 aa  191  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634484  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1742  AMP-dependent synthetase and ligase  40.43 
 
 
497 aa  188  3e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.441923  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2866  AMP-dependent synthetase and ligase  45.45 
 
 
523 aa  188  4e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2958  AMP-dependent synthetase and ligase  45.74 
 
 
523 aa  185  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3111  AMP-dependent synthetase and ligase  37.46 
 
 
418 aa  183  1e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0188419 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4497  AMP-dependent synthetase and ligase  39.64 
 
 
517 aa  182  2.9999999999999997e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 
490 aa  179  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1082  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 
526 aa  177  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3179  AMP-dependent synthetase and ligase  36.96 
 
 
520 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5320  AMP-dependent synthetase and ligase  37.53 
 
 
521 aa  167  5e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  31.88 
 
 
520 aa  156  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0267  long-chain fatty-acid-CoA ligase  36.24 
 
 
492 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.250834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 
505 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531462  normal  0.0257473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3426  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 
505 aa  144  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.872115 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3735  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 
505 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1292  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 
523 aa  143  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1956  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 
538 aa  141  4.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.536259  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3152  amino acid adenylation domain-containing protein  29.47 
 
 
923 aa  138  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.595865 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2882  AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 
514 aa  138  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2020  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 
523 aa  137  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.256098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3314  amino acid adenylation domain-containing protein  27.25 
 
 
923 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105674  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1393  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  37.72 
 
 
530 aa  131  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0696312  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0125  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
533 aa  130  8.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1564  AMP-dependent synthetase and ligase  31.93 
 
 
529 aa  130  8.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7014  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  33.42 
 
 
529 aa  129  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188129 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.56 
 
 
514 aa  129  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2563  antibiotic biosynthesis protein, putative  29 
 
 
923 aa  128  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136066  normal  0.595112 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0137  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  34.08 
 
 
539 aa  124  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0111  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 
526 aa  124  9e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.471366  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1574  AMP-binding domain-containing protein  33.89 
 
 
535 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.575944  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3804  AMP-dependent synthetase and ligase  33.7 
 
 
529 aa  124  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2026  AMP-binding domain-containing protein  33.89 
 
 
535 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2124  AMP-binding domain-containing protein  33.89 
 
 
535 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0705  AMP-binding domain-containing protein  33.89 
 
 
535 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.98 
 
 
512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0616  AMP-binding domain-containing protein  34.35 
 
 
608 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.117672  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4273  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  34.8 
 
 
536 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000408842 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3648  AMP-dependent synthetase and ligase  35.9 
 
 
519 aa  120  7.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2211  AMP-binding domain-containing protein  35.08 
 
 
691 aa  120  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4336  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 
515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0623029  hitchhiker  0.00463044 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2670  AMP-dependent synthetase and ligase  34.25 
 
 
531 aa  118  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0422  putative AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 
538 aa  118  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.838411  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1930  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 
510 aa  117  8.999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.426512  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 
513 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 
510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.76 
 
 
510 aa  115  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 
553 aa  115  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.12 
 
 
510 aa  115  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0490  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 
512 aa  115  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0699  AMP-dependent synthetase and ligase  33.56 
 
 
545 aa  115  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 
529 aa  114  5e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.64 
 
 
510 aa  114  7.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 
510 aa  114  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 
510 aa  114  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  29.91 
 
 
525 aa  114  8.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 
510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 
510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 
585 aa  114  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 
510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 
510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 
510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  26.46 
 
 
662 aa  112  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2338  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 
509 aa  112  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2529  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  31.17 
 
 
532 aa  111  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437982 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7423  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 
524 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.113615  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4029  AMP-dependent synthetase and ligase  38.27 
 
 
509 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.302171  normal  0.718731 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6138  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 
524 aa  108  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.623044  normal  0.113053 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0096  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 
527 aa  108  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 
499 aa  108  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5940  amino acid adenylation domain-containing protein  28.83 
 
 
6999 aa  108  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  31.51 
 
 
529 aa  107  8e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5617  amino acid adenylation domain-containing protein  27.95 
 
 
4968 aa  106  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0402  AMP-dependent synthetase and ligase:phospholipid/glycerol acyltransferase  32.42 
 
 
713 aa  106  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1890  putative acid-CoA ligase  31.97 
 
 
515 aa  106  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.367051  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 
511 aa  106  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1859  amino acid adenylation domain-containing protein  29.41 
 
 
2596 aa  105  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17150  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.34 
 
 
828 aa  105  4e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.488876  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2461  linear gramicidin synthetase subunit C  27.09 
 
 
1518 aa  105  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3277  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  31.58 
 
 
719 aa  104  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3223  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  31.3 
 
 
719 aa  104  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229398 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  30.73 
 
 
503 aa  104  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3157  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  31.3 
 
 
719 aa  104  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.141461  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>