More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0058 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  37.83 
 
 
1180 aa  646  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  66.98 
 
 
1161 aa  1451  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  37.57 
 
 
1180 aa  654  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  67.56 
 
 
1159 aa  1476  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  37.41 
 
 
1180 aa  651  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  65.75 
 
 
1156 aa  1478  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1162 aa  2334  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  38.73 
 
 
1183 aa  659  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  43.37 
 
 
1151 aa  754  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  42.57 
 
 
1147 aa  675  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.53 
 
 
1177 aa  650  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  33.65 
 
 
1155 aa  639  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  79.87 
 
 
1202 aa  1823  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  39.22 
 
 
1189 aa  660  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  38.66 
 
 
1183 aa  654  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  42.35 
 
 
1147 aa  694  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  42.13 
 
 
1165 aa  648  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  41.57 
 
 
1157 aa  640  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  42.53 
 
 
1147 aa  672  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  67.1 
 
 
1161 aa  1456  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  41.59 
 
 
1164 aa  728  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  42.43 
 
 
1157 aa  681  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  41.33 
 
 
1156 aa  785  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  67.61 
 
 
1164 aa  1458  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  39.2 
 
 
1187 aa  643  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  42.56 
 
 
1167 aa  682  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  36.99 
 
 
1182 aa  634  1e-180  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  37.65 
 
 
1157 aa  594  1e-168  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  36.72 
 
 
1120 aa  583  1e-165  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.52 
 
 
1183 aa  576  1e-163  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  37.49 
 
 
1185 aa  578  1e-163  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  36.24 
 
 
1121 aa  575  1e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  35.11 
 
 
1125 aa  563  1e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  36.92 
 
 
1106 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  37.14 
 
 
1119 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  35.22 
 
 
1124 aa  542  1e-152  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  36.61 
 
 
1157 aa  523  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  35.87 
 
 
1142 aa  480  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.82 
 
 
1106 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  32.77 
 
 
1161 aa  472  1e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  29.02 
 
 
1089 aa  424  1e-117  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  29.6 
 
 
854 aa  389  1e-106  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.07 
 
 
860 aa  376  1e-102  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  34.46 
 
 
1166 aa  348  3e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.4 
 
 
1147 aa  329  1e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  27.38 
 
 
1173 aa  222  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  29.78 
 
 
1177 aa  213  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  28.86 
 
 
1173 aa  212  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.96 
 
 
1197 aa  202  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  26.5 
 
 
1162 aa  194  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  24.92 
 
 
1185 aa  191  7e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  26.26 
 
 
1095 aa  188  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  24.35 
 
 
1173 aa  180  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.06 
 
 
1089 aa  178  6e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  26.7 
 
 
1187 aa  171  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  26.49 
 
 
1087 aa  166  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.64 
 
 
1061 aa  159  4e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.21 
 
 
1241 aa  158  5e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.1 
 
 
1241 aa  158  6e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.87 
 
 
1241 aa  157  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.21 
 
 
1241 aa  156  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.9 
 
 
1241 aa  157  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.21 
 
 
1241 aa  156  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.51 
 
 
907 aa  155  3e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.23 
 
 
1240 aa  155  3e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.1 
 
 
1241 aa  155  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.69 
 
 
1241 aa  153  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.31 
 
 
1241 aa  153  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  28.53 
 
 
1140 aa  147  8e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  27.22 
 
 
1101 aa  145  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  24.04 
 
 
1248 aa  143  2e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.48 
 
 
1251 aa  143  2e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.4 
 
 
1121 aa  142  3e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.3 
 
 
1057 aa  141  7e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  24.15 
 
 
1392 aa  140  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.29 
 
 
1242 aa  139  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  25.41 
 
 
1076 aa  135  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1776  hypothetical protein  25.03 
 
 
1076 aa  135  5e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  27.09 
 
 
1103 aa  135  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  25.24 
 
 
1110 aa  135  6e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  25.3 
 
 
1110 aa  134  8e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1751  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.32 
 
 
1129 aa  131  8e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.910924 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 
1168 aa  130  1e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  24.16 
 
 
1217 aa  130  2e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  24.16 
 
 
1217 aa  130  2e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.62 
 
 
1271 aa  129  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  25.15 
 
 
1146 aa  126  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  29.51 
 
 
1101 aa  125  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  27.51 
 
 
1110 aa  125  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  25 
 
 
1226 aa  124  9e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.83 
 
 
1270 aa  122  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  23.92 
 
 
1149 aa  122  4e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  22.93 
 
 
1218 aa  122  6e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.91 
 
 
1236 aa  121  8e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.22 
 
 
1155 aa  120  1e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  26 
 
 
1244 aa  119  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  24.73 
 
 
1118 aa  119  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  25.05 
 
 
1107 aa  118  8e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.83 
 
 
1244 aa  117  1e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  24.33 
 
 
1282 aa  117  1e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>